More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3447 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3447  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 390 aa  773    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2721  RND family efflux transporter MFP subunit  50.14 
 
 		 389 aa  303  2.0000000000000002e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.938763  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.51 
 
 		 403 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6029  acriflavin resistance protein A  38.75 
 
 		 411 aa  257  3e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.83 
 
 		 403 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  38.3 
 
 		 383 aa  225  8e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  38.7 
 
 		 431 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  37.07 
 
 		 428 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  36.77 
 
 		 386 aa  216  4e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  38.51 
 
 		 395 aa  216  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  38.51 
 
 		 388 aa  216  5e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  38.51 
 
 		 395 aa  216  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3800  RND family efflux transporter MFP subunit  36.22 
 
 		 404 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  35.6 
 
 		 386 aa  213  4.9999999999999996e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  35.33 
 
 		 386 aa  212  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.92 
 
 		 381 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  36.92 
 
 		 381 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  36.92 
 
 		 381 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  35.75 
 
 		 386 aa  208  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  34.32 
 
 		 426 aa  207  4e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  35.96 
 
 		 397 aa  206  6e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  38.92 
 
 		 412 aa  206  6e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  35.69 
 
 		 382 aa  206  7e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  38.08 
 
 		 395 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  35.28 
 
 		 418 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  35.28 
 
 		 418 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1836  multidrug efflux transport protein EefA  35.69 
 
 		 373 aa  204  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000609578 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.22 
 
 		 386 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  41.23 
 
 		 400 aa  203  4e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.78 
 
 		 411 aa  203  4e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  35.15 
 
 		 382 aa  203  5e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.89 
 
 		 410 aa  202  7e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  38.87 
 
 		 381 aa  202  8e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  37.39 
 
 		 397 aa  202  9e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.6 
 
 		 405 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.34834  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  35.15 
 
 		 382 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  36.09 
 
 		 442 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  35.01 
 
 		 418 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  36.09 
 
 		 383 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  36.36 
 
 		 425 aa  201  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  35.65 
 
 		 385 aa  200  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  38.4 
 
 		 398 aa  199  5e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 		 382 aa  199  6e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3719  RND family efflux transporter MFP subunit  35.91 
 
 		 353 aa  199  7e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  35.46 
 
 		 382 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2866  secretion protein HlyD  34.95 
 
 		 400 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.21396  normal  0.0804187 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  35.15 
 
 		 382 aa  197  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  35.63 
 
 		 381 aa  197  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 		 405 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  37.25 
 
 		 412 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  35.78 
 
 		 392 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1927  multidrug efflux transport protein EefA  36.24 
 
 		 373 aa  196  6e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000645896 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  36.93 
 
 		 420 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.61 
 
 		 403 aa  195  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.77 
 
 		 392 aa  195  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392204 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4090  secretion protein HlyD  35.93 
 
 		 386 aa  194  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6680  RND family efflux transporter MFP subunit  36.8 
 
 		 412 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.231623  normal  0.121297 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  36.63 
 
 		 424 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  36.63 
 
 		 424 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  36.63 
 
 		 424 aa  193  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  36.97 
 
 		 412 aa  193  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  35.67 
 
 		 377 aa  192  8e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.91 
 
 		 395 aa  192  8e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6607  HlyD family secretion protein  36.52 
 
 		 418 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.032922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3923  multidrug efflux system protein  36.29 
 
 		 387 aa  192  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1018  RND family efflux transporter MFP subunit  36.12 
 
 		 420 aa  190  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3493  RND family efflux transporter MFP subunit  36.31 
 
 		 381 aa  189  5e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.6 
 
 		 393 aa  189  5.999999999999999e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.62 
 
 		 422 aa  189  7e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  35.38 
 
 		 378 aa  189  7e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  35.52 
 
 		 430 aa  189  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00481  multidrug resistance protein  35.03 
 
 		 434 aa  189  8e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  34.92 
 
 		 405 aa  189  1e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  38.03 
 
 		 400 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0315  RND family efflux transporter MFP subunit  35.85 
 
 		 420 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0058  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  35.85 
 
 		 420 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0523497  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0854  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  35.85 
 
 		 420 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719076  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0859  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  35.85 
 
 		 420 aa  188  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2445  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  35.85 
 
 		 420 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0610  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  35.85 
 
 		 420 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.80065  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  35.19 
 
 		 431 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2512  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.19 
 
 		 383 aa  187  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  35.33 
 
 		 386 aa  187  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.01 
 
 		 397 aa  187  3e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01880  Secretion protein HlyD  35.55 
 
 		 383 aa  187  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  33.33 
 
 		 385 aa  187  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2479  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 		 384 aa  186  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0131  RND family efflux transporter MFP subunit  37.03 
 
 		 383 aa  186  6e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000302028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.42 
 
 		 398 aa  186  6e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.29 
 
 		 379 aa  186  8e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.34 
 
 		 433 aa  186  8e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35 
 
 		 396 aa  186  9e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00182  acriflavine resistance protein a precursor  35.03 
 
 		 381 aa  185  9e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  33.06 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.06 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  33.06 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  33.06 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  33.06 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  33.06 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  33.06 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>