More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3787 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3787  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
298 aa  611  9.999999999999999e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0858  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.46 
 
 
303 aa  359  3e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.34 
 
 
301 aa  305  9.000000000000001e-82  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0386  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.76 
 
 
298 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.315921  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.59 
 
 
292 aa  254  8e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.59 
 
 
299 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.670421 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2900  paratose synthase  40 
 
 
285 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00855353  normal  0.0646606 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3048  CDP-paratose synthetase  39.66 
 
 
285 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.602683  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.66 
 
 
285 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.319703  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0776  UDP-glucose 4-epimerase  41.24 
 
 
281 aa  196  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.10863  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2271  CDP-abequose synthase  34.36 
 
 
293 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000541202 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2429  paratose synthase  36.81 
 
 
279 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.417691  hitchhiker  0.0000951168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2315  CDP-abequose synthase  35.23 
 
 
299 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0279345 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2214  CDP-abequose synthase  35.23 
 
 
299 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.242503  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2322  CDP-abequose synthase  34.56 
 
 
299 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.360745  normal  0.0132689 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31 
 
 
309 aa  126  6e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 
295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3528  CDP-abequose synthase  25.25 
 
 
319 aa  102  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1703  CDP-abequose synthase  23.92 
 
 
319 aa  100  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000035805 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  27.6 
 
 
302 aa  94.7  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12941  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.56 
 
 
307 aa  93.2  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0139899  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 
316 aa  92.8  7e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0445125  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 
302 aa  92.4  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.92 
 
 
308 aa  90.1  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.33 
 
 
298 aa  89.4  7e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4306  UDP-glucose 4-epimerase  27.24 
 
 
324 aa  88.6  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0064009  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.57 
 
 
333 aa  89  1e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3072  UDP-glucose 4-epimerase  24.45 
 
 
307 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3402  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  23.93 
 
 
307 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3398  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.18 
 
 
307 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0671  UDP-glucose 4-epimerase  26.67 
 
 
327 aa  87.4  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.301208  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.73 
 
 
283 aa  86.7  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1895  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.12 
 
 
311 aa  85.9  7e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
299 aa  85.1  0.000000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0775  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.26 
 
 
303 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
305 aa  84.3  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
313 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3376  NAD dependent epimerase/dehydratase family superfamily  22.71 
 
 
307 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0182  UDP-glucose 4-epimerase  24.93 
 
 
342 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
321 aa  82.4  0.000000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000491095  unclonable  4.61706e-23 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.95 
 
 
306 aa  81.6  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.39 
 
 
311 aa  81.6  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.06 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3862  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  25.23 
 
 
319 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3289  UDP-glucose 4-epimerase  27.16 
 
 
330 aa  80.1  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3715  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 
285 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 
315 aa  79  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0360339 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 
313 aa  78.2  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1573  UDP-galactose 4-epimerase  27.13 
 
 
328 aa  79  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  1.52654e-16 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 
323 aa  77.4  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 
323 aa  77.4  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1068  UDP-galactose 4-epimerase  24.62 
 
 
334 aa  77.8  0.0000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.715245  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.09 
 
 
346 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.268471 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0284  UDP-galactose 4-epimerase  24.92 
 
 
330 aa  76.6  0.0000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.555091  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1125  UDP-glucose 4-epimerase  26.3 
 
 
329 aa  76.3  0.0000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.333219  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4693  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.73 
 
 
317 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.638263  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1378  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25 
 
 
348 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280113  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  26.54 
 
 
328 aa  75.1  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
310 aa  75.5  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  27.88 
 
 
329 aa  75.1  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3158  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25 
 
 
348 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0477125  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3029  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25 
 
 
348 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.965327  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.47 
 
 
318 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0119  UDP-glucose 4-epimerase  26.43 
 
 
328 aa  74.7  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.500269  hitchhiker  0.00370533 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1081  UDP-glucose 4-epimerase  25.91 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000142619  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.98 
 
 
329 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0857049  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.38 
 
 
308 aa  74.3  0.000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0244  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.74 
 
 
346 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.218972  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.47827  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1288  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.39 
 
 
331 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.482517 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2263  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171141  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.26 
 
 
311 aa  73.9  0.000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0464  UDP-glucose 4-epimerase  25.25 
 
 
327 aa  73.9  0.000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0781477  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.05 
 
 
308 aa  73.9  0.000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.89 
 
 
315 aa  73.9  0.000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14221  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  23.23 
 
 
311 aa  73.9  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.84912  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0783  UDP-glucose 4-epimerase  27.21 
 
 
329 aa  73.2  0.000000000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.297847  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0162  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.42 
 
 
313 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.32 
 
 
318 aa  73.6  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000151711  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3095  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.4 
 
 
342 aa  73.2  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.36 
 
 
292 aa  73.2  0.000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.24 
 
 
314 aa  72.8  0.000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.04 
 
 
335 aa  73.2  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07350  UDP-galactose 4-epimerase  26.89 
 
 
339 aa  72.8  0.000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.141517  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1537  UDP-glucose 4-epimerase  26.14 
 
 
339 aa  72.8  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3477  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  24.37 
 
 
315 aa  72.8  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1084  putative GDP-fucose synthetase  23.9 
 
 
316 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.95 
 
 
292 aa  72.8  0.000000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1950  UDP-glucose 4-epimerase  26.81 
 
 
328 aa  72.4  0.000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00010158  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.13 
 
 
292 aa  71.6  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1486  UDP-galactose 4-epimerase  27.69 
 
 
330 aa  72  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.608224 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.15 
 
 
284 aa  72  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.701865  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.68 
 
 
309 aa  72  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1161  UDP-glucose 4-epimerase  26.97 
 
 
338 aa  71.2  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0299848  hitchhiker  0.000414813 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6455  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.55 
 
 
348 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  27.6 
 
 
332 aa  70.9  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.16 
 
 
346 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.544479  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>