More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0633 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0633  epimerase protein  100 
 
 
290 aa  594  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0596  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.64 
 
 
280 aa  248  1e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.483885  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.52 
 
 
315 aa  150  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0360339 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3348  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.33 
 
 
302 aa  149  7e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.179855  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000135991  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.14 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0679369  normal  0.411076 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.14 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 
346 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.268471 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0850  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 
346 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.552823  normal  0.388725 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31 
 
 
311 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.18 
 
 
298 aa  119  7.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0418863  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3402  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  30 
 
 
307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1426  hypothetical protein  30.08 
 
 
282 aa  113  3e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0301389  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3376  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  28.93 
 
 
307 aa  112  6e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3398  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.26 
 
 
307 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1128  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase/reductase  31.78 
 
 
287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3072  UDP-glucose 4-epimerase  30 
 
 
307 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
284 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
283 aa  107  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1869  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
306 aa  105  7e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0242314  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3715  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.69 
 
 
285 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.47 
 
 
284 aa  99.8  5e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.05 
 
 
303 aa  96.3  5e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 
281 aa  90.9  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
309 aa  90.1  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.14 
 
 
329 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10430  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.98 
 
 
326 aa  82.4  0.000000000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.88 
 
 
314 aa  78.6  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.34 
 
 
287 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.2 
 
 
333 aa  75.9  0.0000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.95 
 
 
298 aa  75.1  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.08 
 
 
301 aa  74.3  0.000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.9 
 
 
309 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0777  UDP-galactose 4-epimerase  32.18 
 
 
329 aa  73.2  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107594  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
353 aa  72.4  0.000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.52 
 
 
333 aa  72.4  0.000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.89 
 
 
310 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4601  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.12 
 
 
298 aa  71.6  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620561  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.26 
 
 
310 aa  72  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07621  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.79 
 
 
287 aa  71.6  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.89 
 
 
310 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
299 aa  70.9  0.00000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.29 
 
 
296 aa  70.9  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0159  UDP-galactose 4-epimerase  29.68 
 
 
330 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.15603  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.02 
 
 
306 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
308 aa  70.5  0.00000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.95 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 
322 aa  70.1  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.75 
 
 
310 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 
321 aa  70.1  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 
306 aa  70.1  0.00000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1793  UDP-glucose 4-epimerase  29.68 
 
 
330 aa  69.7  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 
321 aa  69.3  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.89 
 
 
310 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5636  UDP-glucose 4-epimerase  24.27 
 
 
338 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  26.24 
 
 
332 aa  69.3  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5588  UDP-glucose 4-epimerase  23.95 
 
 
338 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5373  UDP-glucose 4-epimerase  24.6 
 
 
338 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.259242  hitchhiker  0.00471599 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.57 
 
 
309 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.64 
 
 
332 aa  68.6  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4141  UDP-glucose 4-epimerase  26.02 
 
 
332 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.62 
 
 
323 aa  67.8  0.0000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0320  UDP-galactose 4-epimerase  26.62 
 
 
332 aa  68.2  0.0000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0795  UDP-glucose 4-epimerase  34.09 
 
 
327 aa  67.8  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
301 aa  68.2  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.82 
 
 
330 aa  68.2  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.48 
 
 
323 aa  67  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5574  UDP-glucose 4-epimerase  24.27 
 
 
338 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739221  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0698  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.534805  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5568  UDP-glucose 4-epimerase  24.27 
 
 
337 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3907  UDP-glucose 4-epimerase  29.46 
 
 
336 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.179551 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.46 
 
 
308 aa  66.6  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4181  UDP-glucose 4-epimerase  25.65 
 
 
332 aa  66.6  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
308 aa  66.6  0.0000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  28.35 
 
 
303 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
323 aa  66.6  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.473487  normal  0.360955 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.14 
 
 
314 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0707  nucleotide sugar epimerase  23.84 
 
 
323 aa  65.9  0.0000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.15214  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.89 
 
 
305 aa  65.1  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.65 
 
 
303 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.69 
 
 
343 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.24 
 
 
305 aa  65.1  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.78 
 
 
309 aa  65.1  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0718  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.69 
 
 
343 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0935315  normal  0.0287861 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1975  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.77 
 
 
336 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.45 
 
 
334 aa  64.7  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.83 
 
 
322 aa  64.7  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.85 
 
 
323 aa  64.7  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5244  UDP-glucose 4-epimerase  23.62 
 
 
338 aa  64.3  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.1 
 
 
346 aa  64.3  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.24 
 
 
320 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.52 
 
 
312 aa  64.3  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0739  UDP-glucose 4-epimerase  29.28 
 
 
327 aa  64.3  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.209358  hitchhiker  0.00614298 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.19 
 
 
326 aa  63.9  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.37 
 
 
299 aa  63.9  0.000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1718  UDP-glucose 4-epimerase  26.85 
 
 
318 aa  63.9  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.818272  normal  0.619899 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
335 aa  63.5  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
318 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2336  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.36 
 
 
357 aa  63.5  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.930883  normal  0.268504 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 
336 aa  63.5  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>