37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8333 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8333  conjugal transfer protein TrbC  100 
 
 		 134 aa  261  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.653427  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9268  conjugal transfer protein TrbC  73.33 
 
 		 134 aa  172  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5377  conjugal transfer protein TrbC  71.68 
 
 		 126 aa  143  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.672041  normal  0.224067 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5483  Conjugal transfer protein TrbC  88.37 
 
 		 126 aa  142  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4568  conjugal transfer protein TrbC  67.48 
 
 		 123 aa  132  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9659  conjugal transfer protein  59.54 
 
 		 121 aa  112  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4273  conjugal transfer protein TrbC  40.54 
 
 		 154 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000103754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6503  conjugal transfer protein TrbC  47.13 
 
 		 154 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129568  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6634  conjugal transfer protein TrbC  47.13 
 
 		 154 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197528  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4691  conjugal transfer protein TrbC  37.25 
 
 		 106 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0048  conjugal transfer protein TrbC  40.48 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.338701  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1619  Conjugal transfer protein TrbC  45.33 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3540  conjugal transfer protein TrbC  43.28 
 
 		 114 aa  53.9  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0127042  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2501  conjugal transfer protein TrbC  46.43 
 
 		 113 aa  50.1  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3828  conjugal transfer protein TrbC  45.45 
 
 		 110 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.609661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3900  conjugal transfer protein TrbC  36 
 
 		 109 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3087  Conjugal transfer protein TrbC  42.5 
 
 		 110 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1012  Conjugal transfer protein TrbC  36.92 
 
 		 108 aa  47.4  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7742  conjugal transfer protein TrbC precursor  45.21 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.429944 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3003  conjugal transfer protein TrbC  41.33 
 
 		 110 aa  46.6  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2818  Conjugal transfer protein TrbC  37.1 
 
 		 132 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2028  conjugal transfer protein TrbC  39.34 
 
 		 113 aa  45.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3365  conjugal transfer protein trbC  37.68 
 
 		 109 aa  45.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.996554  normal  0.615312 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2323  conjugal transfer protein TrbC  44.59 
 
 		 110 aa  45.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.547163  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2613  conjugal transfer protein TrbC  45.71 
 
 		 114 aa  45.4  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0807  conjugal transfer protein TrbC  36.14 
 
 		 110 aa  43.9  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2825  Conjugal transfer protein TrbC  37.65 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2879  conjugal transfer protein TrbC  40.74 
 
 		 110 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0748  conjugal transfer protein TrbC  39.76 
 
 		 110 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5374  conjugal transfer protein TrbC  47.5 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.18687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3692  conjugal transfer protein TrbC  40.24 
 
 		 111 aa  42.7  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2350  Conjugal transfer protein TrbC  44.07 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0698  conjugal transfer protein TrbC  40.96 
 
 		 110 aa  41.6  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2484  conjugal transfer protein TrbC  45.76 
 
 		 110 aa  41.2  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.309797 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3213  conjugal transfer protein TrbC  37.35 
 
 		 109 aa  40.4  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00593257  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0162  conjugal transfer protein TrbC  42.86 
 
 		 104 aa  40.4  0.009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.585126 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1501  conjugal transfer protein trbC  37.29 
 
 		 108 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>