More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_1425 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008609  Ppro_1425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
322 aa  665    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.61 
 
 
321 aa  474  1e-132  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.99 
 
 
347 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0627  GDP-fucose synthetase  67.08 
 
 
314 aa  454  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.26 
 
 
321 aa  442  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.757489 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0035  GDP-fucose synthetase  60.13 
 
 
312 aa  422  1e-117  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0178713 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1282  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.58 
 
 
320 aa  422  1e-117  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.58 
 
 
309 aa  424  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.043091  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1091  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.93 
 
 
309 aa  418  1e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.57 
 
 
324 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0060  GDP-fucose synthetase  61.02 
 
 
308 aa  415  9.999999999999999e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.396896  normal  0.0281476 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.13 
 
 
320 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5688  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.82 
 
 
313 aa  412  1e-114  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.49 
 
 
324 aa  414  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.721722  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.68 
 
 
313 aa  408  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000746713  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2730  GDP-L-fucose synthetase  59.26 
 
 
326 aa  408  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.193423 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4219  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.57 
 
 
309 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.946237  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.83 
 
 
311 aa  405  1.0000000000000001e-112  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0386838  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2842  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.26 
 
 
324 aa  403  1e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1775  GDP-L-fucose synthetase  58.64 
 
 
327 aa  400  9.999999999999999e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.23 
 
 
312 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.46 
 
 
306 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.881493 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1147  GDP-L-fucose synthetase  58.99 
 
 
322 aa  396  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.32 
 
 
319 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.31 
 
 
316 aa  395  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.69 
 
 
335 aa  394  1e-108  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.59 
 
 
323 aa  391  1e-108  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0425  GDP-fucose synthetase  54.15 
 
 
346 aa  389  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3862  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  56.7 
 
 
319 aa  391  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3813  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.41 
 
 
331 aa  388  1e-107  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.168438  normal  0.238091 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3442  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.03 
 
 
310 aa  387  1e-106  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.03 
 
 
313 aa  385  1e-106  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.235303  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.73 
 
 
326 aa  381  1e-105  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00285763  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.01 
 
 
310 aa  378  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.69 
 
 
376 aa  378  1e-104  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000078339  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.19 
 
 
308 aa  379  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.14 
 
 
331 aa  378  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.482517 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2092  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.69 
 
 
322 aa  377  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1864  GDP-L-fucose synthetase  57.1 
 
 
319 aa  375  1e-103  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.01 
 
 
321 aa  377  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.384606 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2350  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.87 
 
 
312 aa  377  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1235  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.04 
 
 
320 aa  375  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.83 
 
 
333 aa  377  1e-103  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0947626  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.79 
 
 
332 aa  373  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2695  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.6 
 
 
321 aa  372  1e-102  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0303782 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2345  GDP-L-fucose synthetase  55.27 
 
 
321 aa  371  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01958  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/ GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  54.95 
 
 
321 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.881949  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.95 
 
 
321 aa  369  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.171954  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2666  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.92 
 
 
321 aa  369  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.350076 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1010  GDP-L-fucose synthetase  55.27 
 
 
321 aa  370  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2987  GDP-L-fucose synthetase  55.27 
 
 
321 aa  370  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201772 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0619  GDP-fucose synthetase  55.03 
 
 
308 aa  370  1e-101  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2341  GDP-L-fucose synthetase  55.31 
 
 
321 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1180  GDP-L-fucose synthetase  54.95 
 
 
321 aa  368  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.95 
 
 
321 aa  368  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3191  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.8 
 
 
324 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26933  normal  0.010449 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01947  hypothetical protein  54.95 
 
 
321 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1764  GDP-fucose synthetase  49.72 
 
 
353 aa  369  1e-101  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.50784  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2334  GDP-L-fucose synthetase  55 
 
 
321 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.371509 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4108  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  53.94 
 
 
320 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.353388  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0651  GDP-L-fucose synthetase  53.44 
 
 
323 aa  367  1e-100  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.193687  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1700  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  54.09 
 
 
314 aa  367  1e-100  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231068  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.45 
 
 
318 aa  364  1e-100  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2233  GDP-L-fucose synthetase  55.35 
 
 
321 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.487603  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1084  putative GDP-fucose synthetase  53.14 
 
 
316 aa  366  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5859  bifunctional GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  54.78 
 
 
333 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.35 
 
 
314 aa  366  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2290  GDP-L-fucose synthetase  55.35 
 
 
321 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.711318  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2448  GDP-L-fucose synthetase  55.31 
 
 
321 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0192641 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.7 
 
 
325 aa  367  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.6044  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1828  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.16 
 
 
306 aa  362  6e-99  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0122431 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.5 
 
 
337 aa  360  2e-98  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.878977  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2116  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  53.99 
 
 
319 aa  359  4e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1313  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.29 
 
 
320 aa  359  4e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.02 
 
 
321 aa  357  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.092333  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3040  GDP-L-fucose synthetase  54.02 
 
 
321 aa  357  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0771  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase and GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  52.81 
 
 
322 aa  357  1.9999999999999998e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0933619 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.92 
 
 
308 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00578096  normal  0.490082 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1253  GDP-L-fucose synthetase  53.7 
 
 
321 aa  356  2.9999999999999997e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000974466  hitchhiker  0.000000000000993367 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.21 
 
 
356 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.435131  normal  0.526104 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02915  GDP-fucose synthetase  48.06 
 
 
362 aa  355  3.9999999999999996e-97  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0734964  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3361  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.27 
 
 
366 aa  355  6.999999999999999e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2900  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  53.48 
 
 
311 aa  353  2e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0702  GDP-L-fucose synthase  53.16 
 
 
332 aa  353  2e-96  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0806  GDP-L-fucose synthase  53.16 
 
 
332 aa  353  2e-96  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2967  GDP-L-fucose synthetase  50.94 
 
 
321 aa  351  8e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000296227 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4142  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.52 
 
 
313 aa  351  8.999999999999999e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5711  GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase /GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  53.92 
 
 
316 aa  349  3e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4242  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.72 
 
 
311 aa  348  5e-95  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0896711  normal  0.0692369 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.57 
 
 
314 aa  347  1e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.660712  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6434  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.92 
 
 
345 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.141904 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1248  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.72 
 
 
362 aa  346  3e-94  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1289  GDP-fucose synthetase  48.88 
 
 
357 aa  343  2e-93  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.1 
 
 
317 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.92 
 
 
316 aa  339  4e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.73165  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0254  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.02 
 
 
329 aa  338  7e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.91 
 
 
316 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4620  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.6 
 
 
312 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.27 
 
 
305 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4753  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.31 
 
 
324 aa  337  1.9999999999999998e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>