101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2794 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2794  hypothetical protein  100 
 
 
739 aa  1496    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000769221 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0627  hypothetical protein  47.2 
 
 
791 aa  590  1e-167  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0564  hypothetical protein  46.44 
 
 
754 aa  590  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.323456  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2452  hypothetical protein  45.59 
 
 
746 aa  582  1.0000000000000001e-165  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0863  hypothetical protein  42.23 
 
 
742 aa  571  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5747  hypothetical protein  47.48 
 
 
742 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0117466  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3684  hypothetical protein  43.2 
 
 
761 aa  560  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.716907  normal  0.451061 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2635  hypothetical protein  45.19 
 
 
782 aa  548  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916362  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3450  hypothetical protein  46.02 
 
 
834 aa  545  1e-154  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.602326  normal  0.893374 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0756  hypothetical protein  42.1 
 
 
819 aa  543  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1201  hypothetical protein  43.42 
 
 
771 aa  542  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1557  putative poly(3-hydroxyalkanoate) synthetase  46.09 
 
 
723 aa  540  9.999999999999999e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0575411  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3001  hypothetical protein  45.12 
 
 
723 aa  536  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1566  hypothetical protein  44.54 
 
 
769 aa  535  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03910  esterase, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  45.45 
 
 
914 aa  534  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2708  hypothetical protein  43.46 
 
 
771 aa  530  1e-149  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2976  hypothetical protein  44.9 
 
 
792 aa  529  1e-149  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.126264 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6911  hypothetical protein  45 
 
 
781 aa  531  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178673  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44010  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  50.17 
 
 
727 aa  527  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.829131  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2100  hypothetical protein  39.85 
 
 
752 aa  522  1e-146  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2089  hypothetical protein  41.96 
 
 
752 aa  520  1e-146  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0202  hypothetical protein  42.77 
 
 
788 aa  521  1e-146  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.547109  normal  0.0909851 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2654  hypothetical protein  40.18 
 
 
785 aa  502  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0371  hypothetical protein  41.28 
 
 
786 aa  500  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.337653 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3253  hypothetical protein  51.24 
 
 
543 aa  498  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.717956  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1470  hypothetical protein  49.36 
 
 
612 aa  492  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3205  hypothetical protein  42.33 
 
 
754 aa  491  1e-137  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2709  hypothetical protein  48.63 
 
 
639 aa  489  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2190  hypothetical protein  49 
 
 
635 aa  488  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4586  hypothetical protein  48.19 
 
 
632 aa  473  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.409172  normal  0.67715 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4838  hypothetical protein  45.49 
 
 
641 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.154027  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4907  hypothetical protein  48.6 
 
 
632 aa  465  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4527  hypothetical protein  46.8 
 
 
614 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0232774  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0197  hypothetical protein  47.87 
 
 
584 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1658  hypothetical protein  46.93 
 
 
627 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133102  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1083  hypothetical protein  45.99 
 
 
594 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5298  hypothetical protein  46.93 
 
 
627 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2348  hypothetical protein  42.26 
 
 
559 aa  412  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1145  hypothetical protein  24.16 
 
 
375 aa  112  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.444597  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27080  PHB de-polymerase  28.17 
 
 
372 aa  86.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.751136  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3197  response regulator receiver protein  42.99 
 
 
176 aa  84.3  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3496  PHB de-polymerase-like  25.86 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.270414  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4870  PHB de-polymerase domain-containing protein  25.86 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5416  PHB de-polymerase domain-containing protein  25.86 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.602147  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2149  PHB de-polymerase domain protein  24.52 
 
 
381 aa  79.7  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2197  PHB de-polymerase domain-containing protein  22.9 
 
 
375 aa  74.3  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2485  alpha/beta hydrolase fold  27.27 
 
 
363 aa  73.2  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0293375  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0497  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.69 
 
 
364 aa  69.3  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2163  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  22.47 
 
 
464 aa  64.3  0.000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.734471  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1512  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  24.48 
 
 
356 aa  60.5  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.117815  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0991  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  21.22 
 
 
464 aa  60.1  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0781  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  23.94 
 
