More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0747 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_0747  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
311 aa  651    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.26 
 
 
314 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.19 
 
 
316 aa  222  8e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.633837  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.19 
 
 
316 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.19 
 
 
316 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5688  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.54 
 
 
313 aa  218  8.999999999999998e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.19 
 
 
318 aa  217  2e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0619  GDP-fucose synthetase  35.76 
 
 
308 aa  214  9.999999999999999e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.86 
 
 
320 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1828  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.98 
 
 
306 aa  213  1.9999999999999998e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0122431 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0035  GDP-fucose synthetase  34.43 
 
 
312 aa  212  7.999999999999999e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0178713 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1542  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.76 
 
 
335 aa  211  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.920861  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
313 aa  209  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.235303  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.77 
 
 
333 aa  209  5e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0947626  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2096  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.74 
 
 
314 aa  206  5e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.644928  hitchhiker  0.0000124933 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.64 
 
 
314 aa  203  3e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.118371 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2127  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.07 
 
 
314 aa  202  5e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.97 
 
 
309 aa  202  7e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.043091  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
314 aa  201  9.999999999999999e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.467345  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3396  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.75 
 
 
312 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.312565 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
314 aa  199  5e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.660712  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2842  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
324 aa  197  3e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1700  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  34.23 
 
 
314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231068  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.85 
 
 
324 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
312 aa  195  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3544  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
312 aa  195  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.99 
 
 
314 aa  194  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4219  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.45 
 
 
309 aa  194  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.946237  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.25 
 
 
306 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.881493 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.47 
 
 
310 aa  194  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4753  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.99 
 
 
324 aa  194  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3862  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  34.24 
 
 
319 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.65 
 
 
314 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.198534  normal  0.135614 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0060  GDP-fucose synthetase  33.78 
 
 
308 aa  194  2e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.396896  normal  0.0281476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.67 
 
 
313 aa  193  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000746713  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
323 aa  193  3e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0627  GDP-fucose synthetase  33.78 
 
 
314 aa  191  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.92 
 
 
331 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.482517 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.2 
 
 
316 aa  191  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.68 
 
 
317 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.92 
 
 
321 aa  190  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1313  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.86 
 
 
320 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3442  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 
310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.13 
 
 
347 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.97 
 
 
324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.721722  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.9 
 
 
319 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1091  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.32 
 
 
309 aa  189  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1282  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
320 aa  189  5e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
321 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.757489 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
318 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01958  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/ GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  33.76 
 
 
321 aa  188  8e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.881949  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.76 
 
 
321 aa  188  8e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.171954  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01947  hypothetical protein  33.76 
 
 
321 aa  188  8e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2900  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  33 
 
 
311 aa  188  9e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1010  GDP-L-fucose synthetase  33.44 
 
 
321 aa  188  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4142  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
313 aa  188  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2987  GDP-L-fucose synthetase  33.44 
 
 
321 aa  187  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201772 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0944  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
324 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221885  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0962  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
324 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.913976 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1084  putative GDP-fucose synthetase  33.89 
 
 
316 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2345  GDP-L-fucose synthetase  33.44 
 
 
321 aa  187  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14001  putative fucose synthetase  31.39 
 
 
322 aa  186  4e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.881279  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.25 
 
 
316 aa  186  5e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.73165  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.67 
 
 
308 aa  186  6e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
321 aa  185  7e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1180  GDP-L-fucose synthetase  33.12 
 
 
321 aa  185  7e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2666  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.8 
 
 
321 aa  185  8e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.350076 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2350  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.12 
 
 
312 aa  185  8e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.57 
 
 
308 aa  185  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00578096  normal  0.490082 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1775  GDP-L-fucose synthetase  34.19 
 
 
327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2092  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4108  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  31.97 
 
 
320 aa  183  3e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.353388  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2448  GDP-L-fucose synthetase  33.76 
 
 
321 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0192641 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26810  predicted protein  33.23 
 
 
319 aa  182  9.000000000000001e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.032198  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2341  GDP-L-fucose synthetase  33.44 
 
 
321 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 
316 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 
321 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.092333  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1864  GDP-L-fucose synthetase  32.37 
 
 
319 aa  181  2e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2233  GDP-L-fucose synthetase  33.44 
 
 
321 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.487603  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.89 
 
 
312 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3040  GDP-L-fucose synthetase  32.29 
 
 
321 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0771  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase and GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  30.89 
 
 
322 aa  180  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0933619 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.8 
 
 
316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5711  GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase /GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  31.46 
 
 
316 aa  179  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2695  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
321 aa  179  4e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0303782 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.66 
 
 
311 aa  179  4.999999999999999e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0386838  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2290  GDP-L-fucose synthetase  33.12 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.711318  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1253  GDP-L-fucose synthetase  31.97 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000974466  hitchhiker  0.000000000000993367 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 
376 aa  179  4.999999999999999e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000078339  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2334  GDP-L-fucose synthetase  33.12 
 
 
321 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.371509 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0254  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
329 aa  177  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.29 
 
 
335 aa  177  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1235  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
320 aa  176  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1147  GDP-L-fucose synthetase  31.07 
 
 
322 aa  176  5e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14451  putative fucose synthetase  30 
 
 
337 aa  174  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.54 
 
 
321 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.384606 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.56 
 
 
337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_15125  predicted protein  31.51 
 
 
311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2730  GDP-L-fucose synthetase  32.7 
 
 
326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.193423 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>