More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0055 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0055  sensor protein  100 
 
 
717 aa  1422    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.782355 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5295  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.67 
 
 
873 aa  318  3e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00758089  normal  0.057217 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5659  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.09 
 
 
680 aa  270  7e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2387  adenylate/guanylate cyclase with integral membrane sensor  39.63 
 
 
604 aa  248  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179199  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3040  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  34.88 
 
 
815 aa  249  2e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0561  putative adenylate/guanylate cyclase  33.57 
 
 
817 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1003  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  33.12 
 
 
879 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.528155 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0891  adenylate/guanylate cyclase  32.44 
 
 
822 aa  229  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.508191  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1885  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 
792 aa  228  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6425  adenylate/guanylate cyclase with integral membrane sensor  41.34 
 
 
588 aa  218  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0186  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 
857 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1705  histidine kinase  26.25 
 
 
910 aa  98.2  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4158  anti-sigma-factor antagonist  32.31 
 
 
556 aa  94  9e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.6446  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2629  signal transduction histidine kinase  26.75 
 
 
788 aa  89.4  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0590  anti-sigma-factor antagonist  28.51 
 
 
549 aa  80.1  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.641897 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2148  Cache sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 
937 aa  72.8  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1181  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.48 
 
 
621 aa  72.4  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00022904  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2801  protein serine/threonine phosphatase  29.58 
 
 
705 aa  72.4  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.079945 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0353  putative CheA signal transduction histidine kinases  24.73 
 
 
1023 aa  71.2  0.00000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1652  stage II sporulation E family protein  29.2 
 
 
687 aa  70.9  0.00000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  hitchhiker  0.0030302 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1076  sensor protein  26.81 
 
 
630 aa  71.2  0.00000000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0680  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.18 
 
 
679 aa  71.2  0.00000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4780  histidine kinase  28.23 
 
 
742 aa  70.9  0.00000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1057  histidine kinase  35.46 
 
 
673 aa  70.9  0.00000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0263803 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.94 
 
 
890 aa  70.1  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0271774 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1412  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.86 
 
 
732 aa  69.7  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1411  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.95 
 
 
698 aa  69.7  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12462  cyclase  28.63 
 
 
730 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1735  nitrate/nitrite sensory protein NarX, putative  37.1 
 
 
640 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2763  putative nitrate/nitrite sensor protein  37.1 
 
 
644 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.14936  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1518  nitrate/nitrite sensor protein NarX  37.1 
 
 
640 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.233723  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1870  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  23.8 
 
 
636 aa  68.6  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2245  nitrate/nitrite sensor protein NarX  37.1 
 
 
640 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.482228  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3073  nitrate/nitrite sensor protein NarX  37.1 
 
 
640 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2629  nitrate/nitrite sensor protein NarX  37.1 
 
 
644 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189508  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2685  nitrate/nitrite sensor protein NarX  37.1 
 
 
644 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1225  histidine kinase  35.87 
 
 
423 aa  68.2  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1850  nitrate/nitrite sensory protein NarX, putative  37.1 
 
 
644 aa  67.8  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0868  anti-sigma-factor antagonist  25.98 
 
 
506 aa  67.8  0.0000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121741 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1527  serine phosphatase  27.88 
 
 
645 aa  67.8  0.0000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.81 
 
 
1877 aa  67.8  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2088  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  29.37 
 
 
617 aa  67.4  0.0000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.258516  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  34.65 
 
 
591 aa  67.4  0.0000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0918  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  23.83 
 
 
657 aa  66.6  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0486  methyl-accepting chemotaxis protein  22.76 
 
 
660 aa  66.6  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 
640 aa  66.6  0.000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 
585 aa  66.6  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.474444  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 
639 aa  66.2  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3335  metal dependent phosphohydrolase  25.28 
 
 
611 aa  66.6  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0594  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.9 
 
 
880 aa  66.6  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2388  sensory box histidine kinase  27.3 
 
 
733 aa  65.9  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0496  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.97 
 
 
731 aa  65.9  0.000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.395516  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.41 
 
 
1212 aa  65.5  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3392  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 
662 aa  65.5  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000136214  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0924  protein serine/threonine phosphatase  22.19 
 
 
705 aa  65.5  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0206766 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0137  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.56 
 
 
732 aa  65.5  0.000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0432  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  27.78 
 
 
638 aa  65.9  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0117  methyl-accepting chemotaxis protein  29.35 
 
 
658 aa  65.5  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0488  methyl-accepting chemotaxis protein  22.76 
 
 
660 aa  65.1  0.000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1230  two-component sensor NarX  32.86 
 
 
622 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.29 
 
 
682 aa  65.5  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.203059 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3376  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.88 
 
 
691 aa  65.5  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3390  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.22 
 
 
671 aa  65.1  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414779  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0290  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
639 aa  65.1  0.000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.400694  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1082  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.28 
 
 
730 aa  65.1  0.000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.292082  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0631  methyl-accepting chemotaxis protein  22.76 
 
 
660 aa  64.7  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13740  two-component sensor NarX  32.86 
 
 
622 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.869934  normal  0.455278 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0643  stage II sporulation E family protein  26.49 
 
 
708 aa  64.7  0.000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0423  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
638 aa  64.3  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2814  putative PAS/PAC sensor protein  24.03 
 
 
1335 aa  64.3  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.988399 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 
646 aa  63.9  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.974463  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4673  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.22 
 
 
713 aa  63.5  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1148  sensor histidine kinase  29.55 
 
 
604 aa  63.5  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0544  methyl-accepting chemotaxis protein  23.46 
 
 
660 aa  63.5  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0138447  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3311  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  22.19 
 
 
695 aa  63.5  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0266885  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0575  methyl-accepting chemotaxis protein  23.46 
 
 
660 aa  63.5  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0613  methyl-accepting chemotaxis protein  22.67 
 
 
660 aa  63.5  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5280  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.3 
 
 
699 aa  63.9  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0548  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 
639 aa  63.9  0.00000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.271418  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6191  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.37 
 
 
627 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0297171 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0450  chemotaxis sensory transducer  30.19 
 
 
645 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1402  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.79 
 
 
731 aa  63.2  0.00000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.723997  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2856  protein serine/threonine phosphatase  28.86 
 
 
705 aa  63.2  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0599  sensor histidine kinase  30.48 
 
 
516 aa  62.4  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.712445  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2162  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.6 
 
 
1017 aa  62  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.266871  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2007  putative two-component system sensor kinase  29.34 
 
 
471 aa  62.4  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0750477  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2802  adenylate/guanylate cyclase  21.11 
 
 
702 aa  62  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.523853  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0081  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.77 
 
 
804 aa  62  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1148  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  24.32 
 
 
650 aa  61.6  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.605213  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0372  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.2 
 
 
614 aa  61.6  0.00000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.899415  normal  0.0476359 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0489  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  23.48 
 
 
650 aa  61.6  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4305  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 
594 aa  61.6  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.350102  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4226  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 
613 aa  61.6  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.156155  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0007  sensory box histidine kinase  33.61 
 
 
762 aa  61.2  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1722  histidine kinase  34.07 
 
 
1361 aa  60.8  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.169999 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13290  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 
463 aa  60.8  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000121964  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3786  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  30.4 
 
 
610 aa  60.8  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0254049  normal  0.3858 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2625  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.99 
 
 
875 aa  60.1  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0495  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.18 
 
 
661 aa  60.1  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2264  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.07 
 
 
819 aa  60.1  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.636482  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>