More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3598 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3707  DEAD/DEAH box helicase domain protein  92.13 
 
 		 381 aa  714    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3598  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 		 381 aa  764    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3329  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.86 
 
 		 380 aa  430  1e-119  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2862  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.53 
 
 		 385 aa  426  1e-118  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0981468 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1885  ATP-dependent RNA helicase  54.86 
 
 		 388 aa  426  1e-118  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00339592  hitchhiker  0.00748386 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.6 
 
 		 453 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.6 
 
 		 453 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.6 
 
 		 453 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.6 
 
 		 453 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.6 
 
 		 453 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  51.34 
 
 		 454 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.34 
 
 		 454 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.34 
 
 		 454 aa  372  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.86 
 
 		 477 aa  374  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.34 
 
 		 455 aa  372  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.34 
 
 		 454 aa  372  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  51.34 
 
 		 454 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.34 
 
 		 454 aa  372  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.6 
 
 		 452 aa  370  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.07 
 
 		 454 aa  370  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.07 
 
 		 454 aa  369  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.14 
 
 		 455 aa  370  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.07 
 
 		 462 aa  366  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.33 
 
 		 476 aa  366  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1745  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.48 
 
 		 432 aa  368  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.215551 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.34 
 
 		 432 aa  365  1e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0424079 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.07 
 
 		 456 aa  364  1e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001496  ATP-dependent RNA helicase  49.06 
 
 		 416 aa  363  3e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.16101  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0322  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.56 
 
 		 424 aa  358  6e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3579  DEAD/DEAH box helicase-like  52.02 
 
 		 421 aa  358  7e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.57 
 
 		 441 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2361  DEAD/DEAH box helicase-like  50.53 
 
 		 422 aa  354  1e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.61 
 
 		 471 aa  353  2.9999999999999997e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.88 
 
 		 417 aa  353  4e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0565  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.73 
 
 		 442 aa  353  4e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.08 
 
 		 443 aa  352  5e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.06 
 
 		 491 aa  352  8e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  48.25 
 
 		 429 aa  351  1e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2407  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.27 
 
 		 417 aa  351  1e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.33 
 
 		 522 aa  350  2e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.71 
 
 		 513 aa  350  2e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1460  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.7 
 
 		 442 aa  348  7e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.8 
 
 		 451 aa  348  8e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.8 
 
 		 451 aa  348  8e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  48.25 
 
 		 445 aa  347  2e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.21 
 
 		 452 aa  347  2e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2710  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.65 
 
 		 428 aa  347  2e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  49.06 
 
 		 527 aa  346  5e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.44 
 
 		 494 aa  345  1e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.46 
 
 		 426 aa  344  2e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.51 
 
 		 463 aa  344  2e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  48.39 
 
 		 506 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  47.93 
 
 		 398 aa  343  2.9999999999999997e-93  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.6 
 
 		 492 aa  342  5e-93  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.2 
 
 		 535 aa  342  8e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.79 
 
 		 549 aa  342  8e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  46.63 
 
 		 435 aa  341  1e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.66 
 
 		 485 aa  340  2e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.66 
 
 		 485 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  48.66 
 
 		 485 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.66 
 
 		 485 aa  340  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.44 
 
 		 477 aa  340  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.66 
 
 		 485 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.85 
 
 		 540 aa  340  2.9999999999999998e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  49.07 
 
 		 543 aa  339  5e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.45 
 
 		 482 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1567  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.85 
 
 		 446 aa  338  7e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.951835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.71 
 
 		 511 aa  338  8e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.87 
 
 		 522 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.93 
 
 		 441 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.98 
 
 		 578 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  48.13 
 
 		 484 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.17 
 
 		 525 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.17 
 
 		 526 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.28 
 
 		 488 aa  336  5e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.75 
 
 		 515 aa  336  5e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.75 
 
 		 515 aa  336  5e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.17 
 
 		 515 aa  336  5e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3401  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.63 
 
 		 432 aa  335  5.999999999999999e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.17 
 
 		 525 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  46.36 
 
 		 495 aa  335  5.999999999999999e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.4 
 
 		 486 aa  335  7e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.8 
 
 		 515 aa  335  7e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2495  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.13 
 
 		 427 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.88 
 
 		 565 aa  335  9e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.4 
 
 		 486 aa  335  9e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  48.4 
 
 		 486 aa  335  9e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.4 
 
 		 479 aa  335  9e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.4 
 
 		 480 aa  335  9e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1532  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  47.44 
 
 		 441 aa  334  1e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.62 
 
 		 560 aa  334  1e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.13 
 
 		 480 aa  334  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  49.06 
 
 		 510 aa  334  2e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1422  4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase  47.85 
 
 		 427 aa  334  2e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.219008 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.71 
 
 		 549 aa  334  2e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1559  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.37 
 
 		 427 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.404894  hitchhiker  0.0046251 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  47.88 
 
 		 540 aa  333  4e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1024  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.35 
 
 		 451 aa  333  4e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.37 
 
 		 427 aa  333  4e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.9 
 
 		 550 aa  332  6e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>