More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1481 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
319 aa  655    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00831994  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0254  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.92 
 
 
329 aa  424  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4620  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.56 
 
 
312 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.4 
 
 
316 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.57 
 
 
312 aa  409  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.144888  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.17 
 
 
321 aa  407  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.384606 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.14 
 
 
312 aa  404  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195142  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6434  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.44 
 
 
345 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.141904 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.12 
 
 
356 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.435131  normal  0.526104 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.53 
 
 
305 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.75 
 
 
337 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.31 
 
 
312 aa  371  1e-102  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2900  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  58.28 
 
 
311 aa  368  1e-101  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0418  fucose synthetase family protein  57.1 
 
 
326 aa  366  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0709177  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0361  fucose synthetase family protein  57.1 
 
 
326 aa  366  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0252323  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.86 
 
 
323 aa  363  2e-99  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.88 
 
 
314 aa  361  7.0000000000000005e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.660712  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.75 
 
 
317 aa  359  3e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.91 
 
 
306 aa  359  3e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.881493 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.33 
 
 
319 aa  359  3e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1147  GDP-L-fucose synthetase  57.23 
 
 
322 aa  358  6e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4242  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.95 
 
 
311 aa  357  1.9999999999999998e-97  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0896711  normal  0.0692369 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3862  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  57.67 
 
 
319 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0035  GDP-fucose synthetase  52.61 
 
 
312 aa  355  5.999999999999999e-97  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0178713 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5711  GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase /GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  53.42 
 
 
316 aa  354  8.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.41 
 
 
316 aa  353  2e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.73165  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3371  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.05 
 
 
326 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0060  GDP-fucose synthetase  54.73 
 
 
308 aa  352  4e-96  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.396896  normal  0.0281476 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.17 
 
 
320 aa  352  5e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4108  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  53.5 
 
 
320 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.353388  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.54 
 
 
318 aa  352  7e-96  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2695  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57 
 
 
321 aa  351  7e-96  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0303782 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0627  GDP-fucose synthetase  56.68 
 
 
314 aa  351  1e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.9 
 
 
313 aa  351  1e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000746713  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5688  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.64 
 
 
313 aa  350  2e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.27 
 
 
313 aa  348  6e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.235303  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2842  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.72 
 
 
324 aa  348  6e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.15 
 
 
314 aa  348  8e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1700  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  56.29 
 
 
314 aa  348  9e-95  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231068  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3040  GDP-L-fucose synthetase  52.06 
 
 
321 aa  347  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.06 
 
 
321 aa  347  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.092333  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2350  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.05 
 
 
312 aa  346  3e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.8 
 
 
309 aa  345  4e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.043091  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1253  GDP-L-fucose synthetase  51.75 
 
 
321 aa  345  6e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000974466  hitchhiker  0.000000000000993367 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1091  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.87 
 
 
309 aa  344  1e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.05 
 
 
308 aa  343  2e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.05 
 
 
331 aa  343  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.482517 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1315  NAD dependent epimerase/dehydratase  50.31 
 
 
332 aa  343  2.9999999999999997e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14001  putative fucose synthetase  49.67 
 
 
322 aa  342  5.999999999999999e-93  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.881279  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4219  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.48 
 
 
309 aa  339  4e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.946237  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11546  nucleotide-sugar epimerase epiA  55.63 
 
 
322 aa  338  5.9999999999999996e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.18 
 
 
311 aa  338  8e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0386838  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.27 
 
 
321 aa  338  8e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1828  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.11 
 
 
306 aa  337  9.999999999999999e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0122431 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0771  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase and GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  51.11 
 
 
322 aa  337  1.9999999999999998e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0933619 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2092  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.53 
 
 
322 aa  336  3.9999999999999995e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0944  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.97 
 
 
324 aa  336  3.9999999999999995e-91  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221885  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2345  GDP-L-fucose synthetase  51.42 
 
 
321 aa  336  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0962  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.97 
 
 
324 aa  336  3.9999999999999995e-91  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.913976 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2987  GDP-L-fucose synthetase  51.91 
 
 
321 aa  335  5e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201772 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1010  GDP-L-fucose synthetase  51.91 
 
 
321 aa  335  5e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4142  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.33 
 
 
313 aa  335  7e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01958  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/ GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  51.59 
 
 
321 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.881949  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.59 
 
 
321 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.171954  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01947  hypothetical protein  51.59 
 
 
321 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1864  GDP-L-fucose synthetase  51.45 
 
 
319 aa  333  2e-90  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.35 
 
 
333 aa  333  2e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0947626  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.1 
 
 
321 aa  333  3e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1180  GDP-L-fucose synthetase  51.1 
 
 
321 aa  333  3e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0619  GDP-fucose synthetase  52.94 
 
 
308 aa  332  5e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1313  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.84 
 
 
320 aa  331  1e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.32 
 
 
324 aa  331  1e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.64 
 
 
310 aa  330  2e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1084  putative GDP-fucose synthetase  54.46 
 
 
316 aa  330  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2666  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.94 
 
 
321 aa  329  4e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.350076 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2341  GDP-L-fucose synthetase  51.44 
 
 
321 aa  329  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2233  GDP-L-fucose synthetase  51.44 
 
 
321 aa  329  5.0000000000000004e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.487603  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3442  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.21 
 
 
310 aa  328  5.0000000000000004e-89  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0651  GDP-L-fucose synthetase  50.47 
 
 
323 aa  329  5.0000000000000004e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.193687  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4753  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.31 
 
 
324 aa  328  7e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.33 
 
 
308 aa  328  9e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00578096  normal  0.490082 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.95 
 
 
326 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00285763  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2448  GDP-L-fucose synthetase  51.44 
 
 
321 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0192641 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2334  GDP-L-fucose synthetase  51.12 
 
 
321 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.371509 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1775  GDP-L-fucose synthetase  50.31 
 
 
327 aa  325  4.0000000000000003e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2290  GDP-L-fucose synthetase  51.12 
 
 
321 aa  326  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.711318  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.53 
 
 
324 aa  325  7e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.721722  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1282  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.79 
 
 
320 aa  324  1e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.94 
 
 
347 aa  323  2e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.01 
 
 
376 aa  323  3e-87  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000078339  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5859  bifunctional GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  52.96 
 
 
333 aa  323  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2116  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  49.21 
 
 
319 aa  322  4e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.96 
 
 
322 aa  322  6e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2967  GDP-L-fucose synthetase  48.56 
 
 
321 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000296227 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.8 
 
 
316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3191  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.9 
 
 
324 aa  318  1e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26933  normal  0.010449 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.68 
 
 
321 aa  317  2e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.757489 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1235  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.52 
 
 
320 aa  315  5e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.77 
 
 
324 aa  311  9e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13691  putative fucose synthetase  47.34 
 
 
332 aa  310  1e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>