More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3599 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3599  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
452 aa  903    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3679  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  50 
 
 
467 aa  411  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1977  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family protein  47.75 
 
 
465 aa  396  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1449  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.51 
 
 
459 aa  322  9.999999999999999e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00012635  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1561  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  24.58 
 
 
480 aa  141  3e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4646  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.19 
 
 
464 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.220862  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  26.96 
 
 
460 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.583273  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00533  copper/silver efflux system, outer membrane component  27.14 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3057  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.96 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3074  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  26.96 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.127852  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  26.96 
 
 
460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0284493  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0619  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  26.96 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00522  hypothetical protein  27.14 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0653  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  26.75 
 
 
460 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.191725  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1840  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.98 
 
 
462 aa  128  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2380  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.35 
 
 
481 aa  127  6e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6346  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.38 
 
 
491 aa  124  4e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.14 
 
 
457 aa  121  1.9999999999999998e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2283  outer membrane efflux protein  26.87 
 
 
501 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0628456 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.73 
 
 
459 aa  120  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6465  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.72 
 
 
475 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0283455 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1854  putative outer membrane multidrug resistance lipoprotein  26.8 
 
 
475 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2194  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.95 
 
 
518 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0247365  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  31.53 
 
 
490 aa  117  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.55 
 
 
487 aa  117  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0388  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  24.65 
 
 
492 aa  116  1.0000000000000001e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5965  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.09 
 
 
475 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.037067 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.37 
 
 
475 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.09 
 
 
475 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4297  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  26.77 
 
 
461 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00173675  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.7 
 
 
470 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.35 
 
 
486 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0477  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.15 
 
 
471 aa  115  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.392731  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.62 
 
 
489 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0414  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  24.93 
 
 
492 aa  114  4.0000000000000004e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0259  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  27.02 
 
 
461 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1215  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.96 
 
 
509 aa  113  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156046  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  27.31 
 
 
520 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1884  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.19 
 
 
464 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0017284  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3706  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.92 
 
 
498 aa  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0175295 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1750  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.02 
 
 
498 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0410029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  28.02 
 
 
499 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  29.08 
 
 
491 aa  111  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.25 
 
 
477 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.25 
 
 
489 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1124  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.47 
 
 
509 aa  110  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.405736 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0802  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.06 
 
 
476 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.102308  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.18 
 
 
521 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.32 
 
 
502 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.38 
 
 
471 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228737  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  25.16 
 
 
516 aa  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.96 
 
 
537 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.82 
 
 
477 aa  109  9.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0117  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  23.47 
 
 
482 aa  108  1e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1086  TolC protein  26.65 
 
 
448 aa  109  1e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  28.24 
 
 
479 aa  109  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.97 
 
 
478 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.4 
 
 
471 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  30.9 
 
 
503 aa  109  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4027  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.32 
 
 
467 aa  109  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.296212  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  27.62 
 
 
498 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  29.47 
 
 
492 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2315  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.15 
 
 
475 aa  108  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2826  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.15 
 
 
475 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.349908  normal  0.4485 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.21 
 
 
498 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.44 
 
 
494 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3425  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  26.9 
 
 
461 aa  108  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1481  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.21 
 
 
498 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.497778 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3424  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.74 
 
 
514 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.29 
 
 
485 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.77 
 
 
495 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3369  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.55 
 
 
489 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.413443  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.44 
 
 
472 aa  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.48 
 
 
496 aa  107  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0746  outer membrane protein  23.44 
 
 
461 aa  107  5e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00126239  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  29.51 
 
 
508 aa  107  6e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1056  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.78 
 
 
498 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.14613  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0996  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.78 
 
 
498 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0170  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.78 
 
 
498 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0737823  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.76 
 
 
546 aa  106  7e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.16116  normal  0.32958 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1462  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.99 
 
 
480 aa  106  7e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0250838  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.43 
 
 
477 aa  106  8e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.78 
 
 
514 aa  106  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.370375  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.56 
 
 
520 aa  106  9e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1258  putative flagellar hook-associated protein 2  26.34 
 
 
448 aa  106  9e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0403  outer membrane protein OprM  25.05 
 
 
485 aa  106  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102824 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  27.51 
 
 
474 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.51 
 
 
492 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2559  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.22 
 
 
527 aa  106  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.24 
 
 
533 aa  106  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1768  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  27.78 
 
 
493 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.99 
 
 
514 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.330678  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3584  outer membrane protein oprM  27.63 
 
 
468 aa  105  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.02 
 
 
486 aa  105  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  28.08 
 
 
474 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0827  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.67 
 
 
483 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00460212  hitchhiker  0.00000000259986 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.89 
 
 
514 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.63 
 
 
468 aa  105  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0389  outer membrane protein OprM  24.84 
 
 
485 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303382  hitchhiker  0.0000297498 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1745  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  27.78 
 
 
498 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.134149  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>