71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3900 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3900  conjugal transfer protein TrbC  100 
 
 		 109 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7441  putative conjugal transfer protein  85.9 
 
 		 107 aa  123  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.86569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3540  conjugal transfer protein TrbC  81.58 
 
 		 114 aa  122  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0127042  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1012  Conjugal transfer protein TrbC  70.73 
 
 		 108 aa  120  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3365  conjugal transfer protein trbC  80.77 
 
 		 109 aa  116  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.996554  normal  0.615312 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3828  conjugal transfer protein TrbC  89.66 
 
 		 110 aa  106  9.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.609661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2028  conjugal transfer protein TrbC  72.73 
 
 		 113 aa  102  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1501  conjugal transfer protein trbC  87.3 
 
 		 108 aa  97.8  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2879  conjugal transfer protein TrbC  67.07 
 
 		 110 aa  96.7  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2323  conjugal transfer protein TrbC  74.07 
 
 		 110 aa  96.7  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.547163  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3087  Conjugal transfer protein TrbC  66.67 
 
 		 110 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2825  Conjugal transfer protein TrbC  64.71 
 
 		 113 aa  94.7  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3692  conjugal transfer protein TrbC  70 
 
 		 111 aa  94  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7742  conjugal transfer protein TrbC precursor  77.78 
 
 		 119 aa  93.2  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.429944 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0748  conjugal transfer protein TrbC  67.47 
 
 		 110 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0807  conjugal transfer protein TrbC  70.48 
 
 		 110 aa  93.2  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3195  conjugal transfer protein TrbC  72.29 
 
 		 110 aa  91.3  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.44618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3003  conjugal transfer protein TrbC  64.44 
 
 		 110 aa  90.9  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0698  conjugal transfer protein TrbC  68.67 
 
 		 110 aa  90.1  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2613  conjugal transfer protein TrbC  71.95 
 
 		 114 aa  89.4  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3213  conjugal transfer protein TrbC  68.67 
 
 		 109 aa  89  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00593257  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2484  conjugal transfer protein TrbC  65.56 
 
 		 110 aa  87.8  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.309797 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3852  conjugal transfer protein TrbC  74.67 
 
 		 125 aa  87.8  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0185203  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1836  conjugal transfer protein TrbC  84.38 
 
 		 107 aa  87.8  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1483  conjugal transfer protein TrbC  69.88 
 
 		 110 aa  87.4  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.157132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3542  conjugal transfer protein TrbC  65.52 
 
 		 110 aa  86.3  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1193  conjugal transfer protein TrbC  65.52 
 
 		 110 aa  86.3  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.277659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2005  conjugal transfer protein TrbC  77.01 
 
 		 127 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2583  conjugal transfer TrbC transmembrane protein  79.07 
 
 		 130 aa  84.3  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35710  P-type conjugative transfer protein TrbC  77.01 
 
 		 94 aa  84.3  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.120945  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2910  conjugal transfer protein TrbC  79.76 
 
 		 125 aa  84  7e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2646  Conjugal transfer protein TrbC  79.76 
 
 		 130 aa  84  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3505  Conjugal transfer protein TrbC  79.76 
 
 		 128 aa  84  7e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4196  conjugal transfer protein TrbC  66.67 
 
 		 119 aa  83.6  8e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2698  conjugal transfer protein TrbC  79.76 
 
 		 125 aa  83.6  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0155  conjugal transfer protein TrbC  68.67 
 
 		 109 aa  82.8  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2350  Conjugal transfer protein TrbC  50 
 
 		 104 aa  82  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0162  conjugal transfer protein TrbC  72.88 
 
 		 104 aa  82.4  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.585126 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1283  conjugal transfer protein TrbC  79.52 
 
 		 128 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1342  conjugal transfer protein TrbC  82.5 
 
 		 127 aa  81.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0563468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2351  conjugal transfer protein TrbC  82.5 
 
 		 125 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.611476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3705  conjugal transfer protein TrbC  82.5 
 
 		 127 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.500827  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1551  conjugal transfer protein TrbC  82.5 
 
 		 127 aa  81.3  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0214054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30930  TrbC-like protein  82.5 
 
 		 130 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000124423  unclonable  1.6158999999999998e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1317  Conjugal transfer protein TrbC  82.5 
 
 		 128 aa  80.9  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0965  Conjugal transfer protein TrbC  82.14 
 
 		 121 aa  80.9  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3999  conjugal transfer protein TrbC  80 
 
 		 110 aa  80.9  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.613451  normal  0.88722 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0596  conjugal transfer protein TrbC  81.25 
 
 		 110 aa  80.5  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0508  conjugal transfer protein TrbC  74.03 
 
 		 110 aa  79  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102779  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0727  conjugal transfer protein TrbC  82.05 
 
 		 128 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1896  Conjugal transfer protein TrbC  82.05 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0317  conjugal transfer protein TrbC  64.44 
 
 		 110 aa  77.4  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0185631  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5374  conjugal transfer protein TrbC  44.19 
 
 		 118 aa  76.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.18687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0437  conjugal transfer protein TrbC  81.82 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2269  conjugal transfer protein TrbC  81.25 
 
 		 123 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1719  Conjugal transfer protein TrbC  39.33 
 
 		 98 aa  73.6  0.0000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000440508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5223  conjugal transfer protein TrbC  44 
 
 		 115 aa  67  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2347  Conjugal transfer protein TrbC  42.47 
 
 		 100 aa  66.6  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2818  Conjugal transfer protein TrbC  49.3 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2819  Conjugal transfer protein TrbC  45.83 
 
 		 122 aa  57  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5483  Conjugal transfer protein TrbC  34.52 
 
 		 126 aa  48.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9268  conjugal transfer protein TrbC  38.96 
 
 		 134 aa  47.4  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5377  conjugal transfer protein TrbC  36.49 
 
 		 126 aa  47.4  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.672041  normal  0.224067 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4273  conjugal transfer protein TrbC  39.19 
 
 		 154 aa  45.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000103754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6634  conjugal transfer protein TrbC  39.19 
 
 		 154 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197528  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6503  conjugal transfer protein TrbC  39.19 
 
 		 154 aa  45.4  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129568  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2501  conjugal transfer protein TrbC  32.99 
 
 		 113 aa  44.7  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4568  conjugal transfer protein TrbC  43.08 
 
 		 123 aa  43.9  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4262  conjugal transfer protein TrbC  35.59 
 
 		 122 aa  41.6  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0048  conjugal transfer protein TrbC  37.88 
 
 		 126 aa  40.8  0.006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.338701  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8333  conjugal transfer protein TrbC  36 
 
 		 134 aa  40.4  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.653427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>