273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1912 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_1912  cytochrome b/b6 domain-containing protein  100 
 
 
410 aa  802    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2472  Cytochrome b/b6 domain protein  29.45 
 
 
464 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.255761  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0022  Cytochrome b/b6 domain protein  27.76 
 
 
472 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.401541  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3058  Cytochrome b/b6 domain protein  29.15 
 
 
539 aa  95.1  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.489996  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1333  Cytochrome b/b6 domain protein  25.07 
 
 
488 aa  94.4  4e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.706322 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1825  cytochrome b/b6 domain protein  29.41 
 
 
522 aa  92.4  1e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0243  Cytochrome b/b6 domain-containing protein  26.26 
 
 
429 aa  92  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2953  cytochrome b/b6 domain-containing protein  31.51 
 
 
557 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3617  Cytochrome b/b6 domain protein  29.77 
 
 
537 aa  90.9  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12224  ubiquinol-cytochrome C reductase qcrB (cytochrome B subunit)  31.78 
 
 
549 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3560  cytochrome b/b6 domain-containing protein  32.71 
 
 
549 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.723274  normal  0.0825671 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1376  cytochrome b/b6 domain protein  31.3 
 
 
564 aa  89.4  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131077  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10700  cytochrome b subunit of the bc complex  33.18 
 
 
555 aa  89.4  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.797183  normal  0.372195 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1986  Cytochrome b/b6 domain  24.93 
 
 
431 aa  88.6  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.282251  normal  0.259595 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1949  Cytochrome b/b6 domain protein  31.62 
 
 
556 aa  87.8  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000732927 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0762  Cytochrome b/b6 domain protein  26.98 
 
 
510 aa  86.3  0.000000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.294721  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0470  Cytochrome b/b6 domain protein  26.4 
 
 
425 aa  85.9  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1920  cytochrome b/b6-like  27.76 
 
 
404 aa  86.3  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000165644  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3105  cytochrome b/b6-like  27.46 
 
 
527 aa  85.9  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.041819  normal  0.378798 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0321  cytochrome b/b6 domain-containing protein  25.36 
 
 
510 aa  84.3  0.000000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3251  Cytochrome b/b6 domain protein  30.51 
 
 
542 aa  84.7  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00015741  decreased coverage  0.00000907942 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12150  cytochrome b subunit of the bc complex  33.02 
 
 
564 aa  84  0.000000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.145352  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1912  cytochrome b/b6 domain-containing protein  27.38 
 
 
471 aa  83.6  0.000000000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.541512  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1779  Cytochrome b/b6 domain  22.74 
 
 
422 aa  83.2  0.000000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.484297  decreased coverage  0.00239788 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1680  cytochrome b/b6 domain protein  31.53 
 
 
543 aa  82.8  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.76361 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2212  cytochrome b/b6-like protein  29.01 
 
 
561 aa  82.4  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184227  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3253  Cytochrome b/b6 domain  28.1 
 
 
557 aa  81.6  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.510531  normal  0.0785008 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4117  Cytochrome b/b6 domain-containing protein  33.8 
 
 
532 aa  81.6  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.358172 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1812  cytochrome b/b6 domain-containing protein  31.38 
 
 
546 aa  82  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.666264  normal  0.116322 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3294  cytochrome b/b6-like protein  31.55 
 
 
558 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.550671  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3305  cytochrome b/b6 domain-containing protein  31.55 
 
 
558 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.216309  normal  0.394132 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3356  cytochrome b/b6 domain-containing protein  31.55 
 
 
558 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.162526  normal  0.0239806 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1889  Cytochrome b/b6 domain protein  30.66 
 
 
580 aa  81.6  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.271737  hitchhiker  0.00145846 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2078  Cytochrome b/b6 domain protein  29.05 
 
 
583 aa  81.3  0.00000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2674  Cytochrome b subunit of the bc complex-like protein  27.76 
 
 
545 aa  80.5  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.896825 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14160  cytochrome b subunit of the bc complex  26.58 
 
 
559 aa  80.1  0.00000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.409631  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2011  Cytochrome b/b6 domain protein  29.6 
 
 
575 aa  79.3  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.802913  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2695  Cytochrome b/b6 domain protein  24.76 
 
 
541 aa  78.2  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.692335  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0961  cytochrome b/b6 domain-containing protein  27.88 
 
 
568 aa  78.2  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0908958  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1019  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b subunit  29.09 
 
 
548 aa  78.2  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.110557  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15680  cytochrome b subunit of the bc complex  30.62 
 
 
566 aa  77  0.0000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3137  cytochrome b/b6 domain-containing protein  28.12 
 
 
582 aa  77  0.0000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0319  cytochrome b/b6-like protein  25 
 
 
437 aa  76.6  0.0000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0663276  decreased coverage  0.00372414 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1449  cytochrome b/b6 domain protein  28.23 
 
 
547 aa  76.3  0.0000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0373061  normal  0.0523763 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1543  cytochrome b/b6 domain-containing protein  25.54 
 
