More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3344 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3344  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 584 aa  1201    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1111  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  52.76 
 
 		 571 aa  552  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3382  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  53.69 
 
 		 572 aa  553  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1499  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50.18 
 
 		 565 aa  518  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0959  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 		 566 aa  486  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2939  histidine kinase  48.44 
 
 		 566 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.875107  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3629  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  48.26 
 
 		 566 aa  437  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0867  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  46.86 
 
 		 568 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.134517 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1504  histidine kinase  44.06 
 
 		 587 aa  401  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3217  signal transduction histidine kinase  40.95 
 
 		 642 aa  356  5.999999999999999e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.478958 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0379  histidine kinase  40.57 
 
 		 694 aa  343  5.999999999999999e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0254109 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3289  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.4 
 
 		 531 aa  184  5.0000000000000004e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.290961  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60250  two-component sensor PilS  28.73 
 
 		 530 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000371089 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1806  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 		 619 aa  173  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0966  sensor protein PilS  28.46 
 
 		 530 aa  171  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.772393 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0723  type IV pilus sensor protein PilS  27.11 
 
 		 530 aa  171  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5186  two-component sensor PilS  28.79 
 
 		 530 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0661  signal transduction histidine kinase  29.77 
 
 		 537 aa  169  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0824  sensor protein PilS  27.19 
 
 		 531 aa  166  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1537  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4839  sensor protein PilS  30.07 
 
 		 529 aa  157  8e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.82522  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2545  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 		 556 aa  151  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.668362  normal  0.0765765 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0215  signal transduction histidine kinase  26.88 
 
 		 531 aa  146  9e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.69088 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1175  hypothetical protein  24.68 
 
 		 528 aa  144  5e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2808  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  37.39 
 
 		 682 aa  144  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561745  normal  0.251067 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1181  hypothetical protein  24.68 
 
 		 528 aa  142  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0875  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.52 
 
 		 548 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3165  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.5 
 
 		 592 aa  141  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.374256  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2643  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.24 
 
 		 679 aa  140  7e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 		 678 aa  140  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3053  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 		 679 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0722  signal transduction histidine kinase  30.5 
 
 		 552 aa  135  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00200947  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2944  sensor histidine kinase  32.33 
 
 		 705 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549384  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04880  two-component system sensor protein  28.13 
 
 		 537 aa  131  4.0000000000000003e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.457628  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2617  histidine kinase  30.14 
 
 		 531 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000901254  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2036  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 		 555 aa  128  4.0000000000000003e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.435386  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2116  two-component system, sensor protein  26.18 
 
 		 536 aa  127  8.000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2554  sensor protein PilS  23.8 
 
 		 528 aa  127  8.000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.041487 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2123  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.02 
 
 		 549 aa  126  9e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0815467 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0676  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.14 
 
 		 576 aa  126  1e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.268239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2270  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.86 
 
 		 548 aa  125  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0184  sensor protein PilS, putative  27.41 
 
 		 530 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0363  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.41 
 
 		 530 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.63729 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0172  sensory histidine kinase AtoS  27.43 
 
 		 621 aa  110  7.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.557198  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0119  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.52 
 
 		 571 aa  107  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.412791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0879  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.15 
 
 		 903 aa  105  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1590  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.16 
 
 		 447 aa  104  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.632481 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1634  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.06 
 
 		 538 aa  102  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0084  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.29 
 
 		 372 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3472  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 		 520 aa  102  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3556  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 		 523 aa  100  9e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  25.2 
 
 		 608 aa  100  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  25.2 
 
 		 608 aa  100  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.2 
 
 		 608 aa  100  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  25.2 
 
 		 608 aa  100  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 		 523 aa  100  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  25.2 
 
 		 608 aa  100  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0915  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  23.5 
 
 		 362 aa  98.6  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.115848  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1952  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.47 
 
 		 752 aa  98.2  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.664907  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4825  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.59 
 
 		 582 aa  98.6  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.924426 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02892  putative sensory box sensor histidine kinase in two-component regulatory system  26.7 
 
 		 380 aa  98.2  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.96 
 
 		 885 aa  97.1  8e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.193403  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0531  sensory histidine kinase AtoS  28.05 
 
 		 611 aa  96.7  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1972  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.74 
 
 		 747 aa  96.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.466348  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3074  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.51 
 
 		 378 aa  96.7  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3782  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.27 
 
 		 606 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3646  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.44 
 
 		 372 aa  96.7  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0768  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 		 673 aa  96.7  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.670648  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  24.93 
 
 		 608 aa  95.9  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0670  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.7 
 
 		 546 aa  95.5  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0451507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1628  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.28 
 
 		 929 aa  95.9  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1445  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.67 
 
 		 390 aa  95.1  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1523  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 		 656 aa  94.7  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2057  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.74 
 
 		 747 aa  94.4  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376311  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3383  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 		 548 aa  94.4  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.918408  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1700  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.73 
 
 		 591 aa  94.4  5e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0962  sensor histidine kinase  31.25 
 
 		 655 aa  94  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2146  two component signal transduction histidine kinase  24.66 
 
 		 559 aa  94.4  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1078  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.53 
 
 		 458 aa  94  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2693  histidine kinase  30.22 
 
 		 656 aa  94  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23882e-16 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1396  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  23.51 
 
 		 547 aa  94  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2592  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  22.83 
 
 		 539 aa  94  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2454  histidine kinase  30.99 
 
 		 367 aa  93.6  8e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000691569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.92 
 
 		 412 aa  93.6  9e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000397625  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1389  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  23.86 
 
 		 550 aa  93.2  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.531963  normal  0.0257718 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1311  sensory histidine kinase AtoS  22.86 
 
 		 614 aa  93.2  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0903  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 		 898 aa  92.4  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.345455  normal  0.909605 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2712  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 		 564 aa  92.4  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2494  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.26 
 
 		 489 aa  92.4  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.228009 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1907  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.13 
 
 		 747 aa  92.4  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1221  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.34 
 
 		 862 aa  92.8  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000508764  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3530  histidine kinase  30 
 
 		 548 aa  92  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2848  histidine kinase  31.6 
 
 		 481 aa  92.8  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4471  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.63 
 
 		 677 aa  92.4  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.465536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0285  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.95 
 
 		 867 aa  92  3e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4258  histidine kinase  31.22 
 
 		 506 aa  92  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1175  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.92 
 
 		 412 aa  91.7  4e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0245607  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0448  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.12 
 
 		 519 aa  91.7  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2997  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.74 
 
 		 490 aa  90.9  5e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.45317 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3466  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.45 
 
 		 548 aa  90.9  6e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535402  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  27.42 
 
 		 1111 aa  90.5  7e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>