More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0718 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0718  TolC family type I secretion outer membrane protein  100 
 
 		 442 aa  893    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0935  Type I secretion outer membrane protein, TolC  48.8 
 
 		 469 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.219048  normal  0.252651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1407  TolC family type I secretion outer membrane protein  48.2 
 
 		 471 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.267158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1798  outer membrane efflux protein  47.09 
 
 		 471 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal  0.0360275 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16260  Type I secretion outer membrane protein  47.47 
 
 		 472 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0483  type I secretion outer membrane protein, TolC  30 
 
 		 440 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.11 
 
 		 453 aa  167  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  30.39 
 
 		 462 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000344286  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.77 
 
 		 461 aa  158  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.67 
 
 		 468 aa  157  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3356  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.29 
 
 		 442 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431157  normal  0.886803 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.73 
 
 		 450 aa  154  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.98 
 
 		 436 aa  152  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000114483  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.1 
 
 		 477 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.69 
 
 		 453 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.07 
 
 		 477 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.51 
 
 		 477 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.58 
 
 		 478 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2558  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.81 
 
 		 452 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.431388  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3723  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.88 
 
 		 512 aa  150  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2156  outer membrane export factor  27.25 
 
 		 452 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2069  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.03 
 
 		 452 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02621  outer membrane protein required for AvrXa21 activity C (raxC)  29.77 
 
 		 443 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4181  outer membrane channel protein  28.57 
 
 		 449 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2604  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.35 
 
 		 442 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2616  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.12 
 
 		 450 aa  146  7.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.930678  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0979  outer membrane efflux protein  29.36 
 
 		 375 aa  146  8.000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.2318 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3225  outer membrane channel protein  28.03 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000929322  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3157  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.63 
 
 		 442 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.262509 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.04 
 
 		 480 aa  144  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2675  outer membrane channel protein  28.61 
 
 		 441 aa  142  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3958  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.1 
 
 		 491 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753849  normal  0.338977 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3563  outer membrane channel protein  27.27 
 
 		 434 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000135514  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4195  outer membrane channel protein  28.57 
 
 		 443 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000611538  hitchhiker  0.000431125 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3343  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.71 
 
 		 452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0611  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.62 
 
 		 464 aa  140  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.71 
 
 		 477 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2682  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.69 
 
 		 451 aa  140  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.829421  hitchhiker  0.000293137 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0381  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.8 
 
 		 445 aa  139  1e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0230254  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2352  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.88 
 
 		 446 aa  138  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  27.63 
 
 		 493 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.31 
 
 		 479 aa  137  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  29.95 
 
 		 479 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  27.89 
 
 		 435 aa  136  9e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000309945  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  28.05 
 
 		 470 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2013  outer membrane channel protein  27.79 
 
 		 438 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000158125  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.44 
 
 		 469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0604  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.31 
 
 		 478 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65750  putative outer membrane efflux protein precursor  30.19 
 
 		 482 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0544  outer membrane channel protein  28.82 
 
 		 448 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000576987  normal  0.601769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  27.15 
 
 		 435 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245313  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0695  porin (omp) ABC transporter protein  28.97 
 
 		 484 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0288188  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  27.74 
 
 		 435 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.54 
 
 		 441 aa  133  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2026  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.7 
 
 		 405 aa  133  6e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.341805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2630  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.4 
 
 		 489 aa  133  6e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3236  outer membrane channel protein  27.15 
 
 		 435 aa  133  6e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000456355  hitchhiker  0.0000511139 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.72 
 
 		 480 aa  133  7.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  26.73 
 
 		 435 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000113836  hitchhiker  0.0000000000882186 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3048  outer membrane channel protein  26.33 
 
 		 432 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000973822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3578  outer membrane channel protein  26.73 
 
 		 435 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000408694  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0781  outer membrane channel protein  26.73 
 
 		 435 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000184345  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0753  outer membrane channel protein  26.92 
 
 		 435 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000555232  normal  0.0190145 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0813  outer membrane channel protein  26.73 
 
 		 435 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000621601  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1041  type I secretion outer membrane efflux protein  30.16 
 
 		 451 aa  130  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3328  ABC transporter, permease protein  28.71 
 
 		 456 aa  131  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262756  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  29.01 
 
 		 481 aa  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0774  outer membrane channel protein  27.15 
 
 		 441 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000983275  unclonable  0.000000000104798 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.28 
 
 		 455 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1835  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.25 
 
 		 447 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.211257  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0749  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.77 
 
 		 497 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1338  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.93 
 
 		 456 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728783  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  27.49 
 
 		 469 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  26.38 
 
 		 494 aa  129  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3332  outer membrane channel protein  28.37 
 
 		 431 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0563453  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0645  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.64 
 
 		 488 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.173394 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.48 
 
 		 449 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0366  putative secretion protein  26.12 
 
 		 454 aa  127  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.676066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3159  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.75 
 
 		 449 aa  127  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.334096  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00869  outer membrane channel protein  27.79 
 
 		 445 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004522  type I secretion TolC precursor  26.81 
 
 		 442 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000301167  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4268  outer membrane channel protein  25.54 
 
 		 497 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1598  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.9 
 
 		 459 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.538573  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48090  alkaline protease secretion outer membrane protein AprF precursor  27.74 
 
 		 481 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0152412 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0323  outer membrane channel protein  26.34 
 
 		 463 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000673159  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  26.64 
 
 		 495 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.51 
 
 		 446 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4349  outer membrane channel protein  26.4 
 
 		 493 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1990  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.84 
 
 		 498 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02907  outer membrane channel precursor protein  26.4 
 
 		 493 aa  121  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.4 
 
 		 493 aa  121  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3213  outer membrane channel protein  26.4 
 
 		 495 aa  120  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00955114  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3330  outer membrane channel protein  26.4 
 
 		 493 aa  121  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0662  outer membrane channel protein  26.4 
 
 		 493 aa  121  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.120975  normal  0.0171626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02857  hypothetical protein  26.4 
 
 		 493 aa  121  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  26.4 
 
 		 495 aa  120  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  26.33 
 
 		 489 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  26.33 
 
 		 489 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  26.33 
 
 		 489 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  26.33 
 
 		 489 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>