More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0379 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0379  histidine kinase  100 
 
 		 694 aa  1362    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0254109 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3217  signal transduction histidine kinase  52.24 
 
 		 642 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.478958 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3382  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.7 
 
 		 572 aa  360  6e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3344  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.43 
 
 		 584 aa  354  2.9999999999999997e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1111  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.23 
 
 		 571 aa  332  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0959  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.91 
 
 		 566 aa  324  4e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1499  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.59 
 
 		 565 aa  316  9.999999999999999e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1504  histidine kinase  39.67 
 
 		 587 aa  283  8.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0867  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.08 
 
 		 568 aa  270  8.999999999999999e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.134517 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2939  histidine kinase  37.99 
 
 		 566 aa  267  5e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.875107  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3629  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.99 
 
 		 566 aa  267  5.999999999999999e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0661  signal transduction histidine kinase  36.34 
 
 		 537 aa  186  9e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0824  sensor protein PilS  29.61 
 
 		 531 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0723  type IV pilus sensor protein PilS  29.71 
 
 		 530 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5186  two-component sensor PilS  30 
 
 		 530 aa  179  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60250  two-component sensor PilS  29.89 
 
 		 530 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000371089 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0875  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 		 548 aa  178  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0215  signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 		 531 aa  177  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.69088 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0966  sensor protein PilS  31.25 
 
 		 530 aa  172  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.772393 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4839  sensor protein PilS  30.36 
 
 		 529 aa  169  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.82522  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2545  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.46 
 
 		 556 aa  164  7e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.668362  normal  0.0765765 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3165  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 		 592 aa  162  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.374256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2617  histidine kinase  34.43 
 
 		 531 aa  160  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000901254  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0676  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.36 
 
 		 576 aa  154  5.9999999999999996e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.268239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3289  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.14 
 
 		 531 aa  154  7e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.290961  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2554  sensor protein PilS  26.01 
 
 		 528 aa  151  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.041487 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1806  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 		 619 aa  147  7.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0722  signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 		 552 aa  147  9e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00200947  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04880  two-component system sensor protein  29.77 
 
 		 537 aa  140  4.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.457628  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2116  two-component system, sensor protein  29.16 
 
 		 536 aa  140  6e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1175  hypothetical protein  25.44 
 
 		 528 aa  140  1e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1181  hypothetical protein  27.59 
 
 		 528 aa  139  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2270  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.76 
 
 		 548 aa  139  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2036  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.96 
 
 		 555 aa  138  3.0000000000000003e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.435386  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2123  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.47 
 
 		 549 aa  137  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0815467 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 		 678 aa  137  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4384  sensor protein ZraS  34.47 
 
 		 465 aa  131  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.528671 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4506  sensor protein ZraS  34.47 
 
 		 465 aa  131  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0449014 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4580  sensor protein ZraS  34.47 
 
 		 465 aa  130  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.910728 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4417  sensor protein ZraS  34.04 
 
 		 465 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00746463  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4504  sensor protein ZraS  34.04 
 
 		 465 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.79058  normal  0.150047 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0363  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.56 
 
 		 530 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.63729 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0184  sensor protein PilS, putative  31.56 
 
 		 530 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2808  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  37.55 
 
 		 682 aa  127  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561745  normal  0.251067 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2944  sensor histidine kinase  32.92 
 
 		 705 aa  124  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549384  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3053  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.5 
 
 		 679 aa  120  6e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2643  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 		 679 aa  117  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1384  sensory histidine kinase AtoS  28.78 
 
 		 617 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2511  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 		 543 aa  114  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4452  sensor protein ZraS  32.24 
 
 		 458 aa  113  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.260374  hitchhiker  0.000970682 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5473  sensor protein ZraS  32.24 
 
 		 458 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.548998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4237  sensor protein ZraS  31.84 
 
 		 458 aa  112  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.355168  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0172  sensory histidine kinase AtoS  28.7 
 
 		 621 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.557198  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4547  sensor protein ZraS  31.43 
 
 		 458 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00542205  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3990  histidine kinase  31.56 
 
 		 465 aa  110  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  27.1 
 
 		 608 aa  109  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.1 
 
 		 608 aa  109  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4495  sensor protein ZraS  31.73 
 
 		 458 aa  109  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000791685  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1494  sensory box histidine kinase  27.09 
 
 		 550 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4022  sensor protein ZraS  31.43 
 
 		 458 aa  109  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.425845  normal  0.0216302 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  27.1 
 
 		 608 aa  109  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  27.1 
 
 		 608 aa  109  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  27.1 
 
 		 608 aa  109  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03880  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with ZraR  31.43 
 
 		 458 aa  108  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0731183  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0828  sensory histidine kinase AtoS  28.72 
 
 		 613 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.167481 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0119  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.65 
 
 		 571 aa  107  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.412791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4825  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.7 
 
 		 582 aa  107  9e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.924426 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2712  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.33 
 
 		 564 aa  106  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0531  sensory histidine kinase AtoS  30.61 
 
 		 611 aa  106  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1628  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.13 
 
 		 929 aa  106  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0448  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.95 
 
 		 519 aa  105  3e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0016  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.53 
 
 		 679 aa  104  5e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.225702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1012  sensory histidine kinase AtoS  28.53 
 
 		 611 aa  103  8e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0763097 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  26.56 
 
 		 608 aa  103  9e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0077  two component sensor histidine kinase transcription regulator protein  27.9 
 
 		 811 aa  103  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000219775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2891  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.88 
 
 		 615 aa  102  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.031526 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0903  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 898 aa  100  6e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.345455  normal  0.909605 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2148  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 		 729 aa  101  6e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0471  sensor histidine kinase  32.62 
 
 		 419 aa  100  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.328588  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0659  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.25 
 
 		 525 aa  99.8  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0670  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.3 
 
 		 546 aa  99.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0451507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2560  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.53 
 
 		 540 aa  99.4  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.948735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1016  sensor protein ZraS  33.8 
 
 		 450 aa  99  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0625472  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4273  two-component sensor  29.78 
 
 		 402 aa  99  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.595871  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1288  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.96 
 
 		 679 aa  99  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1487  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.61 
 
 		 491 aa  98.6  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.470629  normal  0.424816 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1396  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.85 
 
 		 547 aa  98.6  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0659  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.66 
 
 		 525 aa  98.6  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0039  histidine kinase  32.58 
 
 		 655 aa  98.2  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0184  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.16 
 
 		 555 aa  97.8  6e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.37523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2146  two component signal transduction histidine kinase  25.25 
 
 		 559 aa  97.4  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3168  histidine kinase  28.51 
 
 		 369 aa  97.4  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.59 
 
 		 589 aa  97.4  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0773722  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4395  histidine kinase  33.63 
 
 		 484 aa  97.4  7e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.448772  normal  0.535318 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4418  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 		 611 aa  97.4  8e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4457  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 		 598 aa  97.1  9e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.235161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0173  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.22 
 
 		 495 aa  97.1  9e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.875361  hitchhiker  0.00423579 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4448  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.21 
 
 		 589 aa  96.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1139  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.42 
 
 		 578 aa  96.7  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1846  histidine kinase  31.14 
 
 		 501 aa  97.1  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.390703 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>