More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_4219 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_4219  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
309 aa  643    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.946237  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1091  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.25 
 
 
309 aa  491  9.999999999999999e-139  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5688  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.59 
 
 
313 aa  478  1e-134  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.34 
 
 
313 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.235303  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.36 
 
 
313 aa  461  1e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000746713  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0060  GDP-fucose synthetase  68.65 
 
 
308 aa  457  9.999999999999999e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.396896  normal  0.0281476 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.42 
 
 
311 aa  444  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0386838  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0035  GDP-fucose synthetase  67.43 
 
 
312 aa  430  1e-119  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0178713 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.73 
 
 
347 aa  425  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0627  GDP-fucose synthetase  64.17 
 
 
314 aa  419  1e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2842  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.58 
 
 
324 aa  420  1e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.12 
 
 
320 aa  418  1e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1775  GDP-L-fucose synthetase  59.75 
 
 
327 aa  414  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5711  GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase /GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  63.33 
 
 
316 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.4 
 
 
309 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.043091  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.45 
 
 
308 aa  412  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2350  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.12 
 
 
312 aa  412  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2730  GDP-L-fucose synthetase  60.25 
 
 
326 aa  413  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.193423 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.75 
 
 
321 aa  408  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.757489 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.98 
 
 
317 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.01 
 
 
314 aa  410  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.53 
 
 
306 aa  408  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.881493 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.87 
 
 
310 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.98 
 
 
316 aa  404  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.31 
 
 
321 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2695  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.04 
 
 
321 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0303782 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.57 
 
 
322 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.61 
 
 
312 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0651  GDP-L-fucose synthetase  60.88 
 
 
323 aa  400  9.999999999999999e-111  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.193687  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.49 
 
 
324 aa  398  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.67 
 
 
316 aa  394  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.73165  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2900  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  61.44 
 
 
311 aa  397  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3442  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.34 
 
 
310 aa  395  1e-109  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.81 
 
 
324 aa  397  1e-109  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.721722  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1700  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  59.8 
 
 
314 aa  393  1e-108  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231068  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1147  GDP-L-fucose synthetase  57.64 
 
 
322 aa  389  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.72 
 
 
321 aa  388  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.384606 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0619  GDP-fucose synthetase  58.03 
 
 
308 aa  388  1e-107  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.13 
 
 
326 aa  389  1e-107  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00285763  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.98 
 
 
323 aa  390  1e-107  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4108  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  60.26 
 
 
320 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.353388  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1235  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.92 
 
 
320 aa  387  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3862  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  57.61 
 
 
319 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1764  GDP-fucose synthetase  55.43 
 
 
353 aa  385  1e-106  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.50784  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.09 
 
 
331 aa  387  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.482517 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.85 
 
 
376 aa  387  1e-106  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000078339  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.28 
 
 
319 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1864  GDP-L-fucose synthetase  58.68 
 
 
319 aa  384  1e-105  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1084  putative GDP-fucose synthetase  57.79 
 
 
316 aa  381  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4142  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.28 
 
 
313 aa  382  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1282  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.68 
 
 
320 aa  382  1e-105  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6434  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.73 
 
 
345 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.141904 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1313  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.79 
 
 
320 aa  379  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.41 
 
 
356 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.435131  normal  0.526104 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2666  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.58 
 
 
321 aa  379  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.350076 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.41 
 
 
325 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.6044  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0771  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase and GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  58.6 
 
 
322 aa  379  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0933619 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01958  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/ GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  57.28 
 
 
321 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.881949  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.28 
 
 
321 aa  375  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.171954  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01947  hypothetical protein  57.28 
 
 
321 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1180  GDP-L-fucose synthetase  57.61 
 
 
321 aa  375  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1010  GDP-L-fucose synthetase  57.61 
 
 
321 aa  376  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2345  GDP-L-fucose synthetase  57.61 
 
 
321 aa  376  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.61 
 
 
321 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3191  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.23 
 
 
324 aa  376  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26933  normal  0.010449 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2987  GDP-L-fucose synthetase  57.61 
 
 
321 aa  376  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201772 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02915  GDP-fucose synthetase  54.37 
 
 
362 aa  371  1e-102  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0734964  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.53 
 
 
318 aa  374  1e-102  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3813  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.56 
 
 
331 aa  372  1e-102  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.168438  normal  0.238091 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4242  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.33 
 
 
311 aa  374  1e-102  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0896711  normal  0.0692369 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2092  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.01 
 
 
322 aa  374  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2334  GDP-L-fucose synthetase  57.93 
 
 
321 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.371509 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1253  GDP-L-fucose synthetase  57.1 
 
 
321 aa  368  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000974466  hitchhiker  0.000000000000993367 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2448  GDP-L-fucose synthetase  57.93 
 
 
321 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0192641 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.42 
 
 
321 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.092333  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.18 
 
 
335 aa  368  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2116  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  56.41 
 
 
319 aa  368  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2233  GDP-L-fucose synthetase  58.25 
 
 
321 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.487603  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3040  GDP-L-fucose synthetase  57.42 
 
 
321 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2341  GDP-L-fucose synthetase  57.93 
 
 
321 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1289  GDP-fucose synthetase  52.72 
 
 
357 aa  367  1e-100  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0425  GDP-fucose synthetase  51.33 
 
 
346 aa  365  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2290  GDP-L-fucose synthetase  58.25 
 
 
321 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.711318  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.67 
 
 
312 aa  363  1e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195142  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.4 
 
 
312 aa  363  1e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.144888  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4620  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.4 
 
 
312 aa  363  2e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.92 
 
 
337 aa  363  2e-99  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.878977  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1248  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.4 
 
 
362 aa  363  2e-99  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.33 
 
 
332 aa  362  5.0000000000000005e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5859  bifunctional GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  52.87 
 
 
333 aa  360  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.96 
 
 
333 aa  360  2e-98  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0947626  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2967  GDP-L-fucose synthetase  56.31 
 
 
321 aa  356  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000296227 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.41 
 
 
314 aa  356  2.9999999999999997e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.660712  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1828  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.11 
 
 
306 aa  353  2e-96  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0122431 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.93 
 
 
308 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00578096  normal  0.490082 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3361  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.97 
 
 
366 aa  352  5.9999999999999994e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1427  GDP-fucose synthetase  49.86 
 
 
352 aa  349  3e-95  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.328576  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.96 
 
 
316 aa  348  5e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0944  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.97 
 
 
324 aa  347  2e-94  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221885  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0962  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.97 
 
 
324 aa  347  2e-94  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.913976 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>