18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_A0048 on replicon NC_009704
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009704  YpsIP31758_A0048  conjugal transfer protein TrbC  100 
 
 		 126 aa  246  8e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.338701  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2266  conjugal transfer protein TrbC  71.05 
 
 		 130 aa  141  3e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000000154059  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4273  conjugal transfer protein TrbC  50 
 
 		 154 aa  120  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000103754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6503  conjugal transfer protein TrbC  46.61 
 
 		 154 aa  107  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129568  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6634  conjugal transfer protein TrbC  46.61 
 
 		 154 aa  107  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197528  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5483  Conjugal transfer protein TrbC  36.28 
 
 		 126 aa  67  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4568  conjugal transfer protein TrbC  37.38 
 
 		 123 aa  65.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5377  conjugal transfer protein TrbC  38.46 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.672041  normal  0.224067 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9268  conjugal transfer protein TrbC  35.78 
 
 		 134 aa  62  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4691  conjugal transfer protein TrbC  37.21 
 
 		 106 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9659  conjugal transfer protein  33.64 
 
 		 121 aa  56.2  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8333  conjugal transfer protein TrbC  38.89 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.653427  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2501  conjugal transfer protein TrbC  38.89 
 
 		 113 aa  47.4  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2350  Conjugal transfer protein TrbC  29.41 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2028  conjugal transfer protein TrbC  37.1 
 
 		 113 aa  41.6  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3540  conjugal transfer protein TrbC  37.33 
 
 		 114 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0127042  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1012  Conjugal transfer protein TrbC  32.94 
 
 		 108 aa  40.8  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3900  conjugal transfer protein TrbC  38.98 
 
 		 109 aa  40.8  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394527  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>