More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3188 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3048  CDP-paratose synthetase  100 
 
 
285 aa  587  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.602683  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
285 aa  587  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.319703  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2900  paratose synthase  99.3 
 
 
285 aa  584  1e-166  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00855353  normal  0.0646606 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0776  UDP-glucose 4-epimerase  46.62 
 
 
281 aa  253  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.10863  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2429  paratose synthase  43.57 
 
 
279 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.417691  hitchhiker  0.0000951168 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3787  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.66 
 
 
298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.84 
 
 
303 aa  192  5e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0386  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.81 
 
 
298 aa  167  2e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.315921  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.67 
 
 
292 aa  150  2e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.670421 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.16 
 
 
301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2214  CDP-abequose synthase  26.03 
 
 
299 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.242503  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2315  CDP-abequose synthase  26.03 
 
 
299 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0279345 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2322  CDP-abequose synthase  26.03 
 
 
299 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.360745  normal  0.0132689 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2271  CDP-abequose synthase  28.33 
 
 
293 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000541202 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 
295 aa  91.7  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
309 aa  84.3  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 
303 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1703  CDP-abequose synthase  27.15 
 
 
319 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000035805 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3376  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  22.26 
 
 
307 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.86 
 
 
287 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.68 
 
 
310 aa  76.3  0.0000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3402  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  22.48 
 
 
307 aa  75.5  0.0000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3072  UDP-glucose 4-epimerase  24.86 
 
 
307 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.77 
 
 
288 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.26 
 
 
302 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3398  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  22.82 
 
 
307 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0596  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.37 
 
 
280 aa  73.2  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.483885  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.67 
 
 
311 aa  73.2  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3528  CDP-abequose synthase  25.83 
 
 
319 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4601  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.5 
 
 
298 aa  70.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620561  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12941  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.26 
 
 
307 aa  70.5  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0139899  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3331  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.15 
 
 
302 aa  69.7  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.92 
 
 
302 aa  69.3  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0679369  normal  0.411076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.46 
 
 
331 aa  68.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.307178  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.04 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.04 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2350  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.55 
 
 
312 aa  66.6  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5711  GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase /GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  24.4 
 
 
316 aa  65.9  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.47 
 
 
330 aa  65.5  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.95 
 
 
308 aa  65.5  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0418  fucose synthetase family protein  23.82 
 
 
326 aa  64.3  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0709177  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.87 
 
 
317 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.3 
 
 
316 aa  64.3  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0445125  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.57 
 
 
332 aa  64.7  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0361  fucose synthetase family protein  23.82 
 
 
326 aa  64.7  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0252323  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.86 
 
 
298 aa  63.2  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.19 
 
 
295 aa  62.8  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.16 
 
 
321 aa  62.8  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.757489 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.49 
 
 
309 aa  62.4  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.043091  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0254  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.29 
 
 
329 aa  62.4  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.17 
 
 
313 aa  61.6  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0035  GDP-fucose synthetase  23.16 
 
 
312 aa  61.2  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0178713 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1700  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  23.98 
 
 
314 aa  60.8  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231068  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.07 
 
 
311 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.45 
 
 
302 aa  60.8  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.73 
 
 
315 aa  61.2  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.68 
 
 
306 aa  61.6  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1414  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  23.29 
 
 
322 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.45 
 
 
316 aa  60.5  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.73165  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.08 
 
 
331 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.482517 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1828  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.67 
 
 
306 aa  60.5  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0122431 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3862  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  22.95 
 
 
319 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24 
 
 
315 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0360339 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  23.17 
 
 
302 aa  59.7  0.00000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.99 
 
 
324 aa  59.7  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.59 
 
 
297 aa  59.7  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.384562  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.56 
 
 
324 aa  59.7  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.721722  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.12 
 
 
321 aa  59.7  0.00000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000491095  unclonable  4.61706e-23 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4693  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.31 
 
 
317 aa  59.3  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.638263  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.89 
 
 
306 aa  59.3  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.881493 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0122  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.23 
 
 
314 aa  58.9  0.00000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000000000109546 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2448  GDP-L-fucose synthetase  22.99 
 
 
321 aa  58.9  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0192641 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.18 
 
 
353 aa  58.9  0.00000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3371  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.26 
 
 
326 aa  58.5  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.36 
 
 
284 aa  58.9  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.701865  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1282  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.73 
 
 
320 aa  58.5  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.12 
 
 
303 aa  58.9  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.67 
 
 
292 aa  58.2  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000135991  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0476  ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase  22.4 
 
 
317 aa  58.9  0.0000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.67 
 
 
305 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01958  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/ GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  22.46 
 
 
321 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.881949  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.46 
 
 
321 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.171954  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.89 
 
 
346 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.268471 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1775  GDP-L-fucose synthetase  21.91 
 
 
327 aa  57.8  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.95 
 
 
309 aa  58.2  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1010  GDP-L-fucose synthetase  22.46 
 
 
321 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.57 
 
 
292 aa  57.4  0.0000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01947  hypothetical protein  22.46 
 
 
321 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2290  GDP-L-fucose synthetase  22.46 
 
 
321 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.711318  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
299 aa  58.2  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1180  GDP-L-fucose synthetase  22.46 
 
 
321 aa  57.8  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2987  GDP-L-fucose synthetase  22.46 
 
 
321 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201772 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.46 
 
 
321 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2233  GDP-L-fucose synthetase  22.46 
 
 
321 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.487603  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2345  GDP-L-fucose synthetase  22.46 
 
 
321 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2341  GDP-L-fucose synthetase  22.46 
 
 
321 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.51 
 
 
329 aa  57  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.35 
 
 
314 aa  57.4  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.660712  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.68 
 
 
308 aa  56.6  0.0000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>