More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1506 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_1506  Radical SAM domain protein  100 
 
 
333 aa  697    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.241767 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2766  radical SAM family Fe-S protein  48.22 
 
 
340 aa  333  2e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3061  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  38.02 
 
 
326 aa  83.2  0.000000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  29.21 
 
 
332 aa  75.9  0.0000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.84 
 
 
386 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.08 
 
 
381 aa  73.6  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.64 
 
 
375 aa  71.2  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  33.11 
 
 
361 aa  71.6  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1695  radical SAM family protein  23.37 
 
 
491 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.192909  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  31.25 
 
 
561 aa  70.9  0.00000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  35.45 
 
 
389 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0899  Radical SAM domain protein  29.07 
 
 
345 aa  70.1  0.00000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.467857  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0734  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  34.32 
 
 
333 aa  70.1  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
565 aa  69.7  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  30.33 
 
 
377 aa  69.7  0.00000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  30.54 
 
 
380 aa  69.3  0.00000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  36.28 
 
 
374 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  33.61 
 
 
372 aa  69.3  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  29.56 
 
 
346 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  25.68 
 
 
347 aa  68.9  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 
491 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 
406 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  35.45 
 
 
349 aa  67.8  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  36.54 
 
 
399 aa  68.6  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 
491 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  25.42 
 
 
491 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 
380 aa  68.2  0.0000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  24.31 
 
 
482 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  27.92 
 
 
406 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 
491 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  36.28 
 
 
379 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  36.28 
 
 
379 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 
491 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 
491 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0159  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.74 
 
 
322 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000610838  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  36.28 
 
 
379 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4391  Radical SAM domain protein  39.76 
 
 
327 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  28.17 
 
 
389 aa  67.8  0.0000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 
491 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  37.84 
 
 
374 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2921  radical SAM domain-containing protein  26.38 
 
 
324 aa  67.8  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.925202  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  36.94 
 
 
387 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  28.26 
 
 
487 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0587  radical SAM family protein  31.62 
 
 
376 aa  67  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2366  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  37.5 
 
 
332 aa  67  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  37.38 
 
 
405 aa  66.6  0.0000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  33.04 
 
 
496 aa  66.6  0.0000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2181  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 
491 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161056  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0683  Radical SAM domain protein  23.25 
 
 
388 aa  66.2  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1390  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.17 
 
 
296 aa  66.2  0.0000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.212128  normal  0.415748 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1951  radical SAM family Fe-S protein  22.04 
 
 
326 aa  65.9  0.0000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  31.58 
 
 
399 aa  65.9  0.0000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0710  Radical SAM domain protein  23.27 
 
 
388 aa  65.9  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0943546 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  31.09 
 
 
405 aa  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0573  radical SAM domain-containing protein  24.8 
 
 
363 aa  65.5  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.119885  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1392  Radical SAM domain protein  26.24 
 
 
377 aa  64.7  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.358724 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0122  Radical SAM domain protein  25.55 
 
 
344 aa  64.7  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2189  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  36.51 
 
 
342 aa  65.1  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.28518  hitchhiker  0.000000328904 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0087  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  36.8 
 
 
337 aa  64.7  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0823878  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  34.91 
 
 
384 aa  65.1  0.000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0560  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  35.9 
 
 
329 aa  65.1  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.763521 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  34.51 
 
 
371 aa  64.7  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0672  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.78 
 
 
332 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2319  radical SAM domain-containing protein  35.09 
 
 
360 aa  65.1  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.111929  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2559  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  36.51 
 
 
342 aa  65.1  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  34.95 
 
 
397 aa  65.1  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  26.4 
 
 
491 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4633  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.86 
 
 
323 aa  64.3  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0510268  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  23.11 
 
 
325 aa  64.3  0.000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2016  Radical SAM domain protein  36.49 
 
 
315 aa  63.5  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0248343  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0574  radical SAM domain-containing protein  27.14 
 
 
496 aa  63.9  0.000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.983421  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0389  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  34.78 
 
 
337 aa  63.5  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.62159  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1782  Radical SAM domain protein  32.23 
 
 
404 aa  63.9  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4120  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  33.6 
 
 
326 aa  63.9  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1915  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.56 
 
 
321 aa  63.5  0.000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  31.93 
 
 
363 aa  63.5  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0285  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  33.91 
 
 
337 aa  63.2  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  33.63 
 
 
395 aa  63.2  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0369  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.59 
 
 
321 aa  63.2  0.000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0273  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  35.96 
 
 
337 aa  63.2  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000395705 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0894  radical SAM domain-containing protein  22.96 
 
 
320 aa  63.2  0.000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.192099  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0274  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  35.96 
 
 
337 aa  63.2  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.481355  hitchhiker  0.000000283417 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  33.63 
 
 
371 aa  63.2  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1544  Elongator protein 3/MiaB/NifB  32.65 
 
 
339 aa  62.8  0.000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.623593  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  32.5 
 
 
414 aa  62.8  0.000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3748  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  35.96 
 
 
337 aa  63.2  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.247867  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  32.43 
 
 
330 aa  63.2  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  34.55 
 
 
393 aa  63.2  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4793  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  35.94 
 
 
326 aa  62.8  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00113371  hitchhiker  0.00000239799 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5373  Radical SAM domain protein  32.72 
 
 
327 aa  62.8  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  31.58 
 
 
378 aa  62.8  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4402  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  34.4 
 
 
326 aa  62.8  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.320325  hitchhiker  0.00467523 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3524  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  34.78 
 
 
340 aa  62.8  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.406525  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  25.47 
 
 
358 aa  62.8  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  37.5 
 
 
409 aa  62.8  0.000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  27.67 
 
 
330 aa  62.8  0.000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.76 
 
 
372 aa  62.8  0.000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.62 
 
 
407 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4452  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  36.52 
 
 
326 aa  62  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.93 
 
 
399 aa  62.4  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>