138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3247 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3247  bile acid/Na+ symporter family protein  100 
 
 		 297 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2515  bile acid:sodium symporter  99.66 
 
 		 297 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.930351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2646  bile acid:sodium symporter  98.32 
 
 		 297 aa  567  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.571018  normal  0.498047 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2664  bile acid:sodium symporter  91.97 
 
 		 299 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43170  bile acid/Na+ symporter family transporter  78.55 
 
 		 297 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.363459 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3622  putative transporter  78.67 
 
 		 297 aa  431  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0224164  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2679  bile acid:sodium symporter  77.47 
 
 		 297 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.401934  normal  0.860091 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2868  Bile acid:sodium symporter  58.74 
 
 		 293 aa  310  2e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0584771  normal  0.853914 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4290  bile acid:sodium symporter  57.24 
 
 		 292 aa  305  5.0000000000000004e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2582  bile acid:sodium symporter  55.59 
 
 		 296 aa  301  7.000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.100414 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2779  bile acid:sodium symporter  55.79 
 
 		 296 aa  298  6e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.142136  hitchhiker  0.000611916 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0306  Bile acid:sodium symporter  53.31 
 
 		 295 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10217  normal  0.318407 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0010  Bile acid:sodium symporter  48.72 
 
 		 291 aa  243  3e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0367  Na+-dependent transporter-like  47.02 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.377327 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0371  bile acid:sodium symporter  44.73 
 
 		 335 aa  220  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0981019  normal  0.637314 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0407  bile acid:sodium symporter  42.41 
 
 		 289 aa  208  9e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.208758  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1420  sodium symporter  42.03 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3066  bile acid:sodium symporter  40.4 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2140  bile acid:sodium symporter  37.83 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2044  bile acid:sodium symporter  37.15 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.104383  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5573  Bile acid:sodium symporter  42.21 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2861  P3 protein  39.13 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.934917 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1365  solute/sodium symporter  36.61 
 
 		 344 aa  159  4e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0796  bile acid:sodium symporter  32.88 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0178  Bile acid:sodium symporter  36.43 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0630  bile acid:sodium symporter  36 
 
 		 284 aa  147  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2345  bile acid:sodium symporter  30.94 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000297919  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2388  bile acid:sodium symporter  30.94 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0056492  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2284  Bile acid:sodium symporter  34.03 
 
 		 325 aa  142  8e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4117  bile acid:sodium symporter  32.63 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2891  bile acid:sodium symporter  32.64 
 
 		 316 aa  139  4.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3652  bile acid:sodium symporter  34.36 
 
 		 309 aa  138  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0951  bile acid:sodium symporter  34.72 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02093  P3 protein  38.39 
 
 		 221 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000002356  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0222  Bile acid:sodium symporter  32.28 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4519  sodium-dependent transporter  34.3 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0220  bile acid:sodium symporter  32.28 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4238  bile acid:sodium symporter  32.51 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00038302 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0999  bile acid:sodium symporter  31.34 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0120798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0236  bile acid:sodium symporter  33.71 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1678  bile acid:sodium symporter  33.96 
 
 		 321 aa  134  3e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3507  bile acid:sodium symporter  32.58 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2456  Bile acid:sodium symporter  29.29 
 
 		 368 aa  132  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6460  Bile acid:sodium symporter  30.25 
 
 		 350 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5701  Bile acid:sodium symporter  33.45 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0369  Bile acid:sodium symporter  32.57 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.379634  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2072  bile acid:sodium symporter  32.82 
 
 		 285 aa  129  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.106303 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0093  Bile acid:sodium symporter  31.64 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1540  bile acid:sodium symporter  32.18 
 
 		 321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3925  bile acid:sodium symporter  34.28 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3800  bile acid:sodium symporter  33 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0066  Bile acid:sodium symporter  31.01 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0354306 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03710  predicted Na+-dependent transporter  31.85 
 
 		 335 aa  126  3e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0445  Bile acid:sodium symporter  32.64 
 
 		 334 aa  126  3e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1257  bile acid:sodium symporter  29.72 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.798297 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0890  Bile acid:sodium symporter  33.2 
 
 		 303 aa  125  7e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1875  bile acid transporter family protein  31.79 
 
 		 334 aa  125  9e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.615101  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0625  sodium/bile acid cotransporter family protein  34.44 
 
 		 311 aa  124  1e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.667593  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1633  bile acid:sodium symporter  31.91 
 
 		 340 aa  123  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1227  bile acid:sodium symporter  32.18 
 
 		 318 aa  123  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0102  bile acid:sodium symporter  33.57 
 
 		 351 aa  123  4e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2588  Bile acid:sodium symporter  31.62 
 
 		 322 aa  122  6e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.527927  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0116  Bile acid:sodium symporter  30.57 
 
 		 310 aa  122  6e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0050  Bile acid:sodium symporter  30.41 
 
 		 312 aa  122  7e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00660635  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2047  sodium/bile acid cotransporter family protein  32.95 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1506  Bile acid:sodium symporter  31.27 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.221367  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3274  Bile acid:sodium symporter  32.14 
 
 		 329 aa  120  3.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1040  BASS family Na(+)/bile acid symporter  29.79 
 
 		 319 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2660  Bile acid:sodium symporter  32.05 
 
 		 319 aa  119  6e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0353  Na+-dependent transporter-like  30.8 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0574  bile acid:sodium symporter  33.08 
 
 		 321 aa  118  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0228  bile acid:sodium symporter  29.48 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0797495  normal  0.303922 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2945  Bile acid:sodium symporter  29.89 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0921  Bile acid:sodium symporter  31.13 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.215588  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21780  putative transporter  31.97 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.919713  normal  0.169757 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20150  predicted Na+-dependent transporter  31.44 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.226359  normal  0.0276347 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1409  Bile acid:sodium symporter  34.01 
 
 		 336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1857  putative transporter  32.34 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1632  sodium/bile acid transporter family protein  33.08 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1763  sodium-dependent transporter  30 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00850832  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1688  sodium/bile acid transporter family protein  31.8 
 
 		 318 aa  115  6e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.37024  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3145  bile acid:sodium symporter  31.44 
 
 		 315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.142756  normal  0.0139778 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4097  bile acid:sodium symporter  30.22 
 
 		 315 aa  114  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.64867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3729  bile acid:sodium symporter  32.74 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.51289 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4480  bile acid:sodium symporter  27.88 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1219  bile acid:sodium symporter  29 
 
 		 303 aa  112  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2042  Na+-transporting methylmalonyl-CoA/oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  28.87 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3303  bile acid:sodium symporter  33.2 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0688105  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1736  bile acid transporter family protein  27.46 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.764529  normal  0.0499745 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2835  sodium-dependent transporter  32.55 
 
 		 326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0364013  normal  0.341096 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2354  Bile acid:sodium symporter  30.53 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1996  Bile acid:sodium symporter  31.85 
 
 		 325 aa  109  5e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3529  bile acid transporter family protein  27.05 
 
 		 322 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.347083  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_4286  predicted protein  31.19 
 
 		 319 aa  108  8.000000000000001e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.717373  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3277  bile acid transporter family protein  27.05 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0358387  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3535  bile acid transporter family protein  26.64 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3529  bile acid transporter family protein  26.64 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000674215 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3314  bile acid transporter family protein  26.64 
 
 		 322 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0675599  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3574  bile acid transporter family protein  26.64 
 
 		 322 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0718413  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3229  bile acid transporter family protein  26.64 
 
 		 322 aa  106  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>