More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1972 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1972  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
490 aa  1009    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0825702  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001833  DNA-cytosine methyltransferase  43.4 
 
 
427 aa  371  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20440  DNA-methyltransferase Dcm  46.95 
 
 
315 aa  277  4e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.359782  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  27.2 
 
 
727 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1728  DNA-cytosine methyltransferase  38.95 
 
 
483 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.770689  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  27.19 
 
 
331 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0817  DNA-cytosine methyltransferase  32.56 
 
 
385 aa  126  7e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0833  DNA-cytosine methyltransferase  32.56 
 
 
385 aa  126  7e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  29.62 
 
 
328 aa  126  9e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  28.02 
 
 
350 aa  125  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  29.63 
 
 
311 aa  125  2e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_24513  predicted protein  31.89 
 
 
820 aa  124  3e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.558259  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  29.28 
 
 
416 aa  123  6e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1008  cytosine-specific methyltransferase NlaX  28.02 
 
 
350 aa  123  7e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.02363e-62 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_25785  predicted protein  31.25 
 
 
778 aa  121  3e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00893206 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  29.68 
 
 
320 aa  120  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.21 
 
 
451 aa  119  9e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  27.17 
 
 
657 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  28.26 
 
 
305 aa  117  6e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  38.46 
 
 
437 aa  116  8.999999999999998e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0145  hypothetical protein  29.13 
 
 
417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  27.38 
 
 
338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0058  phage-related DNA methylase, N-terminal region  37.78 
 
 
239 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4652  DNA-cytosine methyltransferase  38.65 
 
 
413 aa  114  4.0000000000000004e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.030739 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  39.52 
 
 
319 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  25.68 
 
 
324 aa  114  5e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3387  DNA-cytosine methyltransferase  37.7 
 
 
417 aa  114  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28418  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3442  DNA-cytosine methyltransferase  32.35 
 
 
380 aa  114  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.836948  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1143  DNA-cytosine methyltransferase  29.18 
 
 
426 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2140  DNA-cytosine methyltransferase  28.49 
 
 
428 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0414  DNA-cytosine methyltransferase  27.79 
 
 
436 aa  110  6e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.596456  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  26.2 
 
 
329 aa  110  8.000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  26.61 
 
 
327 aa  109  1e-22  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  37.04 
 
 
435 aa  109  1e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3583  DNA-cytosine methyltransferase  30.92 
 
 
487 aa  109  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0356  site-specific DNA methylase  28.83 
 
 
323 aa  108  2e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3354  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.54 
 
 
418 aa  107  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  37.36 
 
 
423 aa  107  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  37.91 
 
 
423 aa  107  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4919  DNA-cytosine methyltransferase  26.24 
 
 
416 aa  106  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440588 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0352  DNA-cytosine methyltransferase  30.87 
 
 
390 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0083  DNA-cytosine methyltransferase  29.71 
 
 
425 aa  106  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.817279  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0472  DNA-cytosine methyltransferase  31.65 
 
 
390 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  28.79 
 
 
320 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4374  DNA-cytosine methyltransferase  27.11 
 
 
417 aa  105  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.423632  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  34.73 
 
 
308 aa  104  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2371  DNA-cytosine methyltransferase  26.82 
 
 
419 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0692329  hitchhiker  0.000000223127 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0230  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  33.5 
 
 
283 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0822  DNA-cytosine methyltransferase  27.03 
 
 
318 aa  103  1e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.091848  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  27.57 
 
 
368 aa  103  1e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1422  DNA-cytosine methyltransferase  28.7 
 
 
365 aa  102  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0062681  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  25.47 
 
 
329 aa  102  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47357  predicted protein  27.86 
 
 
495 aa  102  2e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.22131  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  29.48 
 
 
313 aa  102  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  25.88 
 
 
336 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3057  DNA-cytosine methyltransferase  28.53 
 
 
406 aa  101  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  35.43 
 
 
438 aa  100  4e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0883  DNA-cytosine methyltransferase  35.54 
 
 
389 aa  100  6e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl308  modification methylase Sau3AI (GATC cytosine-specific methyltransferase)  32.06 
 
 
404 aa  100  7e-20  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00656674  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5352  DNA-cytosine methyltransferase  29.38 
 
 
444 aa  99.8  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  28.82 
 
 
313 aa  99.8  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  26.99 
 
 
310 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1364  DNA methyltransferase  33.49 
 
 
535 aa  97.8  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.513353  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  27.99 
 
 
334 aa  97.8  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1127  DNA-cytosine methyltransferase  28.19 
 
 
359 aa  97.8  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000503374  unclonable  0.0000088158 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1962  DNA-cytosine methyltransferase  36.84 
 
 
467 aa  97.8  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0166825 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0082  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  33.5 
 
 
424 aa  96.3  1e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    unclonable  0.00000000201074 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2841  DNA-cytosine methyltransferase  31.58 
 
 
719 aa  95.9  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0832  DNA-cytosine methyltransferase  33.92 
 
 
383 aa  95.9  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0061  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.41 
 
 
236 aa  95.5  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.346771  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  37.5 
 
 
460 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0298  DNA-cytosine methyltransferase  27.41 
 
 
415 aa  95.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  37.5 
 
 
460 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  33.93 
 
 
379 aa  94.7  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  26.04 
 
 
335 aa  94.4  4e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0393  DNA-cytosine methyltransferase  30.77 
 
 
719 aa  94.4  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  30.54 
 
 
406 aa  93.6  8e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1359  site-specific DNA methylase  32.99 
 
 
423 aa  93.2  9e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.00000354899  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2551  DNA cytosine methylase  27.2 
 
 
471 aa  93.2  9e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.491902 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0566  DNA-cytosine methyltransferase  35.6 
 
 
449 aa  93.2  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.76321  normal  0.105811 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2208  DNA cytosine methylase  27.65 
 
 
476 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.736012 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2155  DNA cytosine methylase  27.65 
 
 
476 aa  92.8  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0409475 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2151  DNA cytosine methylase  27.65 
 
 
476 aa  92.8  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.366802 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2460  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 
424 aa  92.8  1e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266884  hitchhiker  0.00000000000186187 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1127  DNA cytosine methylase  27.65 
 
 
476 aa  92.8  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00778828  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1017  DNA-cytosine methyltransferase  34.41 
 
 
407 aa  93.2  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000173246  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1249  DNA cytosine methylase  27.65 
 
 
476 aa  92.8  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.608462  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2063  DNA cytosine methylase  28.69 
 
 
472 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00482699  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0923  DNA cytosine methylase  28.69 
 
 
472 aa  91.7  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.579059  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0573  DNA cytosine methylase  26.65 
 
 
491 aa  91.7  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0841  modification methylase HpaII (cytosine-specific methyltransferase HpaII)  26.86 
 
 
373 aa  90.9  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.59966e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1682  DNA cytosine methylase  28.13 
 
 
472 aa  90.5  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0382129 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1688  DNA-cytosine methyltransferase  28.13 
 
 
472 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.105701  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0452  DNA-cytosine methyltransferase  33.91 
 
 
392 aa  90.1  7e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0206606  hitchhiker  0.00155723 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2738  DNA cytosine methylase  28.13 
 
 
472 aa  90.5  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.285306  normal  0.358012 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  30.23 
 
 
328 aa  90.1  7e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1224  DNA cytosine methylase  28.69 
 
 
472 aa  90.1  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.27257  normal  0.639542 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  30.8 
 
 
456 aa  90.1  9e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  30.08 
 
 
456 aa  90.1  9e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4756  DNA-cytosine methyltransferase  46.72 
 
 
375 aa  88.6  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0971048 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>