More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1145 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_1145  hypothetical protein  100 
 
 
375 aa  782    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.444597  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5416  PHB de-polymerase domain-containing protein  37.78 
 
 
373 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.602147  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3496  PHB de-polymerase-like  37.78 
 
 
373 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.270414  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4870  PHB de-polymerase domain-containing protein  37.78 
 
 
373 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27080  PHB de-polymerase  38.99 
 
 
372 aa  236  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.751136  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2149  PHB de-polymerase domain protein  37.31 
 
 
381 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2197  PHB de-polymerase domain-containing protein  36.79 
 
 
375 aa  227  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2485  alpha/beta hydrolase fold  29.64 
 
 
363 aa  146  7.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0293375  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2455  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  28.83 
 
 
530 aa  143  4e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0114  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  30.65 
 
 
357 aa  136  5e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.292099  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2163  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.55 
 
 
464 aa  134  3e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.734471  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1241  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  29.26 
 
 
363 aa  133  6e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00929  poly-beta-hydroxybutyrate polymerase (Poly(3-hydroxybutyrate) polymerase) (PHB polymerase) (PHB synthase) (Poly(3-hydroxyalkanoate) polymerase)  27.33 
 
 
354 aa  129  9.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0858058  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0781  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  28.57 
 
 
368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0991  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  27.16 
 
 
464 aa  125  1e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1170  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.47 
 
 
353 aa  122  9e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.120374 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1512  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  26.27 
 
 
356 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.117815  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2385  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.29 
 
 
358 aa  122  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.767924  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4553  alpha/beta hydrolase fold  27.78 
 
 
372 aa  120  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0105  alpha/beta hydrolase fold  27.08 
 
 
372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.729703  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0991  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase subunit PhaC  26.28 
 
 
354 aa  117  3e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.550806 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0629  alpha/beta hydrolase fold protein  24.92 
 
 
368 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0497  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.87 
 
 
364 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3551  alpha/beta hydrolase fold  26.98 
 
 
360 aa  116  7.999999999999999e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0863  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  26.27 
 
 
591 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.51952  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2400  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  28.19 
 
 
376 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.661359 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2415  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.58 
 
 
355 aa  114  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00432612  normal  0.509875 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4057  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.41 
 
 
366 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.588207  normal  0.251986 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2794  hypothetical protein  24.16 
 
 
739 aa  112  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000769221 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6911  hypothetical protein  27.74 
 
 
781 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178673  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5794  poly(3-hydroxyalkanoic acid) synthase 1  26.46 
 
 
559 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.633207  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0500  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  25 
 
 
634 aa  110  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1369  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  26.93 
 
 
361 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0617716  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1099  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  27.46 
 
 
368 aa  110  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1557  putative poly(3-hydroxyalkanoate) synthetase  26.42 
 
 
723 aa  109  6e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0575411  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1210  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  26.72 
 
 
361 aa  109  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3975  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  26.65 
 
 
361 aa  109  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66820  poly(3-hydroxyalkanoic acid) synthase 1  25.24 
 
 
559 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1430  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  26.72 
 
 
361 aa  109  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1231  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  26.72 
 
 
361 aa  109  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1208  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  26.72 
 
 
361 aa  109  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1471  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  26.72 
 
 
361 aa  109  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1232  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  26.65 
 
 
361 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1331  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  26.72 
 
 
361 aa  109  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1044  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  25.57 
 
 
361 aa  108  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1406  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class III, PhaC subunit  26.72 
 
 
361 aa  109  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0530  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class II  24.92 
 
 
559 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0371  hypothetical protein  27.16 
 
 
786 aa  106  7e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.337653 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0394  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class II  24.36 
 
 
559 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.225586 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1658  hypothetical protein  25 
 
 
627 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133102  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5298  hypothetical protein  25 
 
 
627 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1566  hypothetical protein  26.85 
 
 
769 aa  103  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2654  hypothetical protein  28.57 
 
