More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3743 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_1565  response regulator receiver protein  50.67 
 
 
808 aa  653    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1365  response regulator receiver  50.24 
 
 
808 aa  650    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.708627  normal  0.125949 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3743  response regulator receiver protein  100 
 
 
811 aa  1565    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1310  response regulator receiver protein  48.81 
 
 
834 aa  598  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.805154  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0276  response regulator receiver protein  44.7 
 
 
809 aa  478  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0109  response regulator receiver protein  33.93 
 
 
821 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.19 
 
 
691 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.96 
 
 
660 aa  160  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.01 
 
 
721 aa  158  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 
651 aa  145  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4603  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.82 
 
 
783 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3591  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.4 
 
 
650 aa  140  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 
642 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750197  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  32.21 
 
 
678 aa  135  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5576  histidine kinase  33.15 
 
 
529 aa  134  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.44664  normal  0.0252292 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2474  histidine kinase  32.9 
 
 
559 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.62 
 
 
1164 aa  131  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  30.34 
 
 
1164 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.2 
 
 
927 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.67 
 
 
642 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.18 
 
 
653 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.73 
 
 
766 aa  128  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2956  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.62 
 
 
650 aa  124  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753222  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36420  putative sensor/response regulator hybrid  30.77 
 
 
699 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426849  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.96 
 
 
699 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2691  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.08 
 
 
639 aa  121  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.39 
 
 
951 aa  120  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  30.68 
 
 
650 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  31.97 
 
 
558 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4807  response regulator receiver protein  27.34 
 
 
792 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5394  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  30.27 
 
 
558 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0211479 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.67 
 
 
774 aa  115  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  30.91 
 
 
701 aa  114  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.99 
 
 
622 aa  114  9e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  28.99 
 
 
622 aa  114  9e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  31.3 
 
 
858 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.96 
 
 
688 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4846  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.19 
 
 
701 aa  112  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.110474 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.18 
 
 
622 aa  109  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.31 
 
 
628 aa  108  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.74 
 
 
766 aa  107  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5110  histidine kinase  28.12 
 
 
558 aa  106  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.967716  normal  0.0814675 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2960  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.29 
 
 
622 aa  104  8e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4151  sensor histidine kinase/response regulator hybrid  31.25 
 
 
571 aa  103  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.579562  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0225  PAS  29.83 
 
 
673 aa  100  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2427  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.12 
 
 
707 aa  100  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215124  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.26 
 
 
943 aa  99.4  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3211  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.52 
 
 
696 aa  98.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.7085  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2251  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.19 
 
 
721 aa  98.2  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0770498  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1672  PAS sensor protein  25.96 
 
 
695 aa  97.1  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487392  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.6 
 
 
885 aa  97.1  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1990  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.23 
 
 
695 aa  96.3  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.67 
 
 
795 aa  95.5  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.477207 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.23 
 
 
720 aa  95.5  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3236  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.35 
 
 
725 aa  94.7  7e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.142395 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0350  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.99 
 
 
1140 aa  94  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4788  histidine kinase  30.75 
 
 
685 aa  92.4  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.11 
 
 
661 aa  92  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.52 
 
 
1076 aa  91.7  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.57 
 
 
1151 aa  90.9  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4430  GAF sensor hybrid histidine kinase  28.41 
 
 
571 aa  90.1  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.13 
 
 
743 aa  90.5  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  28.14 
 
 
733 aa  90.1  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.25 
 
 
1013 aa  90.1  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1414  sensory box histidine kinase/response regulator  25.91 
 
 
844 aa  88.6  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3366  histidine kinase  30.25 
 
 
580 aa  88.6  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.54 
 
 
827 aa  88.2  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.23 
 
 
551 aa  88.2  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.68 
 
 
688 aa  88.2  5e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0308  histidine kinase  30.71 
 
 
707 aa  88.2  5e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.46 
 
 
1011 aa  88.2  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.85 
 
 
845 aa  88.2  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.53 
 
 
1191 aa  87.4  9e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0319  histidine kinase  30.71 
 
 
707 aa  87  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3860  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.25 
 
 
520 aa  86.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0297  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.91 
 
 
711 aa  86.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.219152  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3269  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.63 
 
 
704 aa  86.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1985  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.99 
 
 
650 aa  86.7  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2196  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.32 
 
 
705 aa  86.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.908394  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4355  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.1 
 
 
600 aa  86.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.57 
 
 
926 aa  85.9  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3549  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.49 
 
 
702 aa  85.9  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0232  sensor histidine kinase  26.6 
 
 
716 aa  85.9  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.786809  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.51 
 
 
662 aa  85.5  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.07 
 
 
1113 aa  85.1  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4711  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 
683 aa  85.1  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2264  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.46 
 
 
692 aa  84.7  0.000000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.8 
 
 
643 aa  83.6  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0930  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.2 
 
 
736 aa  84  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.165473  normal  0.215499 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  27.09 
 
 
726 aa  84  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1171  histidine kinase  25.3 
 
 
527 aa  83.6  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00415214  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0247  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.73 
 
 
640 aa  84  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0678153 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1697  histidine kinase  30.24 
 
 
505 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.38 
 
 
1322 aa  83.2  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0366  GAF sensor hybrid histidine kinase  27.04 
 
 
618 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425505  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0052  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.66 
 
 
1054 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  29.16 
 
 
812 aa  82.4  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2401  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.78 
 
 
991 aa  82.4  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.43 
 
 
1014 aa  82.4  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.82 
 
 
548 aa  82  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>