123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0139 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0139  hypothetical protein  100 
 
 		 340 aa  685    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1117  thioredoxin-related protein  51.24 
 
 		 324 aa  289  4e-77  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1730  putative thioredoxin domain-containing protein  38.78 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2422  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.15 
 
 		 319 aa  168  1e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2594  thioredoxin domain-containing protein  32.45 
 
 		 339 aa  162  6e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.238157  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10300  thioredoxin domain-containing protein  34.72 
 
 		 313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1092  Thioredoxin domain protein  31.88 
 
 		 310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.509026  normal  0.582988 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09500  thioredoxin domain-containing protein  30.43 
 
 		 346 aa  138  2e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.460116  normal  0.88242 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2327  thioredoxin domain protein  30.1 
 
 		 334 aa  137  4e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000128937 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1333  Thioredoxin domain protein  31.44 
 
 		 311 aa  133  5e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19060  thioredoxin domain-containing protein  34.27 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.595284  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08240  thioredoxin domain-containing protein  34.26 
 
 		 324 aa  124  3e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1282  Thioredoxin domain  32.42 
 
 		 319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00790933  normal  0.585558 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1704  thioredoxin domain protein  30.77 
 
 		 310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143587 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2392  putative thioredoxin  31.67 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6079  thioredoxin domain protein  30.24 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3886  Thioredoxin domain protein  26.81 
 
 		 312 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.54182  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1268  Thioredoxin domain protein  30.35 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1276  thioredoxin domain protein  27.74 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1804  thioredoxin domain-containing protein  29.91 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28500  thioredoxin  28.57 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.173246 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0364  putative thioredoxin  30.54 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.163537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1925  Thioredoxin domain-containing protein  28.12 
 
 		 299 aa  96.7  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11356  thioredoxin  28.78 
 
 		 304 aa  96.7  6e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000675127  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0921  thioredoxin domain-containing protein  26.75 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.460441 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0675  thioredoxin domain-containing protein  27.54 
 
 		 297 aa  94.4  3e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.357396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2342  thioredoxin domain-containing protein  29.48 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.299917  normal  0.377352 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3862  thioredoxin domain-containing protein  29.31 
 
 		 299 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3936  thioredoxin domain-containing protein  29.31 
 
 		 299 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3848  thioredoxin domain-containing protein  29.31 
 
 		 299 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00807359 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1954  Thioredoxin domain protein  26.74 
 
 		 313 aa  85.9  9e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0686118  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3607  thioredoxin domain-containing protein  26.33 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.150797 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4303  thioredoxin domain-containing protein  26.75 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.408854  normal  0.611787 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4105  Thioredoxin domain protein  28.01 
 
 		 321 aa  79  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.118303  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3775  thioredoxin  23.85 
 
 		 324 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3988  thioredoxin domain-containing protein  26.01 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000709703 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4245  thioredoxin  23.53 
 
 		 334 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.902531  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4099  thioredoxin  24.01 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.809641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1048  thioredoxin domain-containing protein  27.04 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157412  normal  0.991017 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0266  thioredoxin  24.91 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0081  thioredoxin-related  23.2 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3098  thioredoxin  28.12 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000000032408  hitchhiker  0.0000022841 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3683  thioredoxin-related  28.1 
 
 		 329 aa  64.3  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.418332  normal  0.641891 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0073  thioredoxin-related  20.57 
 
 		 336 aa  61.2  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  21.92 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0035  thioredoxin domain protein  23.05 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000613737 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  21.53 
 
 		 281 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0779  putative thioredoxin protein  25.42 
 
 		 280 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.297357  decreased coverage  0.00262303 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2938  thioredoxin  25.24 
 
 		 315 aa  57.8  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3284  thioredoxin  24.52 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2102  thioredoxin  23.93 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0268  thioredoxin  22.78 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0306  putative thioredoxin  20.74 
 
