50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5377 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5377  conjugal transfer protein TrbC  100 
 
 		 126 aa  238  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.672041  normal  0.224067 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5483  Conjugal transfer protein TrbC  75.22 
 
 		 126 aa  149  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9268  conjugal transfer protein TrbC  63.24 
 
 		 134 aa  143  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8333  conjugal transfer protein TrbC  71.68 
 
 		 134 aa  127  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.653427  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4568  conjugal transfer protein TrbC  71.7 
 
 		 123 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9659  conjugal transfer protein  69.09 
 
 		 121 aa  117  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4273  conjugal transfer protein TrbC  46.24 
 
 		 154 aa  80.1  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000103754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6634  conjugal transfer protein TrbC  47.62 
 
 		 154 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197528  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6503  conjugal transfer protein TrbC  47.62 
 
 		 154 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129568  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0048  conjugal transfer protein TrbC  40 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.338701  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4691  conjugal transfer protein TrbC  41.38 
 
 		 106 aa  62  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1619  Conjugal transfer protein TrbC  39.42 
 
 		 139 aa  61.2  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1012  Conjugal transfer protein TrbC  42.47 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2501  conjugal transfer protein TrbC  37.37 
 
 		 113 aa  54.3  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2825  Conjugal transfer protein TrbC  40.24 
 
 		 113 aa  51.2  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2028  conjugal transfer protein TrbC  42.86 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3540  conjugal transfer protein TrbC  37.68 
 
 		 114 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0127042  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3828  conjugal transfer protein TrbC  34.15 
 
 		 110 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.609661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2266  conjugal transfer protein TrbC  36.84 
 
 		 130 aa  47.4  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000000154059  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0807  conjugal transfer protein TrbC  37.5 
 
 		 110 aa  47.4  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3900  conjugal transfer protein TrbC  40.35 
 
 		 109 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5374  conjugal transfer protein TrbC  36.59 
 
 		 118 aa  47  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.18687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2819  Conjugal transfer protein TrbC  32.35 
 
 		 122 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3692  conjugal transfer protein TrbC  40 
 
 		 111 aa  46.6  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2818  Conjugal transfer protein TrbC  37.68 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2350  Conjugal transfer protein TrbC  34.69 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2323  conjugal transfer protein TrbC  41.77 
 
 		 110 aa  46.2  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.547163  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2484  conjugal transfer protein TrbC  39.76 
 
 		 110 aa  45.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.309797 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3003  conjugal transfer protein TrbC  37.5 
 
 		 110 aa  45.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3365  conjugal transfer protein trbC  40.68 
 
 		 109 aa  44.3  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.996554  normal  0.615312 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2879  conjugal transfer protein TrbC  43.84 
 
 		 110 aa  44.3  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3999  conjugal transfer protein TrbC  40.51 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.613451  normal  0.88722 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0162  conjugal transfer protein TrbC  44.64 
 
 		 104 aa  43.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.585126 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7742  conjugal transfer protein TrbC precursor  46.27 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.429944 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7441  putative conjugal transfer protein  37.84 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.86569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2613  conjugal transfer protein TrbC  43.84 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3087  Conjugal transfer protein TrbC  36.25 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4196  conjugal transfer protein TrbC  41.25 
 
 		 119 aa  43.5  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0748  conjugal transfer protein TrbC  37.5 
 
 		 110 aa  42  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4179  VIRB2 type IV secretion  36.52 
 
 		 111 aa  42  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0698  conjugal transfer protein TrbC  40.96 
 
 		 110 aa  42  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1483  conjugal transfer protein TrbC  35 
 
 		 110 aa  41.6  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.157132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3213  conjugal transfer protein TrbC  40.74 
 
 		 109 aa  42  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00593257  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1836  conjugal transfer protein TrbC  42.37 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3852  conjugal transfer protein TrbC  44.74 
 
 		 125 aa  41.2  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0185203  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3542  conjugal transfer protein TrbC  40.91 
 
 		 110 aa  40.8  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1193  conjugal transfer protein TrbC  40.91 
 
 		 110 aa  40.8  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.277659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0317  conjugal transfer protein TrbC  43.75 
 
 		 110 aa  40.8  0.007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0185631  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1501  conjugal transfer protein trbC  37.29 
 
 		 108 aa  40.4  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35710  P-type conjugative transfer protein TrbC  42.37 
 
 		 94 aa  40  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.120945  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>