More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2558 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
305 aa  624  1e-178  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10430  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.52 
 
 
326 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14131  hypothetical protein  31.6 
 
 
317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0410783  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3398  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.99 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3402  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  28.99 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3376  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  29.74 
 
 
307 aa  110  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1703  CDP-abequose synthase  26.89 
 
 
319 aa  109  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000035805 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.65 
 
 
302 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3528  CDP-abequose synthase  27.54 
 
 
319 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
315 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0360339 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.32 
 
 
302 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0679369  normal  0.411076 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3072  UDP-glucose 4-epimerase  27.45 
 
 
307 aa  103  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.38 
 
 
316 aa  94.4  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0445125  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
303 aa  94  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
334 aa  92  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.3 
 
 
301 aa  91.3  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 
311 aa  86.3  6e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0850  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
346 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.552823  normal  0.388725 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1572  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.92 
 
 
330 aa  84.3  0.000000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.61 
 
 
346 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.268471 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.54 
 
 
328 aa  82.8  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 
324 aa  82.8  0.000000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2699  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.7 
 
 
336 aa  82.8  0.000000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0386  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.11 
 
 
298 aa  82.8  0.000000000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.315921  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
303 aa  82  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1538  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.7 
 
 
336 aa  81.6  0.00000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00186226  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.26 
 
 
350 aa  80.5  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.31 
 
 
326 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.36 
 
 
333 aa  79  0.00000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.26 
 
 
333 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.23 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.93 
 
 
326 aa  77  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  24.47 
 
 
319 aa  77  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.6 
 
 
311 aa  77.4  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
328 aa  76.3  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.84 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
326 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.7 
 
 
311 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1071  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.37 
 
 
348 aa  75.5  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
299 aa  75.1  0.000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5153  hopanoid-associated sugar epimerase  26.71 
 
 
342 aa  74.7  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 
305 aa  73.6  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2029  hopanoid-associated sugar epimerase  25.9 
 
 
329 aa  73.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.03 
 
 
333 aa  74.3  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.165697  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.12 
 
 
328 aa  74.3  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2055  hopanoid-associated sugar epimerase  25.9 
 
 
329 aa  73.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1390  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.38 
 
 
322 aa  73.2  0.000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000137645  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1491  dTDP-D-glucose-46-dehydratase  25.21 
 
 
352 aa  72.8  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170996  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.07 
 
 
335 aa  72.4  0.000000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.76 
 
 
322 aa  72.4  0.000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
319 aa  72.4  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3544  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
312 aa  72.4  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
312 aa  72.4  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  25.73 
 
 
329 aa  72  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0795  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  25.08 
 
 
344 aa  71.2  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1182  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  22.09 
 
 
337 aa  71.2  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0539  hypothetical protein  22.22 
 
 
328 aa  71.2  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0707  nucleotide sugar epimerase  22.96 
 
 
323 aa  71.2  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.15214  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2392  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.61 
 
 
316 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325743  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0690  NAD dependent epimerase/dehydratase family  25.08 
 
 
345 aa  71.2  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.595947  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.21 
 
 
335 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.03 
 
 
303 aa  70.5  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.17 
 
 
324 aa  70.9  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0778  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.68 
 
 
316 aa  70.5  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00475764  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01521  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  22.63 
 
 
357 aa  70.9  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3787  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.65 
 
 
298 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1986  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.71 
 
 
352 aa  70.5  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.76 
 
 
308 aa  70.1  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.23 
 
 
283 aa  70.1  0.00000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.08 
 
 
310 aa  69.7  0.00000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.7 
 
 
324 aa  69.7  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2895  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.12 
 
 
351 aa  69.7  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.105937 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3843  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.93 
 
 
346 aa  69.7  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0659  UDP-glucose 4-epimerase  26.38 
 
 
306 aa  69.7  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.82 
 
 
309 aa  69.7  0.00000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.15 
 
 
350 aa  69.3  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.26 
 
 
312 aa  69.3  0.00000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1677  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.93 
 
 
336 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 
331 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.05 
 
 
321 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.72 
 
 
406 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0232  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.46 
 
 
324 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.7 
 
 
332 aa  68.9  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.05 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.24 
 
 
295 aa  68.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  23.05 
 
 
321 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.44 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.05 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.05 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 
303 aa  68.2  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2456  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  22.32 
 
 
353 aa  68.2  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.19 
 
 
335 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.76 
 
 
326 aa  68.2  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.05 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.05 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2986  oxidoreductase, putative  25.78 
 
 
349 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.49 
 
 
333 aa  67.4  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.459619  normal  0.136094 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3257  hopanoid-associated sugar epimerase  23.16 
 
 
335 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273856  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.16 
 
 
335 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.16 
 
 
335 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114305  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>