More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4000 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
331 aa  686    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.307178  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.97 
 
 
310 aa  351  1e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5711  GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase /GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  52.81 
 
 
316 aa  348  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.8 
 
 
316 aa  345  4e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.73165  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6434  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.95 
 
 
345 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.141904 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.3 
 
 
356 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.435131  normal  0.526104 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.27 
 
 
316 aa  334  2e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.33 
 
 
321 aa  333  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.384606 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.16 
 
 
317 aa  329  4e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.34 
 
 
314 aa  324  1e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.67 
 
 
313 aa  324  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000746713  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2900  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  50.83 
 
 
311 aa  323  3e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4620  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.49 
 
 
312 aa  322  7e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0254  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.85 
 
 
329 aa  320  3e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.84 
 
 
312 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.144888  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.76 
 
 
316 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4242  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.33 
 
 
311 aa  319  5e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0896711  normal  0.0692369 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0035  GDP-fucose synthetase  50.33 
 
 
312 aa  318  1e-85  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0178713 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2695  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.67 
 
 
321 aa  317  1e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0303782 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0651  GDP-L-fucose synthetase  48.89 
 
 
323 aa  317  2e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.193687  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3862  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  49.33 
 
 
319 aa  316  4e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4108  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  48.05 
 
 
320 aa  316  5e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.353388  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.24 
 
 
321 aa  315  5e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.757489 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4219  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52 
 
 
309 aa  315  5e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.946237  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49 
 
 
319 aa  315  7e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.5 
 
 
312 aa  315  7e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195142  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2350  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.35 
 
 
312 aa  315  9e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.71 
 
 
337 aa  314  9.999999999999999e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.878977  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1147  GDP-L-fucose synthetase  47.68 
 
 
322 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.68 
 
 
308 aa  313  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.65 
 
 
323 aa  313  1.9999999999999998e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1775  GDP-L-fucose synthetase  48.25 
 
 
327 aa  312  4.999999999999999e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.52 
 
 
337 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1235  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.33 
 
 
320 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.16 
 
 
306 aa  311  7.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.881493 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3191  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.15 
 
 
324 aa  311  9e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26933  normal  0.010449 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.33 
 
 
309 aa  311  1e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.043091  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0418  fucose synthetase family protein  46.84 
 
 
326 aa  310  2e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0709177  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0361  fucose synthetase family protein  46.84 
 
 
326 aa  310  2e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0252323  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47 
 
 
326 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00285763  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0627  GDP-fucose synthetase  49.67 
 
 
314 aa  308  5.9999999999999995e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0060  GDP-fucose synthetase  50.34 
 
 
308 aa  308  5.9999999999999995e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.396896  normal  0.0281476 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.46 
 
 
347 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1864  GDP-L-fucose synthetase  46.15 
 
 
319 aa  306  4.0000000000000004e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.33 
 
 
318 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0619  GDP-fucose synthetase  48.51 
 
 
308 aa  306  4.0000000000000004e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.16 
 
 
305 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1700  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  49 
 
 
314 aa  305  5.0000000000000004e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231068  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1084  putative GDP-fucose synthetase  47.4 
 
 
316 aa  305  6e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2730  GDP-L-fucose synthetase  47 
 
 
326 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.193423 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.49 
 
 
320 aa  305  9.000000000000001e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5688  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.17 
 
 
313 aa  303  2.0000000000000002e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.18 
 
 
313 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.235303  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.41 
 
 
321 aa  303  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48 
 
 
332 aa  303  3.0000000000000004e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1091  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.66 
 
 
309 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.62 
 
 
322 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1313  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.1 
 
 
320 aa  302  5.000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3371  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.37 
 
 
326 aa  302  6.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3040  GDP-L-fucose synthetase  47.76 
 
 
321 aa  302  7.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3813  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.87 
 
 
331 aa  302  7.000000000000001e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.168438  normal  0.238091 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.76 
 
 
321 aa  302  7.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.092333  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1253  GDP-L-fucose synthetase  47.44 
 
 
321 aa  301  1e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000974466  hitchhiker  0.000000000000993367 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.44 
 
 
319 aa  300  2e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00831994  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.33 
 
 
314 aa  300  2e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.660712  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.91 
 
 
324 aa  300  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.721722  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0425  GDP-fucose synthetase  44.78 
 
 
346 aa  299  5e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.15 
 
 
324 aa  298  6e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.49 
 
 
311 aa  299  6e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0386838  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.33 
 
 
312 aa  298  7e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.4 
 
 
325 aa  298  8e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.6044  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2345  GDP-L-fucose synthetase  47.12 
 
 
321 aa  298  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.17 
 
 
333 aa  298  1e-79  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0947626  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2666  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.95 
 
 
321 aa  298  1e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.350076 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01958  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/ GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  47.12 
 
 
321 aa  297  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.881949  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.12 
 
 
321 aa  297  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.171954  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1282  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.54 
 
 
320 aa  297  2e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2987  GDP-L-fucose synthetase  47.12 
 
 
321 aa  296  2e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201772 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1010  GDP-L-fucose synthetase  47.12 
 
 
321 aa  297  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01947  hypothetical protein  47.12 
 
 
321 aa  297  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2334  GDP-L-fucose synthetase  47.59 
 
 
321 aa  296  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.371509 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2341  GDP-L-fucose synthetase  47.59 
 
 
321 aa  295  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2448  GDP-L-fucose synthetase  47.59 
 
 
321 aa  295  8e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0192641 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.49 
 
 
331 aa  295  8e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.482517 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5859  bifunctional GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  44.9 
 
 
333 aa  294  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.79 
 
 
321 aa  294  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1180  GDP-L-fucose synthetase  46.79 
 
 
321 aa  294  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2842  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.58 
 
 
324 aa  294  1e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2233  GDP-L-fucose synthetase  47.27 
 
 
321 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.487603  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2290  GDP-L-fucose synthetase  47.27 
 
 
321 aa  292  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.711318  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4142  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.67 
 
 
313 aa  292  4e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2967  GDP-L-fucose synthetase  45.83 
 
 
321 aa  291  1e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000296227 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.99 
 
 
335 aa  291  1e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0771  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase and GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  44.55 
 
 
322 aa  289  4e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0933619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2116  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  45.02 
 
 
319 aa  287  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11546  nucleotide-sugar epimerase epiA  48.17 
 
 
322 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3442  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44 
 
 
310 aa  285  5.999999999999999e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13691  putative fucose synthetase  44.1 
 
 
332 aa  285  7e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.33 
 
 
308 aa  280  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00578096  normal  0.490082 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.53 
 
 
326 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>