More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1870 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1870  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  100 
 
 
636 aa  1298    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0432  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  49.13 
 
 
638 aa  598  1e-170  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4599  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  51.62 
 
 
637 aa  598  1e-169  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0423  GAF sensor signal transduction histidine kinase  49.29 
 
 
638 aa  595  1e-169  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1105  GAF sensor signal transduction histidine kinase  49.68 
 
 
632 aa  581  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.097468  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  49.5 
 
 
638 aa  578  1e-164  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6191  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.55 
 
 
627 aa  550  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0297171 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1687  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  45.34 
 
 
643 aa  523  1e-147  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461201  normal  0.659068 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2631  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.47 
 
 
655 aa  391  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2086  signal transduction histidine kinase NarQ  36.41 
 
 
671 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0833  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  36.49 
 
 
646 aa  365  1e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0228489 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5065  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase, dimerisation and phosphoacceptor region  36.71 
 
 
675 aa  365  1e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.446679  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1735  nitrate/nitrite sensory protein NarX, putative  35.18 
 
 
640 aa  359  7e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1518  nitrate/nitrite sensor protein NarX  35.18 
 
 
640 aa  359  7e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.233723  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2245  nitrate/nitrite sensor protein NarX  35.18 
 
 
640 aa  359  7e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.482228  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3073  nitrate/nitrite sensor protein NarX  35.18 
 
 
640 aa  359  7e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2629  nitrate/nitrite sensor protein NarX  35.11 
 
 
644 aa  359  8e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.189508  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2763  putative nitrate/nitrite sensor protein  35.11 
 
 
644 aa  359  8e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.14936  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2685  nitrate/nitrite sensor protein NarX  35.11 
 
 
644 aa  359  8e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3597  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.65 
 
 
651 aa  353  5e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.495482  normal  0.378972 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4674  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.65 
 
 
651 aa  353  5e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.681088  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0979  putative transmembrane nitrate/nitrite sensor kinase transcription regulator protein  35.37 
 
 
637 aa  352  1e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.672671 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1850  nitrate/nitrite sensory protein NarX, putative  34.91 
 
 
644 aa  352  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1400  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  30.4 
 
 
644 aa  203  6e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.324076  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13740  two-component sensor NarX  29.64 
 
 
622 aa  191  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.869934  normal  0.455278 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1005  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  27.24 
 
 
644 aa  187  5e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3088  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.66 
 
 
618 aa  187  7e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1230  two-component sensor NarX  29.47 
 
 
622 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4013  histidine kinase  31.05 
 
 
637 aa  169  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0614  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  28.25 
 
 
583 aa  167  5.9999999999999996e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.797988  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1849  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.29 
 
 
603 aa  166  9e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2567  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.42 
 
 
623 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2636  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.02 
 
 
583 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0761488  normal  0.0281081 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03848  Signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific  26.05 
 
 
588 aa  163  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2261  nitrate/nitrite sensor protein NarX  27.41 
 
 
602 aa  162  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0999245  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0603  signal transduction histidine kinase sensor  25.67 
 
 
707 aa  161  4e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0220625  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1767  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.41 
 
 
604 aa  161  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2899  nitrate/nitrite sensor protein NarX  28.41 
 
 
594 aa  160  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2463  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  30.61 
 
 
415 aa  160  5e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0647  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.42 
 
 
570 aa  155  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.469097  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2170  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.6 
 
 
550 aa  153  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1952  two-component sensor NarX  24.8 
 
 
591 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.107015  normal  0.49675 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3489  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  25.56 
 
 
560 aa  153  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0416624  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2224  nitrate/nitrite sensor protein NarX  26.69 
 
 
589 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.129909  normal  0.0788983 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2712  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.14 
 
 
572 aa  151  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2300  nitrate/nitrite sensor protein NarX  26.89 
 
 
589 aa  151  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.258904 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0971  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  24.59 
 
 
567 aa  150  8e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.630053  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05380  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  26.21 
 
 
562 aa  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000510  nitrate/nitrite sensor protein  25.65 
 
 
578 aa  143  9e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0930  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  24.51 
 
 
567 aa  142  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000296832  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 
456 aa  140  8.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2232  nitrate/nitrite sensor protein NarX  26.95 
 
 
593 aa  135  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2123  nitrate/nitrite sensor protein NarX  26.95 
 
 
593 aa  135  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2964  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  24.43 
 
 
564 aa  134  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.551015 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0830  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  25.2 
 
 
570 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00637063  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2317  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.8 
 
 
598 aa  129  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.797915 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1670  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  27.27 
 
 
446 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1902  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.9 
 
 
598 aa  127  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1389  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.75 
 
 
598 aa  125  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0922186  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0684  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  24.92 
 
 
600 aa  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000102033  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1331  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.75 
 
 
598 aa  125  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.150699  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0621  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  25.62 
 
 
571 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000745015  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1557  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.96 
 
 
598 aa  125  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1897  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.96 
 
 
598 aa  125  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.149462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1961  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.96 
 
 
598 aa  125  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.68817 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1374  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.84 
 
 
613 aa  125  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0573196  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01200  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with NarL  25.59 
 
 
598 aa  124  7e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2424  histidine kinase  25.59 
 
 
598 aa  124  7e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0527369  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2401  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.59 
 
 
598 aa  124  7e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1705  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.59 
 
 
598 aa  124  7e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.55706  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1372  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.59 
 
 
598 aa  124  7e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.497152  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01210  hypothetical protein  25.59 
 
 
598 aa  124  7e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.678292  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 
464 aa  123  9e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2838  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  33.2 
 
 
566 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2369  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  31.03 
 
 
563 aa  120  7.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3690  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  33.2 
 
 
566 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2615  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  33.2 
 
 
566 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.538567  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02360  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with NarP (NarL)  33.2 
 
 
566 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1201  histidine kinase  33.2 
 
 
566 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2407  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  24.24 
 
 
572 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2748  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  33.2 
 
 
566 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.560652  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0843  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  25.5 
 
 
567 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00390352  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2598  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  33.2 
 
 
566 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1208  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  33.2 
 
 
566 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02322  hypothetical protein  33.2 
 
 
566 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.147876  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1918  nitrate/nitrite sensor protein NarX  25.66 
 
 
598 aa  117  7.999999999999999e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0184147  normal  0.168413 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.94 
 
 
1648 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2673  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  32.41 
 
 
566 aa  114  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2624  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  32.41 
 
 
566 aa  114  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2713  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  32.41 
 
 
566 aa  114  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.774679 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2846  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  32.41 
 
 
566 aa  114  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2739  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  32.41 
 
 
566 aa  114  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1964  histidine kinase  28.17 
 
 
475 aa  111  5e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1706  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.13 
 
 
564 aa  108  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.98975  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3261  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.15 
 
 
463 aa  107  5e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1983  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.5 
 
 
469 aa  106  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.143525 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2849  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.6 
 
 
682 aa  107  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.790064  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5967  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
605 aa  106  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2729  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.94 
 
 
665 aa  102  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1568  histidine kinase  26.67 
 
 
462 aa  100  6e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>