More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0946 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_0909  tRNA-dihydrouridine synthase A  98.82 
 
 		 340 aa  670    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.444474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0946  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 354 aa  703    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3764  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.48 
 
 		 337 aa  510  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0885  tRNA-dihydrouridine synthase A  91.05 
 
 		 324 aa  495  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.228779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1976  tRNA-dihydrouridine synthase A  79.38 
 
 		 319 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4378  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.92 
 
 		 327 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.016037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4250  tRNA-dihydrouridine synthase A  71.88 
 
 		 330 aa  450  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.270848 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  69.59 
 
 		 330 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2851  TIM-barrel protein, yjbN family  67.07 
 
 		 335 aa  444  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981805 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0998  YjbN family TIM-barrel protein  64.83 
 
 		 336 aa  438  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.420322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.75 
 
 		 332 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  68.04 
 
 		 318 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.35 
 
 		 317 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0148288  normal  0.331525 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2180  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.34 
 
 		 330 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2817  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.65 
 
 		 340 aa  395  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3650  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.31 
 
 		 336 aa  397  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.22 
 
 		 335 aa  389  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.32 
 
 		 325 aa  388  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00353768  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.12 
 
 		 353 aa  381  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1549  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.85 
 
 		 342 aa  370  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.28952  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.55 
 
 		 338 aa  362  6e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.78 
 
 		 340 aa  361  1e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.78 
 
 		 340 aa  361  1e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0577  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.99 
 
 		 331 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.41 
 
 		 327 aa  359  3e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.06 
 
 		 327 aa  358  6e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.8 
 
 		 337 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  54.63 
 
 		 315 aa  356  2.9999999999999997e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  56.92 
 
 		 335 aa  355  6.999999999999999e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.57 
 
 		 334 aa  354  1e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.96 
 
 		 344 aa  354  2e-96  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.27 
 
 		 337 aa  354  2e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.24 
 
 		 345 aa  352  4e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.57 
 
 		 343 aa  352  5e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.26 
 
 		 340 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.18 
 
 		 336 aa  350  2e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1926  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.52 
 
 		 313 aa  350  3e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.87 
 
 		 328 aa  350  3e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.94 
 
 		 345 aa  350  3e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.7 
 
 		 326 aa  349  3e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.26 
 
 		 335 aa  349  4e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.94 
 
 		 345 aa  349  4e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.05 
 
 		 331 aa  348  6e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.5 
 
 		 329 aa  347  1e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0321  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.92 
 
 		 335 aa  347  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.63 
 
 		 339 aa  346  3e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.63 
 
 		 339 aa  346  3e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.26 
 
 		 335 aa  346  3e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5568  hypothetical protein  52.99 
 
 		 341 aa  345  7e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.94 
 
 		 339 aa  344  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.25 
 
 		 329 aa  343  2e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.31 
 
 		 339 aa  342  5e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1420  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.94 
 
 		 329 aa  342  5.999999999999999e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.43 
 
 		 327 aa  342  8e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.58 
 
 		 331 aa  342  8e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  56.33 
 
 		 344 aa  340  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2209  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.07 
 
 		 333 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2512  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.01 
 
 		 338 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0272244 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.46 
 
 		 346 aa  338  5.9999999999999996e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.99 
 
 		 336 aa  337  9.999999999999999e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.15 
 
 		 349 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2504  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.41 
 
 		 333 aa  335  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0227  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.88 
 
 		 343 aa  334  2e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0489584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0852  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.58 
 
 		 326 aa  332  5e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00194656  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.57 
 
 		 347 aa  332  6e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.57 
 
 		 347 aa  332  6e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1210  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.09 
 
 		 357 aa  332  8e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269604  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  49.86 
 
 		 345 aa  331  1e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.86 
 
 		 345 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.57 
 
 		 347 aa  330  2e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.76 
 
 		 332 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.86 
 
 		 345 aa  331  2e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  49.86 
 
 		 345 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.44 
 
 		 340 aa  330  3e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.45 
 
 		 332 aa  329  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.69 
 
 		 337 aa  329  5.0000000000000004e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.45 
 
 		 332 aa  328  8e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.38 
 
 		 330 aa  328  8e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.44 
 
 		 339 aa  328  8e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.86 
 
 		 345 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.15 
 
 		 332 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.05 
 
 		 340 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.27 
 
 		 343 aa  325  6e-88  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.85 
 
 		 345 aa  325  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1275  TIM-barrel protein, yjbN family  56.25 
 
 		 329 aa  323  2e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.19 
 
 		 339 aa  323  3e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.42 
 
 		 360 aa  322  4e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00009  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.69 
 
 		 300 aa  322  9.000000000000001e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.94 
 
 		 331 aa  322  9.000000000000001e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02834  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.14 
 
 		 334 aa  322  9.000000000000001e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  52.4 
 
 		 376 aa  321  9.999999999999999e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0964  tRNA-dihydrouridine synthase A  53 
 
 		 336 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.946699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.95 
 
 		 345 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.73 
 
 		 331 aa  318  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.58 
 
 		 331 aa  317  1e-85  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.26 
 
 		 331 aa  318  1e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  48 
 
 		 348 aa  318  1e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.8 
 
 		 328 aa  317  2e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.62 
 
 		 336 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.86 
 
 		 349 aa  316  3e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>