More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3715 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3715  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
285 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.63 
 
 
283 aa  337  9.999999999999999e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1128  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase/reductase  55 
 
 
287 aa  323  2e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3346  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.07 
 
 
284 aa  299  4e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.92 
 
 
281 aa  271  9e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1426  hypothetical protein  45.55 
 
 
282 aa  263  3e-69  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0301389  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.12 
 
 
284 aa  144  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4463  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
285 aa  140  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.05 
 
 
315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0360339 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0850  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
346 aa  120  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.552823  normal  0.388725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
346 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.268471 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.88 
 
 
302 aa  115  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.88 
 
 
302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0679369  normal  0.411076 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0596  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.87 
 
 
280 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.483885  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3376  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  25.44 
 
 
307 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 
303 aa  107  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3398  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25 
 
 
307 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3072  UDP-glucose 4-epimerase  24.91 
 
 
307 aa  102  5e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0633  epimerase protein  32.69 
 
 
290 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3402  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  24.64 
 
 
307 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 
308 aa  96.7  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.62 
 
 
298 aa  94  3e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0418863  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.13 
 
 
292 aa  91.3  2e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000135991  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3348  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
302 aa  86.3  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.179855  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1869  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.62 
 
 
306 aa  82.4  0.000000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0242314  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12941  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  22.81 
 
 
307 aa  82.4  0.000000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0139899  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.51 
 
 
349 aa  80.9  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.87 
 
 
303 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.92 
 
 
322 aa  80.9  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26 
 
 
313 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101003  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3787  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 
298 aa  79  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
303 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.49 
 
 
326 aa  77  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1178  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.81 
 
 
317 aa  77.4  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0253268  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.49 
 
 
326 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.85 
 
 
299 aa  76.3  0.0000000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.93 
 
 
317 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.45 
 
 
309 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  28.83 
 
 
326 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
328 aa  74.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.32 
 
 
318 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4601  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.15 
 
 
298 aa  73.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620561  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07621  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.48 
 
 
287 aa  74.3  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.15 
 
 
309 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
296 aa  73.9  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.13 
 
 
334 aa  73.9  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.16038  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.58 
 
 
334 aa  73.2  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 
309 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.31 
 
 
306 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
322 aa  72.4  0.000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.2 
 
 
312 aa  72.4  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.08 
 
 
311 aa  72.4  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1573  UDP-galactose 4-epimerase  21.24 
 
 
328 aa  71.6  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  1.52654e-16 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.69 
 
 
308 aa  72  0.00000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.24 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3289  UDP-glucose 4-epimerase  26.32 
 
 
330 aa  71.6  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  24.7 
 
 
303 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2411  UDP-galactose 4-epimerase  25.49 
 
 
333 aa  70.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.016358  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.87 
 
 
287 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 
298 aa  71.2  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.44 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
370 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.49 
 
 
296 aa  70.1  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.71 
 
 
292 aa  69.7  0.00000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
310 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 
310 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
310 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
313 aa  69.3  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.24 
 
 
314 aa  69.3  0.00000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1703  CDP-abequose synthase  23.45 
 
 
319 aa  68.9  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000035805 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.58 
 
 
323 aa  68.9  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.26 
 
 
301 aa  68.9  0.00000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.02 
 
 
308 aa  68.6  0.0000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.11 
 
 
292 aa  68.6  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.9 
 
 
310 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.87 
 
 
324 aa  68.2  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
304 aa  68.6  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.365657  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2339  UDP-glucose 4-epimerase  25 
 
 
338 aa  67.4  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000378791  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.07 
 
 
324 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.9 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.48 
 
 
332 aa  67  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
388 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.791984  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0478  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.72 
 
 
320 aa  67  0.0000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.00000000000851226  decreased coverage  0.0000000042699 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
370 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.247545 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.48 
 
 
309 aa  67  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.43 
 
 
309 aa  66.6  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1125  UDP-glucose 4-epimerase  24.67 
 
 
329 aa  66.2  0.0000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.333219  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.9 
 
 
333 aa  66.2  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3528  CDP-abequose synthase  25.35 
 
 
319 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 
309 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1402  UDP-galactose 4-epimerase  24.03 
 
 
332 aa  66.2  0.0000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.232119  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2336  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.25 
 
 
357 aa  66.2  0.0000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.930883  normal  0.268504 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  25.9 
 
 
332 aa  65.9  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0420  UDP-glucose 4-epimerase  24.24 
 
 
328 aa  65.5  0.0000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0517  UDP-glucose 4-epimerase  26.32 
 
 
325 aa  65.5  0.0000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.171515  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
313 aa  65.5  0.0000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.35 
 
 
316 aa  65.5  0.0000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  25.48 
 
 
332 aa  65.5  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.48 
 
 
323 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>