43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2501 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2501  conjugal transfer protein TrbC  100 
 
 		 113 aa  217  3.9999999999999997e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4691  conjugal transfer protein TrbC  42.68 
 
 		 106 aa  62.8  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2818  Conjugal transfer protein TrbC  31.25 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5377  conjugal transfer protein TrbC  37.37 
 
 		 126 aa  54.3  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.672041  normal  0.224067 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5483  Conjugal transfer protein TrbC  46.38 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9268  conjugal transfer protein TrbC  37.65 
 
 		 134 aa  51.6  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4273  conjugal transfer protein TrbC  40.58 
 
 		 154 aa  51.2  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000103754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6503  conjugal transfer protein TrbC  40.58 
 
 		 154 aa  50.8  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129568  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6634  conjugal transfer protein TrbC  40.58 
 
 		 154 aa  50.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197528  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2347  Conjugal transfer protein TrbC  39.34 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1719  Conjugal transfer protein TrbC  40.98 
 
 		 98 aa  49.3  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000440508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9659  conjugal transfer protein  43.24 
 
 		 121 aa  47.8  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5374  conjugal transfer protein TrbC  35.9 
 
 		 118 aa  47.8  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.18687  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2350  Conjugal transfer protein TrbC  30.53 
 
 		 104 aa  47.4  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0048  conjugal transfer protein TrbC  38.89 
 
 		 126 aa  47.8  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.338701  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1619  Conjugal transfer protein TrbC  42.27 
 
 		 139 aa  47  0.00009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2005  conjugal transfer protein TrbC  33.33 
 
 		 127 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4568  conjugal transfer protein TrbC  47.69 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2028  conjugal transfer protein TrbC  34.85 
 
 		 113 aa  45.4  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2879  conjugal transfer protein TrbC  33.33 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4196  conjugal transfer protein TrbC  37.7 
 
 		 119 aa  44.3  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2351  conjugal transfer protein TrbC  36.07 
 
 		 125 aa  43.9  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.611476 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8333  conjugal transfer protein TrbC  44.07 
 
 		 134 aa  43.5  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.653427  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3900  conjugal transfer protein TrbC  31.71 
 
 		 109 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3828  conjugal transfer protein TrbC  30 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.609661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1317  Conjugal transfer protein TrbC  36.07 
 
 		 128 aa  41.6  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30930  TrbC-like protein  37.7 
 
 		 130 aa  41.6  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000124423  unclonable  1.6158999999999998e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1342  conjugal transfer protein TrbC  37.7 
 
 		 127 aa  42  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0563468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3705  conjugal transfer protein TrbC  37.7 
 
 		 127 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.500827  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1551  conjugal transfer protein TrbC  37.7 
 
 		 127 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0214054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3505  Conjugal transfer protein TrbC  36.07 
 
 		 128 aa  41.2  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1283  conjugal transfer protein TrbC  36.07 
 
 		 128 aa  41.2  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35710  P-type conjugative transfer protein TrbC  37.7 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.120945  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2583  conjugal transfer TrbC transmembrane protein  37.7 
 
 		 130 aa  41.2  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2646  Conjugal transfer protein TrbC  39.34 
 
 		 130 aa  40.8  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3540  conjugal transfer protein TrbC  31.15 
 
 		 114 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0127042  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1483  conjugal transfer protein TrbC  30.43 
 
 		 110 aa  40.8  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.157132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2698  conjugal transfer protein TrbC  36.07 
 
 		 125 aa  40.8  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0257  Type IV secretory pathway AvhB2 protein  46.67 
 
 		 98 aa  40.8  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2910  conjugal transfer protein TrbC  36.07 
 
 		 125 aa  40.4  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3195  conjugal transfer protein TrbC  31.15 
 
 		 110 aa  40.4  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.44618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3999  conjugal transfer protein TrbC  32.53 
 
 		 110 aa  40  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.613451  normal  0.88722 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1012  Conjugal transfer protein TrbC  32.86 
 
 		 108 aa  40  0.01  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84905  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>