 
368 aa  58.2  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2385  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.54 
 
 
358 aa  57.8  0.0000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.767924  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4057  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  23.74 
 
 
366 aa  57.8  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.588207  normal  0.251986 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2962  acyl-CoA synthetase  25.89 
 
 
1005 aa  57.8  0.0000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3006  acyl-CoA synthetase  25.89 
 
 
1005 aa  57.8  0.0000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.639197 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2977  acyl-CoA synthetase  25.89 
 
 
1005 aa  57.4  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.120124  normal  0.0134257 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2400  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  23.98 
 
 
376 aa  57.4  0.0000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.661359 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2415  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  24.29 
 
 
355 aa  57.4  0.0000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00432612  normal  0.509875 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2455  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  21.43 
 
 
530 aa  57.4  0.0000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1267  AMP-dependent synthetase and ligase  27.57 
 
 
981 aa  57  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0629  alpha/beta hydrolase fold protein  23.08 
 
 
368 aa  56.2  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1170  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  23.56 
 
 
353 aa  55.1  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.120374 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2204  alpha/beta hydrolase fold  23.59 
 
 
346 aa  55.5  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187049  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0114  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  21.56 
 
 
357 aa  52.8  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.292099  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5804  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  20.3 
 
 
597 aa  52  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00305245 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1023  Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase domain protein  23.16 
 
 
584 aa  51.6  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0428  poly(3-hydroxyalkanoate) polymerase  21.35 
 
 
627 aa  50.8  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3301  acyl-CoA synthetase  25.43 
 
 
991 aa  49.7  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1232  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.41 
 
 
361 aa  49.7  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6027  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  20.68 
 
 
597 aa  49.7  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.436418  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1099  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.23 
 
 
368 aa  49.3  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1241  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  22.22 
 
 
363 aa  48.9  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00929  poly-beta-hydroxybutyrate polymerase (Poly(3-hydroxybutyrate) polymerase) (PHB polymerase) (PHB synthase) (Poly(3-hydroxyalkanoate) polymerase)  23.74 
 
 
354 aa  49.3  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0858058  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1430  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.41 
 
 
361 aa  48.5  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1231  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.41 
 
 
361 aa  48.5  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1208  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.41 
 
 
361 aa  48.5  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1210  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.41 
 
 
361 aa  48.5  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1331  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.41 
 
 
361 aa  48.5  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1471  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.41 
 
 
361 aa  48.5  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1406  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.41 
 
 
361 aa  48.5  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11700  acyl-CoA synthetase  25 
 
 
999 aa  48.1  0.0005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.257643 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3975  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.41 
 
 
361 aa  48.1  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1369  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.41 
 
 
361 aa  48.1  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0617716  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3551  alpha/beta hydrolase fold  22.74 
 
 
360 aa  47.8  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3093  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  26.73 
 
 
605 aa  47.4  0.0009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.940378 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3517  acyl-CoA synthetase  25.22 
 
 
989 aa  47  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.249867 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1044  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  24.31 
 
 
361 aa  47.4  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3287  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  25.71 
 
 
697 aa  46.6  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0163152 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3413  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  26.73 
 
 
605 aa  47.4  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1509  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  23.25 
 
 
677 aa  46.6  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.321101  normal  0.417915 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0105  alpha/beta hydrolase fold  23.88 
 
 
372 aa  46.2  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.729703  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5071  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  25.74 
 
 
613 aa  46.6  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0125848 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3286  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  25.74 
 
 
605 aa  46.2  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0635707 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5780  alpha/beta hydrolase fold protein  22.83 
 
 
369 aa  46.6  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.390306  normal  0.513722 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3523  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  26.47 
 
 
646 aa  45.4  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.100921  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3255  hypothetical protein  28.72 
 
 
309 aa  45.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2276  poly-beta-hydroxybutyrate synthase  23.65 
 
 
656 aa  45.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0103313  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4161  alpha/beta hydrolase fold protein  24.68 
 
 
372 aa  45.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368421  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4089  Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase domain protein  42.11 
 
 
575 aa  44.7  0.007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00270909 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>