More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4601 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4601  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
298 aa  622  1e-177  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620561  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12941  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25 
 
 
307 aa  89  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0139899  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.51 
 
 
287 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
309 aa  82.8  0.000000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07621  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.19 
 
 
287 aa  79.3  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3528  CDP-abequose synthase  25.24 
 
 
319 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1703  CDP-abequose synthase  24.6 
 
 
319 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000035805 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
311 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1426  hypothetical protein  24.9 
 
 
282 aa  77.4  0.0000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0301389  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1128  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase/reductase  26.59 
 
 
287 aa  76.3  0.0000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  25.41 
 
 
303 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.88 
 
 
283 aa  75.5  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0427  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.43 
 
 
305 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3715  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.15 
 
 
285 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2900  paratose synthase  25.83 
 
 
285 aa  73.9  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00855353  normal  0.0646606 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0386  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
298 aa  73.2  0.000000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.315921  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
299 aa  72.8  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.670421 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.57 
 
 
316 aa  72.8  0.000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0445125  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.59 
 
 
303 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0633  epimerase protein  24.12 
 
 
290 aa  71.6  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.5 
 
 
285 aa  70.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.319703  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5104  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.02 
 
 
664 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.581709 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3048  CDP-paratose synthetase  25.5 
 
 
285 aa  70.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.602683  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.72 
 
 
296 aa  70.5  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2322  CDP-abequose synthase  25.33 
 
 
299 aa  69.7  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.360745  normal  0.0132689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.19 
 
 
298 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  23.19 
 
 
298 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3348  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.68 
 
 
302 aa  68.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.179855  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2315  CDP-abequose synthase  24.42 
 
 
299 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0279345 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2214  CDP-abequose synthase  24.42 
 
 
299 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.242503  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0799  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.8 
 
 
301 aa  67.8  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
285 aa  67.8  0.0000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.89 
 
 
284 aa  67.4  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0596  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.15 
 
 
280 aa  67.4  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.483885  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.68 
 
 
302 aa  67.4  0.0000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0694  NAD dependent epimerase/dehydratase family  24.49 
 
 
301 aa  67  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2918  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  23.86 
 
 
333 aa  66.6  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0348958 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3287  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 
310 aa  67  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.1 
 
 
298 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.35 
 
 
297 aa  66.6  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.3 
 
 
281 aa  65.9  0.0000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
315 aa  65.1  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.51 
 
 
308 aa  65.1  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0776  UDP-glucose 4-epimerase  23.15 
 
 
281 aa  63.9  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.10863  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3725  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.81 
 
 
288 aa  63.5  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.81 
 
 
298 aa  63.5  0.000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0418863  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0647  UDP-glucose 4-epimerase  23.87 
 
 
334 aa  63.2  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.52379 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4200  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25 
 
 
313 aa  62.8  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.279914  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2895  UDP-glucose 4-epimerase  26.91 
 
 
326 aa  61.6  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0901789 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.9 
 
 
284 aa  62  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.701865  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
292 aa  60.8  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000135991  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0282  UDP-glucose 4-epimerase  25.61 
 
 
328 aa  60.5  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0273  UDP-glucose 4-epimerase  25.41 
 
 
328 aa  60.5  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.26 
 
 
340 aa  60.1  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1183  UDP-glucose 4-epimerase  22.29 
 
 
351 aa  59.7  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.119771  normal  0.642661 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
301 aa  59.7  0.00000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1854  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.05 
 
 
310 aa  59.3  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.93 
 
 
304 aa  59.3  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.365657  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05730  UDP-galactose 4-epimerase  28.87 
 
 
333 aa  58.9  0.00000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.805791  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.61 
 
 
321 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.21 
 
 
310 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.45 
 
 
309 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.61 
 
 
321 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1503  UDP-glucose 4-epimerase  25.93 
 
 
324 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.615148  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.66 
 
 
292 aa  58.5  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  22.35 
 
 
310 aa  58.5  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0608  UDP-glucose 4-epimerase  28.27 
 
 
324 aa  58.5  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000293819  hitchhiker  0.00261597 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
292 aa  58.5  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.88 
 
 
310 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.46 
 
 
312 aa  58.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.97 
 
 
281 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.72 
 
 
310 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  29.03 
 
 
302 aa  57.8  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.5 
 
 
307 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01011  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  23.05 
 
 
324 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.05 
 
 
311 aa  58.2  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.88 
 
 
310 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0478  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25 
 
 
320 aa  57.4  0.0000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.00000000000851226  decreased coverage  0.0000000042699 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.24 
 
 
296 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0850  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  24.02 
 
 
301 aa  57.4  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0236559  normal  0.21941 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.24 
 
 
296 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6506  UDP-glucose 4-epimerase  22.36 
 
 
326 aa  57.4  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.46 
 
 
315 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0360339 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2371  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.25 
 
 
308 aa  57  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000177562  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  21.74 
 
 
307 aa  57.4  0.0000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.25 
 
 
308 aa  57  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3495  UDP-glucose 4-epimerase  24.61 
 
 
322 aa  57  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4463  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.68 
 
 
285 aa  56.6  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.47 
 
 
353 aa  56.6  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
299 aa  56.6  0.0000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.45 
 
 
292 aa  56.6  0.0000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1425  HrEpiB  26.33 
 
 
312 aa  56.6  0.0000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.38 
 
 
305 aa  56.2  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.27 
 
 
300 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.49 
 
 
307 aa  56.2  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
296 aa  55.8  0.0000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3929  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.85 
 
 
310 aa  55.8  0.0000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0421817 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3402  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  24 
 
 
307 aa  55.8  0.0000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  29.48 
 
 
326 aa  55.8  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.2 
 
 
283 aa  55.5  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>