 
531 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000370205 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  26.18 
 
 
689 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0578  Cytochrome b/b6 domain protein  28.37 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.101746  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1293  cytochrome b/b6 domain-containing protein  30 
 
 
542 aa  73.6  0.000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.327176 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3060  Cytochrome b/b6 domain protein  28.84 
 
 
553 aa  72.8  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00152334  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0647  Cytochrome b/b6 domain protein  27.94 
 
 
269 aa  72  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.334233  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0395  cytochrome b-c complex, cytochrome b subunit  23.91 
 
 
426 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.488441  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3132  Cytochrome b/b6 domain protein  27.27 
 
 
551 aa  70.9  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2218  Cytochrome b/b6 domain protein  22.13 
 
 
469 aa  70.9  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.905711  normal  0.211353 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1139  Cytochrome b/b6 domain protein  23.31 
 
 
403 aa  70.9  0.00000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222795  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0500  cytochrome b/b6 domain-containing protein  24.41 
 
 
548 aa  70.9  0.00000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.847294  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  25.35 
 
 
688 aa  70.5  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1718  cytochrome b-c complex, cytochrome b subunit  25.14 
 
 
429 aa  70.5  0.00000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.00000000282994  normal  0.360992 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16210  cytochrome b subunit of the bc complex  28.02 
 
 
581 aa  69.7  0.00000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.762158 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2489  cytochrome b/b6-like  32.41 
 
 
535 aa  68.2  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.613935  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2251  cytochrome b6  23.39 
 
 
222 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00036602 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0554  Cytochrome b/b6 domain protein  33.33 
 
 
551 aa  67.8  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2331  cytochrome b6  24 
 
 
215 aa  68.2  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.520251 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  24.66 
 
 
689 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2347  cytochrome b6  23.79 
 
 
222 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  25.75 
 
 
690 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  26.71 
 
 
688 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0621  Cytochrome b/b6 domain protein  24.49 
 
 
536 aa  67.8  0.0000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1071  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  25.07 
 
 
409 aa  67.4  0.0000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1939  cytochrome b/b6 domain-containing protein  27.54 
 
 
514 aa  67.8  0.0000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0570321  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0467  Cytochrome b/b6 domain  24.24 
 
 
421 aa  67  0.0000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.776712  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3097  Cytochrome b/b6 domain protein  24.39 
 
 
267 aa  66.6  0.0000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1703  cytochrome b/b6 domain-containing protein  23.98 
 
 
215 aa  66.6  0.0000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0466  Cytochrome b/b6 domain protein  25.81 
 
 
557 aa  66.2  0.0000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.312063  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8374  Cytochrome b subunit of the bc complex-like protein  29.22 
 
 
545 aa  66.6  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0362  Cytochrome b/b6 domain  24.57 
 
 
429 aa  66.2  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000296669  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3441  cytochrome b6  23.58 
 
 
215 aa  66.2  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00977243  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1702  cytochrome b6  23.24 
 
 
218 aa  65.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04171  cytochrome b6  23.24 
 
 
218 aa  65.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.576344 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5927  Cytochrome b/b6 domain protein  26.15 
 
 
268 aa  65.1  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0291  cytochrome b/b6 domain-containing protein  22.64 
 
 
562 aa  65.5  0.000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0120651  normal  0.455263 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3343  Cytochrome b/b6 domain protein  28.12 
 
 
553 aa  65.1  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03611  cytochrome b6  23.65 
 
 
218 aa  65.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0430  cytochrome b/b6 domain-containing protein  23.6 
 
 
431 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00372181  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0750  Cytochrome b/b6 domain protein  23.16 
 
 
464 aa  64.7  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0241162  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3538  cytochrome b6  23.65 
 
 
222 aa  64.3  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1832  cytochrome B subunit of cytochrome bc1  21.75 
 
 
410 aa  64.7  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255708  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  24.51 
 
 
687 aa  64.7  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0331  cytochrome b6  22.58 
 
 
218 aa  64.7  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03511  cytochrome b6  22.58 
 
 
218 aa  64.7  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4252  cytochrome b/b6 domain-containing protein  21.41 
 
 
562 aa  64.7  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000252204  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2576  cytochrome b6  23.65 
 
 
222 aa  64.3  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.953247 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03571  cytochrome b6  22.53 
 
 
218 aa  64.7  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.223543  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03491  cytochrome b6  22.58 
 
 
218 aa  64.7  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.499188  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2471  Cytochrome b/b6 domain  26.03 
 
 
430 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0219916 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21851  cytochrome b6  23.65 
 
 
218 aa  64.3  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.396242 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  26.67 
 
 
688 aa  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0741  Cytochrome b/b6 domain protein  25.96 
 
 
418 aa  63.9  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1832  Cytochrome b/b6 domain protein  25.96 
 
 
418 aa  63.9  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.485298  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1237  cytochrome B  22.3 
 
 
419 aa  63.5  0.000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1137  cytochrome b6  24.48 
 
 
222 aa  63.5  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720211 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>