174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4109 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4109  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
395 aa  811    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.560504  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1389  DNA-cytosine methyltransferase  77.72 
 
 
387 aa  624  1e-177  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.376971  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1810  C-5 cytosine-specific DNA methylase  56.25 
 
 
382 aa  426  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1337  DNA-cytosine methyltransferase  53.4 
 
 
393 aa  396  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.911958 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2261  DNA-cytosine methyltransferase  52.72 
 
 
387 aa  393  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1470  DNA-cytosine methyltransferase  47.88 
 
 
411 aa  366  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4756  DNA-cytosine methyltransferase  49.86 
 
 
375 aa  348  9e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0971048 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0547  DNA-cytosine methyltransferase  49.61 
 
 
383 aa  345  6e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0452  DNA-cytosine methyltransferase  35.98 
 
 
392 aa  191  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0206606  hitchhiker  0.00155723 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4240  DNA-cytosine methyltransferase  35.88 
 
 
387 aa  182  7e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481849  normal  0.893444 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1588  DNA-cytosine methyltransferase  31.43 
 
 
385 aa  152  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0145  hypothetical protein  24.3 
 
 
417 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  22.76 
 
 
324 aa  104  3e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001833  DNA-cytosine methyltransferase  37.5 
 
 
427 aa  98.6  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2371  DNA-cytosine methyltransferase  27.72 
 
 
419 aa  95.5  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0692329  hitchhiker  0.000000223127 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2460  DNA-cytosine methyltransferase  25.94 
 
 
424 aa  94.4  4e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266884  hitchhiker  0.00000000000186187 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  23.22 
 
 
331 aa  92.8  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  23.51 
 
 
338 aa  91.7  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  23.22 
 
 
727 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  23.06 
 
 
329 aa  91.3  3e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4652  DNA-cytosine methyltransferase  24.81 
 
 
413 aa  90.5  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.030739 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  25.61 
 
 
320 aa  90.1  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  33.9 
 
 
416 aa  89.7  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0414  DNA-cytosine methyltransferase  24.06 
 
 
436 aa  89.4  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.596456  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1143  DNA-cytosine methyltransferase  26.42 
 
 
426 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1728  DNA-cytosine methyltransferase  34.91 
 
 
483 aa  87.8  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.770689  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  26.33 
 
 
423 aa  85.1  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3354  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.88 
 
 
418 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  26.98 
 
 
423 aa  84.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  28.33 
 
 
327 aa  79.7  0.00000000000009  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3387  DNA-cytosine methyltransferase  31.02 
 
 
417 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28418  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  23.04 
 
 
311 aa  77.4  0.0000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4919  DNA-cytosine methyltransferase  23.27 
 
 
416 aa  77  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440588 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0298  DNA-cytosine methyltransferase  25.14 
 
 
415 aa  77  0.0000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  32.97 
 
 
657 aa  76.3  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  28.73 
 
 
438 aa  75.9  0.000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  26.4 
 
 
454 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1972  DNA-cytosine methyltransferase  39.84 
 
 
490 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0825702  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  21.8 
 
 
329 aa  74.3  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0352  DNA-cytosine methyltransferase  33.74 
 
 
390 aa  73.9  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  29.69 
 
 
328 aa  73.9  0.000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  30.72 
 
 
368 aa  73.6  0.000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0058  phage-related DNA methylase, N-terminal region  30.86 
 
 
239 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0472  DNA-cytosine methyltransferase  33.13 
 
 
390 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  27.54 
 
 
313 aa  72.8  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.24 
 
 
451 aa  72  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  29.44 
 
 
323 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  24.68 
 
 
313 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  28 
 
 
320 aa  70.5  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4374  DNA-cytosine methyltransferase  29.02 
 
 
417 aa  70.5  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.423632  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  21.54 
 
 
305 aa  70.1  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  29.65 
 
 
319 aa  70.1  0.00000000007  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  28.26 
 
 
336 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1008  cytosine-specific methyltransferase NlaX  22.97 
 
 
350 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.02363e-62 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0822  DNA-cytosine methyltransferase  26.04 
 
 
318 aa  69.3  0.0000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.091848  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3202  DNA-cytosine methyltransferase  22.7 
 
 
417 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000317903  unclonable  0.0000000000251181 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  22.93 
 
 
406 aa  68.6  0.0000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20440  DNA-methyltransferase Dcm  41.75 
 
 
315 aa  68.6  0.0000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.359782  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3583  DNA-cytosine methyltransferase  28.85 
 
 
487 aa  68.6  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  27.22 
 
 
313 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  26.37 
 
 
308 aa  67  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3442  DNA-cytosine methyltransferase  34.29 
 
 
380 aa  66.6  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.836948  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  22.43 
 
 
350 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0841  modification methylase HpaII (cytosine-specific methyltransferase HpaII)  22.3 
 
 
373 aa  66.6  0.0000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.59966e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  27.46 
 
 
456 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  26.11 
 
 
345 aa  66.2  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0047  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  22.28 
 
 
352 aa  65.5  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00306927  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  27.46 
 
 
456 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  23.37 
 
 
357 aa  65.5  0.000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1249  DNA cytosine methylase  24.59 
 
 
476 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.608462  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0817  DNA-cytosine methyltransferase  31.25 
 
 
385 aa  64.3  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1017  DNA-cytosine methyltransferase  23.53 
 
 
407 aa  64.7  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000173246  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0833  DNA-cytosine methyltransferase  31.25 
 
 
385 aa  64.3  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2151  DNA cytosine methylase  24.59 
 
 
476 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.366802 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2551  DNA cytosine methylase  26.64 
 
 
471 aa  64.7  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.491902 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2155  DNA cytosine methylase  24.59 
 
 
476 aa  64.3  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0409475 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2208  DNA cytosine methylase  24.59 
 
 
476 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.736012 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1127  DNA cytosine methylase  24.59 
 
 
476 aa  64.3  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00778828  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  27.22 
 
 
310 aa  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3920  DNA-cytosine methyltransferase  26.53 
 
 
358 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.54 
 
 
362 aa  63.2  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0961  DNA-cytosine methyltransferase  28.8 
 
 
350 aa  63.2  0.000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00151605  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0083  DNA-cytosine methyltransferase  28.89 
 
 
425 aa  63.2  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.817279  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0566  DNA-cytosine methyltransferase  26.98 
 
 
449 aa  63.2  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.76321  normal  0.105811 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2140  DNA-cytosine methyltransferase  27.23 
 
 
428 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1414  DNA-cytosine methyltransferase  25.62 
 
 
419 aa  62.4  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106105  normal  0.0448096 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0883  DNA-cytosine methyltransferase  31.87 
 
 
389 aa  62.4  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  28.21 
 
 
460 aa  62.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  28.21 
 
 
460 aa  62.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0356  site-specific DNA methylase  26.47 
 
 
323 aa  62.4  0.00000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0365  DNA-cytosine methyltransferase family protein  27.84 
 
 
350 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3057  DNA-cytosine methyltransferase  29.5 
 
 
406 aa  61.6  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  22.5 
 
 
335 aa  62  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  27.04 
 
 
437 aa  61.2  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0923  DNA cytosine methylase  24.06 
 
 
472 aa  60.5  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.579059  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1688  DNA-cytosine methyltransferase  24.06 
 
 
472 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.105701  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2063  DNA cytosine methylase  24.06 
 
 
472 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00482699  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2193  DNA cytosine methylase  24.06 
 
 
472 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000335113  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1682  DNA cytosine methylase  24.06 
 
 
472 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0382129 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1224  DNA cytosine methylase  24.06 
 
 
472 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.27257  normal  0.639542 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>