73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3542 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1193  conjugal transfer protein TrbC  100 
 
 		 110 aa  213  7e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.277659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3542  conjugal transfer protein TrbC  100 
 
 		 110 aa  213  7e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0698  conjugal transfer protein TrbC  78.89 
 
 		 110 aa  127  7.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2879  conjugal transfer protein TrbC  76.67 
 
 		 110 aa  127  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3828  conjugal transfer protein TrbC  74.44 
 
 		 110 aa  123  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.609661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1483  conjugal transfer protein TrbC  75.56 
 
 		 110 aa  120  6e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.157132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3195  conjugal transfer protein TrbC  73.33 
 
 		 110 aa  119  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.44618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0748  conjugal transfer protein TrbC  76.67 
 
 		 110 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2323  conjugal transfer protein TrbC  75.56 
 
 		 110 aa  116  9e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.547163  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7441  putative conjugal transfer protein  79.49 
 
 		 107 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.86569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0807  conjugal transfer protein TrbC  70 
 
 		 110 aa  114  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0155  conjugal transfer protein TrbC  74.12 
 
 		 109 aa  113  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3540  conjugal transfer protein TrbC  64.89 
 
 		 114 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0127042  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3213  conjugal transfer protein TrbC  74.44 
 
 		 109 aa  112  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00593257  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1012  Conjugal transfer protein TrbC  68.63 
 
 		 108 aa  109  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2825  Conjugal transfer protein TrbC  70.8 
 
 		 113 aa  108  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2028  conjugal transfer protein TrbC  60.23 
 
 		 113 aa  107  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3900  conjugal transfer protein TrbC  62.37 
 
 		 109 aa  106  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3087  Conjugal transfer protein TrbC  70 
 
 		 110 aa  105  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3365  conjugal transfer protein trbC  79.03 
 
 		 109 aa  103  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.996554  normal  0.615312 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0508  conjugal transfer protein TrbC  73.33 
 
 		 110 aa  102  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102779  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3003  conjugal transfer protein TrbC  68.89 
 
 		 110 aa  103  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0317  conjugal transfer protein TrbC  73.33 
 
 		 110 aa  100  8e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0185631  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3999  conjugal transfer protein TrbC  84.09 
 
 		 110 aa  99.8  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.613451  normal  0.88722 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3692  conjugal transfer protein TrbC  71.11 
 
 		 111 aa  99.4  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2613  conjugal transfer protein TrbC  84.06 
 
 		 114 aa  97.1  8e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0596  conjugal transfer protein TrbC  88.89 
 
 		 110 aa  96.3  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2484  conjugal transfer protein TrbC  66.67 
 
 		 110 aa  96.3  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.309797 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4196  conjugal transfer protein TrbC  72.48 
 
 		 119 aa  95.9  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2005  conjugal transfer protein TrbC  72.9 
 
 		 127 aa  95.9  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1501  conjugal transfer protein trbC  72.37 
 
 		 108 aa  93.6  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35710  P-type conjugative transfer protein TrbC  83.33 
 
 		 94 aa  93.6  8e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.120945  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2646  Conjugal transfer protein TrbC  87.8 
 
 		 130 aa  93.2  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1283  conjugal transfer protein TrbC  74.07 
 
 		 128 aa  93.2  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1836  conjugal transfer protein TrbC  65.12 
 
 		 107 aa  93.2  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3505  Conjugal transfer protein TrbC  89.02 
 
 		 128 aa  92.8  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2698  conjugal transfer protein TrbC  89.02 
 
 		 125 aa  92.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2910  conjugal transfer protein TrbC  89.02 
 
 		 125 aa  92.8  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7742  conjugal transfer protein TrbC precursor  76.81 
 
 		 119 aa  91.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.429944 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3852  conjugal transfer protein TrbC  71.43 
 
 		 125 aa  91.7  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0185203  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1342  conjugal transfer protein TrbC  88.89 
 
 		 127 aa  92  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0563468  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2583  conjugal transfer TrbC transmembrane protein  89.02 
 
 		 130 aa  91.7  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3705  conjugal transfer protein TrbC  88.89 
 
 		 127 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.500827  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30930  TrbC-like protein  88.89 
 
 		 130 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000124423  unclonable  1.6158999999999998e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1551  conjugal transfer protein TrbC  88.89 
 
 		 127 aa  91.3  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0214054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2269  conjugal transfer protein TrbC  85.71 
 
 		 123 aa  90.5  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1317  Conjugal transfer protein TrbC  88.89 
 
 		 128 aa  90.1  8e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2350  Conjugal transfer protein TrbC  56.25 
 
 		 104 aa  90.1  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1896  Conjugal transfer protein TrbC  91.03 
 
 		 130 aa  89  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2351  conjugal transfer protein TrbC  86.42 
 
 		 125 aa  89  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.611476 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0727  conjugal transfer protein TrbC  91.03 
 
 		 128 aa  89  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0437  conjugal transfer protein TrbC  90.91 
 
 		 127 aa  87  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0965  Conjugal transfer protein TrbC  82.67 
 
 		 121 aa  83.6  8e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5374  conjugal transfer protein TrbC  43.27 
 
 		 118 aa  79.7  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.18687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1719  Conjugal transfer protein TrbC  45.95 
 
 		 98 aa  77  0.00000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000440508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0162  conjugal transfer protein TrbC  58.02 
 
 		 104 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.585126 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5223  conjugal transfer protein TrbC  46.25 
 
 		 115 aa  70.5  0.000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2347  Conjugal transfer protein TrbC  44.29 
 
 		 100 aa  70.5  0.000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2818  Conjugal transfer protein TrbC  46.58 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5483  Conjugal transfer protein TrbC  36.27 
 
 		 126 aa  53.5  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2819  Conjugal transfer protein TrbC  41.89 
 
 		 122 aa  52.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9268  conjugal transfer protein TrbC  41.89 
 
 		 134 aa  50.1  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2501  conjugal transfer protein TrbC  39.53 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5377  conjugal transfer protein TrbC  36.47 
 
 		 126 aa  47.8  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.672041  normal  0.224067 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4262  conjugal transfer protein TrbC  39.39 
 
 		 122 aa  47.8  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4691  conjugal transfer protein TrbC  41.67 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6503  conjugal transfer protein TrbC  34.18 
 
 		 154 aa  45.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129568  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4273  conjugal transfer protein TrbC  34.18 
 
 		 154 aa  45.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000103754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6634  conjugal transfer protein TrbC  34.18 
 
 		 154 aa  45.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197528  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4568  conjugal transfer protein TrbC  33.33 
 
 		 123 aa  45.1  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0048  conjugal transfer protein TrbC  38.57 
 
 		 126 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.338701  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8333  conjugal transfer protein TrbC  36.49 
 
 		 134 aa  42.7  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.653427  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9659  conjugal transfer protein  40.79 
 
 		 121 aa  40.4  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>