More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1310 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1365  response regulator receiver  80.85 
 
 
808 aa  1211    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.708627  normal  0.125949 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1310  response regulator receiver protein  100 
 
 
834 aa  1607    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.805154  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1565  response regulator receiver protein  81.33 
 
 
808 aa  1219    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3743  response regulator receiver protein  49.35 
 
 
811 aa  617  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0276  response regulator receiver protein  49.16 
 
 
809 aa  586  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0109  response regulator receiver protein  32.22 
 
 
821 aa  191  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4807  response regulator receiver protein  27.42 
 
 
792 aa  163  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.85 
 
 
691 aa  152  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.19 
 
 
721 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4603  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.9 
 
 
783 aa  140  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.23 
 
 
660 aa  136  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.63 
 
 
651 aa  131  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  30.66 
 
 
678 aa  129  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
766 aa  126  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5576  histidine kinase  30.1 
 
 
529 aa  125  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.44664  normal  0.0252292 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.98 
 
 
653 aa  124  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2474  histidine kinase  31.25 
 
 
559 aa  124  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369133 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
699 aa  123  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.55 
 
 
642 aa  122  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.36 
 
 
774 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.76 
 
 
688 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3591  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.1 
 
 
650 aa  118  5e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.07 
 
 
642 aa  118  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750197  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  28.12 
 
 
622 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.12 
 
 
622 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  30.1 
 
 
858 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2956  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.79 
 
 
650 aa  110  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753222  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2691  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.69 
 
 
639 aa  108  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  26.83 
 
 
1164 aa  108  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.83 
 
 
1164 aa  108  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2960  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.09 
 
 
622 aa  107  7e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  29 
 
 
701 aa  106  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4846  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.5 
 
 
701 aa  105  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.110474 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.11 
 
 
628 aa  104  8e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4151  sensor histidine kinase/response regulator hybrid  29.65 
 
 
571 aa  103  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.579562  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.91 
 
 
951 aa  103  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5394  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  29.46 
 
 
558 aa  102  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0211479 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  30.15 
 
 
650 aa  102  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.28 
 
 
927 aa  101  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.19 
 
 
661 aa  101  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5110  histidine kinase  28.75 
 
 
558 aa  100  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.967716  normal  0.0814675 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.59 
 
 
720 aa  99.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.23 
 
 
766 aa  99.4  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.5 
 
 
943 aa  96.7  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5223  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.39 
 
 
722 aa  94.7  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36420  putative sensor/response regulator hybrid  29.64 
 
 
699 aa  94.7  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426849  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 
1013 aa  92.8  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3211  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.95 
 
 
696 aa  92  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.7085  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2251  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.95 
 
 
721 aa  91.7  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0770498  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  25.99 
 
 
676 aa  91.3  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2427  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.25 
 
 
707 aa  90.5  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215124  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.34 
 
 
899 aa  89.7  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2610  histidine kinase  28.93 
 
 
552 aa  89.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0541  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  26.99 
 
 
575 aa  89.7  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.21 
 
 
1011 aa  89.4  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  28.95 
 
 
558 aa  88.6  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3860  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.86 
 
 
520 aa  89  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6621  histidine kinase  28.43 
 
 
552 aa  87.4  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.13 
 
 
1067 aa  87.4  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  27.65 
 
 
573 aa  87  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  25.51 
 
 
676 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.76 
 
 
1076 aa  86.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.59 
 
 
581 aa  86.7  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.06 
 
 
703 aa  86.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.29 
 
 
622 aa  86.3  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.86 
 
 
943 aa  85.9  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.54 
 
 
795 aa  85.1  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4268  histidine kinase  28.77 
 
 
575 aa  84.7  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.396925 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  27.86 
 
 
571 aa  84  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.89 
 
 
782 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.87 
 
 
926 aa  82.4  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.46 
 
 
585 aa  82.8  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179057  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.98 
 
 
548 aa  82.4  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5456  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.29 
 
 
641 aa  81.6  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0579502  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  26.16 
 
 
1065 aa  81.6  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0232  sensor histidine kinase  26.2 
 
 
716 aa  81.6  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.786809  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4430  GAF sensor hybrid histidine kinase  26.41 
 
 
571 aa  81.3  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0225  PAS  27.82 
 
 
673 aa  80.9  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.72 
 
 
822 aa  80.9  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5422  histidine kinase  25.38 
 
 
685 aa  80.9  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0504919 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1414  sensory box histidine kinase/response regulator  25.52 
 
 
844 aa  80.1  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0247  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.74 
 
 
640 aa  80.1  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0678153 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3081  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.04 
 
 
638 aa  79.3  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0200059 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.91 
 
 
809 aa  79.7  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.46 
 
 
688 aa  79.7  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.34 
 
 
812 aa  79  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1672  PAS sensor protein  25.34 
 
 
695 aa  78.2  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487392  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.2 
 
 
1050 aa  78.2  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3343  histidine kinase  27.82 
 
 
632 aa  78.6  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.1 
 
 
673 aa  78.2  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.63 
 
 
1053 aa  77.8  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.75 
 
 
742 aa  77.8  0.0000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.6 
 
 
944 aa  77.4  0.0000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3549  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.88 
 
 
702 aa  77  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.02 
 
 
743 aa  77.4  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.63 
 
 
625 aa  77.4  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0945  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.17 
 
 
926 aa  77  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.13 
 
 
662 aa  76.3  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.25 
 
 
821 aa  76.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3208  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.66 
 
 
702 aa  76.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.289512 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>