202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0263 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0263  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
555 aa  1123    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343546  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1364  DNA methyltransferase  41.46 
 
 
535 aa  375  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.513353  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3912  DNA-cytosine methyltransferase  37.76 
 
 
553 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.286893  hitchhiker  0.00120484 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1309  C-5 cytosine-specific DNA methylase  35.01 
 
 
539 aa  225  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.130072  normal  0.409653 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1444  C-5 cytosine-specific DNA methylase  35.01 
 
 
539 aa  225  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.532123  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1222  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.92 
 
 
533 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1656  DNA-cytosine methyltransferase  34.61 
 
 
487 aa  209  7e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0557  DNA-cytosine methyltransferase  34.41 
 
 
486 aa  209  9e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0465  DNA-cytosine methyltransferase  39.62 
 
 
490 aa  144  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1499  DNA-cytosine methyltransferase  32.48 
 
 
703 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1422  DNA-cytosine methyltransferase  34.32 
 
 
365 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0062681  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2841  DNA-cytosine methyltransferase  26.19 
 
 
719 aa  103  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0393  DNA-cytosine methyltransferase  26.03 
 
 
719 aa  102  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0047  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  35.94 
 
 
352 aa  79.7  0.0000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00306927  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20440  DNA-methyltransferase Dcm  31.05 
 
 
315 aa  78.2  0.0000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.359782  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  32.21 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0883  DNA-cytosine methyltransferase  31.91 
 
 
389 aa  77  0.0000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.88 
 
 
451 aa  76.3  0.000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1972  DNA-cytosine methyltransferase  31.85 
 
 
490 aa  73.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0825702  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0429  DNA-cytosine methyltransferase  33.99 
 
 
462 aa  71.6  0.00000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.584191  normal  0.0384106 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001833  DNA-cytosine methyltransferase  30.86 
 
 
427 aa  70.9  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  26.58 
 
 
456 aa  70.9  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  26.58 
 
 
456 aa  70.5  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  26.2 
 
 
460 aa  70.1  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  26.2 
 
 
460 aa  70.1  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4374  DNA-cytosine methyltransferase  27.57 
 
 
417 aa  68.9  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.423632  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  25.55 
 
 
437 aa  68.2  0.0000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0822  DNA-cytosine methyltransferase  29.61 
 
 
318 aa  67.8  0.0000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.091848  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  29.25 
 
 
305 aa  67.4  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2858  DNA-cytosine methyltransferase  38.13 
 
 
502 aa  67  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.568201  normal 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1823  DNA-cytosine methyltransferase  29.5 
 
 
321 aa  66.6  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4919  DNA-cytosine methyltransferase  30.34 
 
 
416 aa  66.6  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440588 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  30.5 
 
 
416 aa  65.9  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0365  DNA-cytosine methyltransferase family protein  28.4 
 
 
350 aa  65.1  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  30.77 
 
 
368 aa  65.5  0.000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  33.81 
 
 
488 aa  65.1  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1523  DNA-cytosine methyltransferase  26.19 
 
 
335 aa  64.3  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00206279  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  28.47 
 
 
320 aa  64.7  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4337  cytosine-specific methyltransferase NlaX  27.98 
 
 
348 aa  64.3  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0259442  hitchhiker  0.000000011708 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3572  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
370 aa  63.9  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  unclonable  0.0000000000674254  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  31.94 
 
 
313 aa  63.5  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3442  DNA-cytosine methyltransferase  31.03 
 
 
380 aa  63.5  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.836948  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  32.28 
 
 
335 aa  63.2  0.00000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  32.54 
 
 
335 aa  63.2  0.00000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  38.46 
 
 
370 aa  62.4  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0832  DNA-cytosine methyltransferase  28.93 
 
 
383 aa  62.8  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  26.62 
 
 
465 aa  62.4  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0841  modification methylase HpaII (cytosine-specific methyltransferase HpaII)  31.11 
 
 
373 aa  61.6  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.59966e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  37.14 
 
 
379 aa  61.6  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  27.46 
 
 
406 aa  61.6  0.00000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  26.78 
 
 
400 aa  61.2  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  29.61 
 
 
310 aa  60.8  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0932  DNA-cytosine methyltransferase  26.47 
 
 
350 aa  61.2  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000150039 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  28.87 
 
 
438 aa  60.8  0.00000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  32.59 
 
 
435 aa  60.8  0.00000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  27.82 
 
 
362 aa  60.1  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  25.61 
 
 
361 aa  60.1  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3387  DNA-cytosine methyltransferase  30.26 
 
 
417 aa  60.5  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28418  normal 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  28.91 
 
 
438 aa  60.5  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  24.29 
 
 
311 aa  60.1  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  30.91 
 
 
313 aa  60.1  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2854  DNA-cytosine methyltransferase  28.95 
 
 
372 aa  59.7  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  31.21 
 
 
328 aa  59.7  0.0000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0352  DNA-cytosine methyltransferase  29.25 
 
 
390 aa  60.1  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  27.59 
 
 
388 aa  60.1  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  30.2 
 
 
357 aa  59.3  0.0000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
373 aa  58.5  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3583  DNA-cytosine methyltransferase  27.52 
 
 
487 aa  58.9  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  32.64 
 
 
345 aa  58.2  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3354  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.2 
 
 
418 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0230  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  28.65 
 
 
283 aa  58.2  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0058  phage-related DNA methylase, N-terminal region  32.82 
 
 
239 aa  57.8  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  21.74 
 
 
324 aa  57.8  0.0000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  29.85 
 
 
313 aa  57.8  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  28.67 
 
 
423 aa  57.8  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1143  DNA-cytosine methyltransferase  29.14 
 
 
426 aa  57.8  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0961  DNA-cytosine methyltransferase  30.77 
 
 
350 aa  57.8  0.0000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00151605  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl308  modification methylase Sau3AI (GATC cytosine-specific methyltransferase)  34.31 
 
 
404 aa  57.4  0.0000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00656674  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  27.61 
 
 
308 aa  57.4  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0472  DNA-cytosine methyltransferase  27.08 
 
 
390 aa  57.4  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1359  site-specific DNA methylase  32.84 
 
 
423 aa  57  0.0000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.00000354899  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  27.74 
 
 
319 aa  57  0.0000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  23.49 
 
 
350 aa  56.2  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0731  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.03 
 
 
385 aa  56.2  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0533195  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2232  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  28.85 
 
 
405 aa  56.6  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.996757  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  29.32 
 
 
398 aa  56.2  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  27.97 
 
 
423 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1093  DNA-cytosine methyltransferase  31.47 
 
 
386 aa  56.6  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1749  DNA-cytosine methyltransferase  38.24 
 
 
350 aa  56.6  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000535565  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0752  DNA-cytosine methyltransferase  28.46 
 
 
371 aa  57  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  34.18 
 
 
323 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2537  DNA-cytosine methyltransferase  25.66 
 
 
379 aa  55.8  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0082  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  32.31 
 
 
424 aa  56.2  0.000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    unclonable  0.00000000201074 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  24.45 
 
 
657 aa  55.5  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0727  DNA-cytosine methyltransferase  40.68 
 
 
372 aa  55.1  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00617337  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1728  DNA-cytosine methyltransferase  24.78 
 
 
483 aa  55.5  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.770689  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  23.22 
 
 
418 aa  55.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  23.22 
 
 
418 aa  55.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  22.17 
 
 
415 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2521  modification methylase DdeI  30.13 
 
 
518 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>