24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6634 on replicon NC_008385
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007337  Reut_D6503  conjugal transfer protein TrbC  100 
 
 		 154 aa  302  1.0000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129568  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6634  conjugal transfer protein TrbC  100 
 
 		 154 aa  302  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197528  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4273  conjugal transfer protein TrbC  92.86 
 
 		 154 aa  281  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000103754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0048  conjugal transfer protein TrbC  46.61 
 
 		 126 aa  105  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.338701  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2266  conjugal transfer protein TrbC  60.23 
 
 		 130 aa  92.4  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000000154059  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5483  Conjugal transfer protein TrbC  40.98 
 
 		 126 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9268  conjugal transfer protein TrbC  46.39 
 
 		 134 aa  78.6  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5377  conjugal transfer protein TrbC  46.24 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.672041  normal  0.224067 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4568  conjugal transfer protein TrbC  44.44 
 
 		 123 aa  73.6  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4691  conjugal transfer protein TrbC  36.63 
 
 		 106 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8333  conjugal transfer protein TrbC  40.54 
 
 		 134 aa  65.9  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.653427  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9659  conjugal transfer protein  46.94 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2350  Conjugal transfer protein TrbC  41.49 
 
 		 104 aa  53.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2501  conjugal transfer protein TrbC  40.58 
 
 		 113 aa  50.8  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1619  Conjugal transfer protein TrbC  37.89 
 
 		 139 aa  51.2  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2819  Conjugal transfer protein TrbC  34.12 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2818  Conjugal transfer protein TrbC  36.84 
 
 		 132 aa  43.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3540  conjugal transfer protein TrbC  39.74 
 
 		 114 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0127042  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3828  conjugal transfer protein TrbC  46.3 
 
 		 110 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.609661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1012  Conjugal transfer protein TrbC  42.65 
 
 		 108 aa  41.6  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3900  conjugal transfer protein TrbC  46.3 
 
 		 109 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5374  conjugal transfer protein TrbC  41.1 
 
 		 118 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.18687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3365  conjugal transfer protein trbC  40.85 
 
 		 109 aa  40.4  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.996554  normal  0.615312 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2028  conjugal transfer protein TrbC  39.66 
 
 		 113 aa  40.4  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>