254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0352 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0472  DNA-cytosine methyltransferase  84.1 
 
 
390 aa  679    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0352  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
390 aa  785    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3442  DNA-cytosine methyltransferase  55.67 
 
 
380 aa  381  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.836948  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0817  DNA-cytosine methyltransferase  52.14 
 
 
385 aa  336  5e-91  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0833  DNA-cytosine methyltransferase  52.14 
 
 
385 aa  336  5e-91  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_24513  predicted protein  33.49 
 
 
820 aa  160  4e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.558259  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_25785  predicted protein  34.38 
 
 
778 aa  144  4e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00893206 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_25721  predicted protein  31.56 
 
 
848 aa  123  5e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.185267  normal  0.216666 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20440  DNA-methyltransferase Dcm  30.29 
 
 
315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.359782  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1972  DNA-cytosine methyltransferase  30.87 
 
 
490 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0825702  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  27.76 
 
 
305 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001833  DNA-cytosine methyltransferase  29.08 
 
 
427 aa  103  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1728  DNA-cytosine methyltransferase  38.46 
 
 
483 aa  102  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.770689  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0883  DNA-cytosine methyltransferase  35.54 
 
 
389 aa  99.8  8e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  24.27 
 
 
350 aa  98.6  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  25.96 
 
 
329 aa  98.2  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0822  DNA-cytosine methyltransferase  32.76 
 
 
318 aa  97.1  5e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.091848  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  32.3 
 
 
313 aa  96.7  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  31.21 
 
 
319 aa  96.3  9e-19  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  27.5 
 
 
329 aa  95.9  1e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  25.71 
 
 
310 aa  95.5  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  30 
 
 
313 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  31.01 
 
 
308 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  26.05 
 
 
324 aa  95.5  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  27.18 
 
 
328 aa  94.4  3e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  27.48 
 
 
320 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4652  DNA-cytosine methyltransferase  31.05 
 
 
413 aa  94  5e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.030739 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  26.67 
 
 
338 aa  93.6  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0230  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  36.36 
 
 
283 aa  92.4  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  26.73 
 
 
320 aa  92.4  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  30.25 
 
 
727 aa  92.8  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  35.44 
 
 
460 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  32.16 
 
 
437 aa  91.7  2e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1008  cytosine-specific methyltransferase NlaX  24.31 
 
 
350 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.02363e-62 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  27.61 
 
 
313 aa  92  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  35.44 
 
 
460 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  30.25 
 
 
331 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  32.39 
 
 
345 aa  90.5  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 
328 aa  90.9  4e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.91 
 
 
451 aa  90.1  7e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  36.36 
 
 
416 aa  89.7  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  28.22 
 
 
406 aa  89  1e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  25.85 
 
 
657 aa  88.2  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4919  DNA-cytosine methyltransferase  25.74 
 
 
416 aa  88.6  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440588 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2854  DNA-cytosine methyltransferase  36.78 
 
 
372 aa  86.7  6e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  32.72 
 
 
327 aa  86.3  8e-16  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  26.6 
 
 
336 aa  86.3  8e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
456 aa  86.3  8e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
456 aa  86.3  9e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  33.7 
 
 
435 aa  85.5  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  25.24 
 
 
311 aa  85.9  0.000000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  29.76 
 
 
438 aa  85.1  0.000000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0932  DNA-cytosine methyltransferase  29.55 
 
 
350 aa  85.5  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000150039 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl308  modification methylase Sau3AI (GATC cytosine-specific methyltransferase)  32.56 
 
 
404 aa  84.3  0.000000000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00656674  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0356  site-specific DNA methylase  26.99 
 
 
323 aa  83.6  0.000000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  33.74 
 
 
423 aa  83.2  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4374  DNA-cytosine methyltransferase  26.07 
 
 
417 aa  82.8  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.423632  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  33.74 
 
 
423 aa  82.8  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0082  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  34.02 
 
 
424 aa  82.4  0.00000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    unclonable  0.00000000201074 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1359  site-specific DNA methylase  32.35 
 
 
423 aa  82  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.00000354899  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  27.69 
 
 
334 aa  82  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1017  DNA-cytosine methyltransferase  33.91 
 
 
407 aa  80.9  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000173246  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1810  C-5 cytosine-specific DNA methylase  36.78 
 
 
382 aa  80.5  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  29.03 
 
 
368 aa  80.5  0.00000000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  27.98 
 
 
357 aa  79.7  0.00000000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1962  DNA-cytosine methyltransferase  30.59 
 
 
467 aa  79.7  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0166825 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0832  DNA-cytosine methyltransferase  30.53 
 
 
383 aa  79.7  0.00000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47357  predicted protein  22.82 
 
 
495 aa  79  0.0000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.22131  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0145  hypothetical protein  26.49 
 
 
417 aa  78.6  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2460  DNA-cytosine methyltransferase  31.03 
 
 
424 aa  77.4  0.0000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266884  hitchhiker  0.00000000000186187 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4337  cytosine-specific methyltransferase NlaX  28.49 
 
 
348 aa  77  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0259442  hitchhiker  0.000000011708 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  29.76 
 
 
335 aa  76.6  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  24.55 
 
 
335 aa  76.6  0.0000000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0298  DNA-cytosine methyltransferase  33.73 
 
 
415 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1389  DNA-cytosine methyltransferase  36.2 
 
 
387 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.376971  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.3 
 
 
362 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2371  DNA-cytosine methyltransferase  27.54 
 
 
419 aa  75.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0692329  hitchhiker  0.000000223127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3202  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 
417 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000317903  unclonable  0.0000000000251181 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  30.81 
 
 
415 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1364  DNA methyltransferase  30.18 
 
 
535 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.513353  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2261  DNA-cytosine methyltransferase  35.84 
 
 
387 aa  75.1  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1523  DNA-cytosine methyltransferase  28.24 
 
 
335 aa  74.7  0.000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00206279  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3531  prophage LambdaBa01, C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  30.62 
 
 
259 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0058  phage-related DNA methylase, N-terminal region  24.9 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3814  prophage LambdaBa01, C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  30.62 
 
 
259 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4109  DNA-cytosine methyltransferase  33.74 
 
 
395 aa  73.9  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.560504  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  28.05 
 
 
323 aa  73.9  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2462  DNA-cytosine methyltransferase  30.6 
 
 
412 aa  73.6  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.017331  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3450  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.67 
 
 
251 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.189675  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1823  DNA-cytosine methyltransferase  26.19 
 
 
321 aa  73.6  0.000000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  27.44 
 
 
379 aa  73.2  0.000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3387  DNA-cytosine methyltransferase  34.32 
 
 
417 aa  73.2  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28418  normal 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4252  DNA-cytosine methyltransferase  26.73 
 
 
318 aa  72.8  0.000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0263417 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.99 
 
 
431 aa  72.4  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  27.91 
 
 
373 aa  72.4  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  29.65 
 
 
468 aa  71.6  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1143  DNA-cytosine methyltransferase  32.53 
 
 
426 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1588  DNA-cytosine methyltransferase  30.77 
 
 
385 aa  70.5  0.00000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0414  DNA-cytosine methyltransferase  30.27 
 
 
436 aa  70.5  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.596456  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1422  DNA-cytosine methyltransferase  26.32 
 
 
365 aa  70.1  0.00000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0062681  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>