 		 305 aa  55.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351153 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3023  putative thioredoxin  21.88 
 
 		 289 aa  55.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1269  putative thioredoxin  21.88 
 
 		 289 aa  55.5  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3161  thioredoxin domain-containing protein  21.88 
 
 		 289 aa  55.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.324735  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0456  thioredoxin  24.48 
 
 		 306 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666195  normal  0.0589835 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2527  thioredoxin  24.16 
 
 		 293 aa  54.3  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0179199 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0893  thioredoxin  23.78 
 
 		 324 aa  52  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0845  hypothetical protein  22.16 
 
 		 282 aa  52.8  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0296  thioredoxin  22.45 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0166723 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0264  thioredoxin-related  29.03 
 
 		 305 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2371  thioredoxin domain-containing protein  26.5 
 
 		 303 aa  51.2  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2894  thioredoxin  30.48 
 
 		 304 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.225286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  21.5 
 
 		 302 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00443  predicted thioredoxin domain-containing protein  21.48 
 
 		 284 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3118  Thioredoxin domain protein  21.48 
 
 		 284 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0837  thioredoxin  22.52 
 
 		 329 aa  51.2  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24068  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1818  thioredoxin  23.49 
 
 		 293 aa  50.8  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314014 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1312  thioredoxin  26.74 
 
 		 302 aa  51.2  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.968155  hitchhiker  0.00158392 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3124  thioredoxin domain-containing protein  21.48 
 
 		 284 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112242 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0558  thioredoxin domain protein  22.15 
 
 		 293 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00448  hypothetical protein  21.48 
 
 		 284 aa  50.8  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3232  thioredoxin domain-containing protein  22.11 
 
 		 285 aa  50.1  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.941804  normal  0.328637 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1155  thioredoxin domain-containing protein  25.23 
 
 		 294 aa  50.4  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155818  hitchhiker  0.00000315771 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3045  thioredoxin  21.22 
 
 		 330 aa  50.1  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0568  thioredoxin domain protein  21.81 
 
 		 293 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0571  protein YbbN  21.14 
 
 		 284 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0531  protein YbbN  21.14 
 
 		 284 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.735174  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0541  protein YbbN  21.14 
 
 		 284 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0427  protein YbbN  21.14 
 
 		 284 aa  49.3  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0596  protein YbbN  21.14 
 
 		 284 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1489  thioredoxin domain-containing protein  29.52 
 
 		 304 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481302  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3272  thioredoxin  22.19 
 
 		 326 aa  48.5  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315754  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0139  thioredoxin  29.52 
 
 		 304 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.47686 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2208  Thioredoxin domain  22.37 
 
 		 300 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210633  normal  0.190287 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0612  thioredoxin domain-containing protein  21.81 
 
 		 293 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.557632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0551  thioredoxin domain protein  21.81 
 
 		 293 aa  49.3  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0553  thioredoxin domain-containing protein  21.81 
 
 		 293 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0422  thioredoxin-related  20.67 
 
 		 306 aa  48.1  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2665  thioredoxin-related  24.39 
 
 		 303 aa  48.1  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3195  Thioredoxin domain protein  21.48 
 
 		 286 aa  48.5  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.64186  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1120  Thioredoxin domain protein  22.82 
 
 		 286 aa  48.5  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.597878  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1305  thioredoxin  28.92 
 
 		 235 aa  48.5  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.277929  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1539  thioredoxin domain-containing protein  28.04 
 
 		 287 aa  47.8  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3007  Thioredoxin domain protein  25.93 
 
 		 286 aa  47  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0835  thioredoxin  22.26 
 
 		 304 aa  47  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0466449 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1982  thioredoxin  26.37 
 
 		 317 aa  46.6  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00653306  normal  0.106397 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4590  thioredoxin  21.18 
 
 		 304 aa  46.6  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.315091 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3723  thioredoxin  29.9 
 
 		 146 aa  45.4  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.122043  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>