More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1128 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1128  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase/reductase  100 
 
 
287 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.99 
 
 
283 aa  335  5e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3715  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55 
 
 
285 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.77 
 
 
284 aa  321  7e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.46 
 
 
281 aa  278  9e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1426  hypothetical protein  47.48 
 
 
282 aa  270  2e-71  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0301389  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.82 
 
 
284 aa  151  8.999999999999999e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4463  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.45 
 
 
285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.44 
 
 
315 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0360339 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0596  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.483885  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3376  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  29.75 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3072  UDP-glucose 4-epimerase  29.5 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3402  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  29.48 
 
 
307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0633  epimerase protein  31.78 
 
 
290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.93 
 
 
302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0679369  normal  0.411076 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
302 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3398  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.46 
 
 
307 aa  109  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
346 aa  109  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.268471 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0850  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
346 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.552823  normal  0.388725 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
303 aa  99.4  6e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.08 
 
 
311 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.28 
 
 
292 aa  89.4  7e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000135991  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12941  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.09 
 
 
307 aa  87.8  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0139899  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3348  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.6 
 
 
302 aa  84.7  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.179855  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.45 
 
 
298 aa  83.2  0.000000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0418863  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3289  UDP-glucose 4-epimerase  25.16 
 
 
330 aa  80.1  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.69 
 
 
313 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
309 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.08 
 
 
306 aa  78.6  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.59 
 
 
310 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.28 
 
 
304 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.365657  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1718  UDP-glucose 4-epimerase  29.21 
 
 
318 aa  77.8  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.818272  normal  0.619899 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1869  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
306 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0242314  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07621  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.64 
 
 
287 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.04 
 
 
311 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1178  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.68 
 
 
317 aa  77.4  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0253268  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 
301 aa  77  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.58 
 
 
318 aa  77  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.7 
 
 
308 aa  77  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4601  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.59 
 
 
298 aa  76.3  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620561  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.25 
 
 
327 aa  75.9  0.0000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.53 
 
 
309 aa  75.1  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.53 
 
 
309 aa  75.5  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
334 aa  74.3  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.24 
 
 
326 aa  73.9  0.000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.476272  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.61 
 
 
305 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.34 
 
 
310 aa  73.9  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
309 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.94 
 
 
296 aa  73.9  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 
299 aa  73.6  0.000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1854  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 
310 aa  73.6  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
309 aa  72.8  0.000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 
330 aa  72.8  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.49 
 
 
323 aa  72.4  0.000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.95 
 
 
313 aa  72.4  0.000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101003  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 
339 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.443287 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  25.2 
 
 
308 aa  71.6  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  27.74 
 
 
326 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
312 aa  71.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23780  UDP-glucose 4-epimerase  27.61 
 
 
308 aa  71.2  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00097023  normal  0.178512 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.1 
 
 
306 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1703  CDP-abequose synthase  24.04 
 
 
319 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000035805 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.24 
 
 
319 aa  70.5  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  25.09 
 
 
332 aa  70.5  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.64 
 
 
303 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0418  UDP-glucose 4-epimerase  25.37 
 
 
326 aa  70.1  0.00000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11260  putative epimerase  24.6 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.8 
 
 
303 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2411  UDP-galactose 4-epimerase  27.82 
 
 
333 aa  69.7  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.016358  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1033  putative epimerase  24.6 
 
 
309 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3528  CDP-abequose synthase  25.1 
 
 
319 aa  69.3  0.00000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  22.95 
 
 
303 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.9 
 
 
310 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.31 
 
 
305 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
320 aa  68.9  0.00000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000773597 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.17 
 
 
318 aa  68.9  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.71 
 
 
310 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.41 
 
 
298 aa  68.9  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0867  UDP-galactose 4-epimerase  25.93 
 
 
329 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.640943  normal  0.227397 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3787  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
298 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2024  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.49 
 
 
317 aa  68.2  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0133215  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3768  UDP-glucose 4-epimerase  25.18 
 
 
329 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160561 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.3 
 
 
292 aa  68.2  0.0000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.62 
 
 
328 aa  68.9  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3445  glutamine amidotransferase  29.37 
 
 
332 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.71 
 
 
310 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.61 
 
 
287 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1573  UDP-galactose 4-epimerase  23.4 
 
 
328 aa  67.8  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  1.52654e-16 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1957  UDP-galactose 4-epimerase  25.83 
 
 
332 aa  67.8  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.880811  normal  0.626313 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0862  UDP-galactose-4-epimerase  25.08 
 
 
338 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0889309  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4181  UDP-glucose 4-epimerase  26.59 
 
 
332 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.79 
 
 
326 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.18 
 
 
322 aa  67.4  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.79 
 
 
326 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.05 
 
 
333 aa  67.8  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.92 
 
 
332 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1265  UDP-galactose-4-epimerase  28.06 
 
 
339 aa  66.6  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0782  UDP-galactose-4-epimerase  24.76 
 
 
338 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0368  UDP-glucose 4-epimerase  23.44 
 
 
323 aa  66.6  0.0000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4141  UDP-glucose 4-epimerase  26.22 
 
 
332 aa  67  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>