More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4221 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
311 aa  630  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.12 
 
 
302 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0679369  normal  0.411076 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.12 
 
 
302 aa  235  7e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.69 
 
 
315 aa  215  9e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0360339 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.06 
 
 
346 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.268471 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0850  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.19 
 
 
346 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.552823  normal  0.388725 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3398  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.35 
 
 
307 aa  189  5e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3376  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  31.7 
 
 
307 aa  185  8e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3402  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  31.37 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3072  UDP-glucose 4-epimerase  31.7 
 
 
307 aa  183  3e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3348  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.179855  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0596  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.93 
 
 
280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.483885  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1869  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.52 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0242314  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0633  epimerase protein  31 
 
 
290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.32 
 
 
292 aa  110  3e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000135991  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.2 
 
 
311 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1128  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase/reductase  32.08 
 
 
287 aa  103  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1426  hypothetical protein  30.63 
 
 
282 aa  98.6  1e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0301389  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4409  UDP-glucose 4-epimerase  28.66 
 
 
316 aa  92  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.27 
 
 
319 aa  90.5  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
316 aa  90.5  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.228313 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
299 aa  89.7  5e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1850  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.38 
 
 
325 aa  90.1  5e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0128954  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.01 
 
 
298 aa  89  9e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0418863  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
281 aa  87.8  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.78 
 
 
284 aa  88.2  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  26.63 
 
 
332 aa  87.4  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 
283 aa  86.7  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
335 aa  87  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.16 
 
 
346 aa  86.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.544479  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.34 
 
 
310 aa  86.7  5e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 
329 aa  86.3  6e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0652  UDP-galactose 4-epimerase  27.8 
 
 
328 aa  85.9  7e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
360 aa  85.5  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26434  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.52 
 
 
305 aa  85.1  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.73 
 
 
303 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.34 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.72 
 
 
311 aa  84.3  0.000000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.51 
 
 
313 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0747  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.6 
 
 
311 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2305  UDP-glucose 4-epimerase  27.48 
 
 
328 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.738706  normal  0.125833 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.95 
 
 
318 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4601  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
298 aa  83.6  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620561  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
318 aa  83.2  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.48 
 
 
322 aa  83.2  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
321 aa  83.2  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1703  CDP-abequose synthase  23.28 
 
 
319 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000035805 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10430  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.46 
 
 
326 aa  82.8  0.000000000000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0386  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.57 
 
 
298 aa  82.4  0.000000000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.315921  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.23 
 
 
309 aa  82.4  0.000000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0504  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.44 
 
 
356 aa  82.4  0.000000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0668  UDP-glucose 4-epimerase  29.58 
 
 
319 aa  82  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0718222 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 
316 aa  82  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.556452  hitchhiker  0.000650625 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3614  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 
329 aa  81.3  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.34994  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02926  nucleotide sugar epimerase  26.9 
 
 
321 aa  81.6  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 
329 aa  81.3  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.228757  normal  0.0226045 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0478  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.2 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.00000000000851226  decreased coverage  0.0000000042699 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.13 
 
 
305 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.84 
 
 
309 aa  81.3  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 
346 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.218972  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
320 aa  80.5  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.579578  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.6 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3215  UDP-glucose 4-epimerase  30.09 
 
 
329 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00104083  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0608  UDP-glucose 4-epimerase  25.08 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000293819  hitchhiker  0.00261597 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.01 
 
 
284 aa  80.5  0.00000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.701865  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.52 
 
 
347 aa  80.1  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131148 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1704  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.99 
 
 
340 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00817913  normal  0.680282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 
346 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.784993 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0764  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
332 aa  79.7  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0129  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
322 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.54 
 
 
316 aa  79.3  0.00000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0445125  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2799  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.33 
 
 
336 aa  79.3  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0141685  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.73 
 
 
323 aa  79.3  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.65 
 
 
334 aa  79  0.00000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0782  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.1 
 
 
316 aa  79  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182086  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0659  UDP-glucose 4-epimerase  28.44 
 
 
306 aa  78.2  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.63 
 
 
316 aa  79  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 
318 aa  79  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1048  UDP-glucose 4-epimerase  29.82 
 
 
329 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034868 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11280  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.38 
 
 
329 aa  78.6  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883785  normal  0.146231 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2404  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.31 
 
 
323 aa  78.6  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.672695  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 
365 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.561113  normal  0.0105388 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.01 
 
 
330 aa  78.2  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.46913  normal  0.0352982 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.88 
 
 
323 aa  78.2  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0431145  normal  0.15102 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4205  UDP-glucose 4-epimerase  27.05 
 
 
318 aa  77.8  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3171  UDP-glucose 4-epimerase  28.8 
 
 
327 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0580  UDP-glucose 4-epimerase  26.6 
 
 
328 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.127614  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1778  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.78 
 
 
349 aa  77  0.0000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00040311  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2339  UDP-glucose 4-epimerase  26.05 
 
 
338 aa  77  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000378791  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.37 
 
 
323 aa  77  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4020  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.69 
 
 
318 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
317 aa  76.6  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3289  UDP-glucose 4-epimerase  26.97 
 
 
330 aa  76.3  0.0000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2205  UDP-glucose 4-epimerase  27.08 
 
 
327 aa  76.3  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.94 
 
 
322 aa  76.3  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 
310 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1924  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.32 
 
 
312 aa  75.9  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0395145  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0877  UDP-glucose 4-epimerase  30.06 
 
 
330 aa  75.9  0.0000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
287 aa  75.9  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>