71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3195 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3195  conjugal transfer protein TrbC  100 
 
 		 110 aa  213  9e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.44618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1483  conjugal transfer protein TrbC  92.22 
 
 		 110 aa  143  9e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.157132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0698  conjugal transfer protein TrbC  88.89 
 
 		 110 aa  140  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3828  conjugal transfer protein TrbC  80 
 
 		 110 aa  133  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.609661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0155  conjugal transfer protein TrbC  89.66 
 
 		 109 aa  131  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2879  conjugal transfer protein TrbC  76.67 
 
 		 110 aa  130  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0748  conjugal transfer protein TrbC  80 
 
 		 110 aa  130  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3213  conjugal transfer protein TrbC  84.44 
 
 		 109 aa  123  8.000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00593257  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1193  conjugal transfer protein TrbC  73.33 
 
 		 110 aa  119  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.277659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3542  conjugal transfer protein TrbC  73.33 
 
 		 110 aa  119  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0807  conjugal transfer protein TrbC  74.55 
 
 		 110 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1012  Conjugal transfer protein TrbC  72.55 
 
 		 108 aa  117  6e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.84905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3540  conjugal transfer protein TrbC  69.47 
 
 		 114 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0127042  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7441  putative conjugal transfer protein  79.49 
 
 		 107 aa  114  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.86569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2323  conjugal transfer protein TrbC  73.33 
 
 		 110 aa  112  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.547163  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3900  conjugal transfer protein TrbC  72.29 
 
 		 109 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3087  Conjugal transfer protein TrbC  73.33 
 
 		 110 aa  110  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3365  conjugal transfer protein trbC  69.32 
 
 		 109 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.996554  normal  0.615312 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3003  conjugal transfer protein TrbC  71.11 
 
 		 110 aa  107  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2825  Conjugal transfer protein TrbC  70.8 
 
 		 113 aa  102  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0508  conjugal transfer protein TrbC  76.67 
 
 		 110 aa  102  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102779  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2028  conjugal transfer protein TrbC  74.19 
 
 		 113 aa  100  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1836  conjugal transfer protein TrbC  73.26 
 
 		 107 aa  99.4  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3692  conjugal transfer protein TrbC  70.79 
 
 		 111 aa  99.4  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2484  conjugal transfer protein TrbC  68.54 
 
 		 110 aa  97.4  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.309797 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3852  conjugal transfer protein TrbC  62.24 
 
 		 125 aa  95.9  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0185203  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3999  conjugal transfer protein TrbC  86.75 
 
 		 110 aa  95.1  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.613451  normal  0.88722 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2613  conjugal transfer protein TrbC  86.76 
 
 		 114 aa  94.4  5e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0317  conjugal transfer protein TrbC  88.71 
 
 		 110 aa  92.8  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0185631  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2350  Conjugal transfer protein TrbC  46.6 
 
 		 104 aa  91.3  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7742  conjugal transfer protein TrbC precursor  79.41 
 
 		 119 aa  90.5  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.429944 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0596  conjugal transfer protein TrbC  85.19 
 
 		 110 aa  90.1  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2583  conjugal transfer TrbC transmembrane protein  81.61 
 
 		 130 aa  89.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35710  P-type conjugative transfer protein TrbC  78.89 
 
 		 94 aa  89.7  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.120945  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4196  conjugal transfer protein TrbC  71.43 
 
 		 119 aa  90.1  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1501  conjugal transfer protein trbC  79.37 
 
 		 108 aa  89  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2646  Conjugal transfer protein TrbC  82.93 
 
 		 130 aa  88.2  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0162  conjugal transfer protein TrbC  76.27 
 
 		 104 aa  88.2  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.585126 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2005  conjugal transfer protein TrbC  71.03 
 
 		 127 aa  88.2  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2910  conjugal transfer protein TrbC  84.15 
 
 		 125 aa  87.8  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3505  Conjugal transfer protein TrbC  84.15 
 
 		 128 aa  87.8  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2698  conjugal transfer protein TrbC  84.15 
 
 		 125 aa  87.8  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1283  conjugal transfer protein TrbC  84.15 
 
 		 128 aa  87.4  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1342  conjugal transfer protein TrbC  83.95 
 
 		 127 aa  87.4  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0563468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3705  conjugal transfer protein TrbC  83.95 
 
 		 127 aa  87  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.500827  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1551  conjugal transfer protein TrbC  83.95 
 
 		 127 aa  87  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0214054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30930  TrbC-like protein  83.95 
 
 		 130 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000124423  unclonable  1.6158999999999998e-22 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2269  conjugal transfer protein TrbC  71.25 
 
 		 123 aa  86.7  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1317  Conjugal transfer protein TrbC  83.95 
 
 		 128 aa  85.9  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1896  Conjugal transfer protein TrbC  84.62 
 
 		 130 aa  82.8  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0727  conjugal transfer protein TrbC  84.62 
 
 		 128 aa  82.8  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2351  conjugal transfer protein TrbC  82.72 
 
 		 125 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.611476 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0965  Conjugal transfer protein TrbC  82.67 
 
 		 121 aa  81.6  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0437  conjugal transfer protein TrbC  84.42 
 
 		 127 aa  81.3  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5374  conjugal transfer protein TrbC  40.35 
 
 		 118 aa  80.5  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.18687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1719  Conjugal transfer protein TrbC  42.35 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000440508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5223  conjugal transfer protein TrbC  45 
 
 		 115 aa  72  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2347  Conjugal transfer protein TrbC  43.84 
 
 		 100 aa  72  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2818  Conjugal transfer protein TrbC  46.58 
 
 		 132 aa  67.8  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5483  Conjugal transfer protein TrbC  33.33 
 
 		 126 aa  54.3  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2819  Conjugal transfer protein TrbC  45.83 
 
 		 122 aa  53.9  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.611363 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9268  conjugal transfer protein TrbC  39.02 
 
 		 134 aa  49.7  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2501  conjugal transfer protein TrbC  34.88 
 
 		 113 aa  47.4  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5377  conjugal transfer protein TrbC  34 
 
 		 126 aa  47.4  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.672041  normal  0.224067 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4273  conjugal transfer protein TrbC  37.97 
 
 		 154 aa  47.4  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000103754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6634  conjugal transfer protein TrbC  37.97 
 
 		 154 aa  47  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197528  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6503  conjugal transfer protein TrbC  37.97 
 
 		 154 aa  47  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129568  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4568  conjugal transfer protein TrbC  34.41 
 
 		 123 aa  44.7  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4262  conjugal transfer protein TrbC  34.85 
 
 		 122 aa  43.5  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4691  conjugal transfer protein TrbC  35.59 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8333  conjugal transfer protein TrbC  36.14 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.653427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>