 
785 aa  102  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3253  hypothetical protein  29.66 
 
 
543 aa  102  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.717956  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2098  poly-beta-hydroxybutyrate polymerase domain-containing protein  26.38 
 
 
588 aa  100  6e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.436709  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0428  poly(3-hydroxyalkanoate) polymerase  25.08 
 
 
627 aa  99.8  7e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2038  hypothetical protein  24.59 
 
 
588 aa  99.4  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0863  hypothetical protein  27.89 
 
 
742 aa  99  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5003  poly(3-hydroxyalkanoate) polymerase 1  24.13 
 
 
559 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2100  hypothetical protein  28.48 
 
 
752 aa  98.6  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2323  hypothetical protein  25.25 
 
 
604 aa  98.2  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0756  hypothetical protein  27.13 
 
 
819 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4877  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class II  24.13 
 
 
559 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0803313  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5053  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class II  24.13 
 
 
559 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0627  hypothetical protein  27.14 
 
 
791 aa  97.8  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2204  alpha/beta hydrolase fold  24.61 
 
 
346 aa  97.4  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187049  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2089  hypothetical protein  28.39 
 
 
752 aa  97.1  5e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2976  hypothetical protein  30.34 
 
 
792 aa  97.1  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.126264 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1390  Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase  26.11 
 
 
567 aa  96.7  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.370194  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2452  hypothetical protein  24.49 
 
 
746 aa  96.3  8e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44010  poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase  28.62 
 
 
727 aa  96.3  8e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.829131  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1671  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  25.41 
 
 
572 aa  96.3  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0635896  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5797  poly(3-hydroxyalkanoic acid) synthase 2  23.57 
 
 
551 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.673071  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4527  hypothetical protein  27.34 
 
 
614 aa  95.5  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0232774  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0461  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class II  24.13 
 
 
559 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4161  alpha/beta hydrolase fold protein  23.01 
 
 
372 aa  95.1  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368421  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1201  hypothetical protein  24.85 
 
 
771 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3001  hypothetical protein  25.39 
 
 
723 aa  94.7  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5780  alpha/beta hydrolase fold protein  25.41 
 
 
369 aa  94.7  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.390306  normal  0.513722 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1470  hypothetical protein  25.13 
 
 
612 aa  94  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2635  hypothetical protein  26.85 
 
 
782 aa  94  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916362  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0392  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class II  22.08 
 
 
560 aa  94  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0564  hypothetical protein  25.42 
 
 
754 aa  94  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.323456  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2477  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  25.16 
 
 
570 aa  93.6  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5103  poly-beta-hydroxybutyrate polymerase domain-containing protein  24.92 
 
 
600 aa  93.2  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109618  normal  0.785787 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66840  poly(3-hydroxyalkanoic acid) synthase 2  23.57 
 
 
560 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5747  hypothetical protein  26.81 
 
 
742 aa  93.2  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0117466  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3450  hypothetical protein  27 
 
 
834 aa  93.2  7e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.602326  normal  0.893374 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2708  hypothetical protein  27.3 
 
 
771 aa  93.2  7e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0634  hypothetical protein  24.92 
 
 
580 aa  92.4  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3124  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  26.73 
 
 
581 aa  92.4  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2709  hypothetical protein  24.62 
 
 
639 aa  92  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4586  hypothetical protein  24.56 
 
 
632 aa  91.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.409172  normal  0.67715 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0323  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  25.26 
 
 
427 aa  91.3  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0033027 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3213  poly-beta-hydroxybutyrate polymerase domain-containing protein  25.81 
 
 
605 aa  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2190  hypothetical protein  25.19 
 
 
635 aa  90.9  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4907  hypothetical protein  24.93 
 
 
632 aa  91.3  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4838  hypothetical protein  25.79 
 
 
641 aa  91.3  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.154027  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0650  hypothetical protein  24.44 
 
 
580 aa  90.5  4e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2239  poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  24.44 
 
 
602 aa  90.5  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.241327  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>