More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2862 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2862  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
385 aa  782    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0981468 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3329  DEAD/DEAH box helicase domain protein  73.28 
 
 
380 aa  569  1e-161  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1885  ATP-dependent RNA helicase  67.28 
 
 
388 aa  519  1e-146  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00339592  hitchhiker  0.00748386 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3707  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.32 
 
 
381 aa  429  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3598  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.53 
 
 
381 aa  426  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1745  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.77 
 
 
432 aa  366  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.215551 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.14 
 
 
454 aa  362  6e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.05 
 
 
441 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  50.14 
 
 
454 aa  362  8e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.14 
 
 
454 aa  362  8e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.14 
 
 
455 aa  362  8e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  50.14 
 
 
454 aa  362  8e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.14 
 
 
454 aa  362  8e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.14 
 
 
454 aa  362  8e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.86 
 
 
454 aa  360  3e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.86 
 
 
454 aa  359  5e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.32 
 
 
418 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.32 
 
 
418 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.69 
 
 
462 aa  357  9.999999999999999e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.86 
 
 
453 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.86 
 
 
453 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.43 
 
 
456 aa  356  2.9999999999999997e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.74 
 
 
522 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  50.14 
 
 
398 aa  356  2.9999999999999997e-97  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.86 
 
 
453 aa  357  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.86 
 
 
453 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.86 
 
 
453 aa  357  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.78 
 
 
452 aa  354  1e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.91 
 
 
455 aa  353  4e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.18 
 
 
476 aa  350  2e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.18 
 
 
452 aa  350  2e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  49.33 
 
 
543 aa  350  3e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.92 
 
 
480 aa  349  4e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001496  ATP-dependent RNA helicase  48.49 
 
 
416 aa  349  6e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.16101  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.92 
 
 
486 aa  348  6e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.92 
 
 
485 aa  348  8e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.92 
 
 
477 aa  348  9e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.92 
 
 
486 aa  348  9e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  48.92 
 
 
486 aa  348  9e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.92 
 
 
485 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.92 
 
 
485 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  48.92 
 
 
485 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.33 
 
 
515 aa  348  1e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.92 
 
 
485 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  46.86 
 
 
506 aa  347  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  48.92 
 
 
484 aa  347  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2710  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.37 
 
 
428 aa  347  2e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.65 
 
 
479 aa  346  3e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.65 
 
 
482 aa  346  3e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0565  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.34 
 
 
442 aa  347  3e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47 
 
 
526 aa  346  4e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47 
 
 
525 aa  346  4e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.65 
 
 
480 aa  346  4e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.49 
 
 
515 aa  346  5e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1460  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.33 
 
 
442 aa  346  5e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47 
 
 
525 aa  345  5e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.25 
 
 
443 aa  345  1e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2529  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.12 
 
 
426 aa  344  1e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 
432 aa  344  2e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0424079 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.54 
 
 
471 aa  344  2e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2495  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.63 
 
 
427 aa  343  2e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.91 
 
 
477 aa  344  2e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.53 
 
 
488 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1422  4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase  47.95 
 
 
427 aa  343  4e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.219008 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.5 
 
 
426 aa  342  5.999999999999999e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.37 
 
 
496 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.09 
 
 
550 aa  342  8e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  48.52 
 
 
535 aa  342  9e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  47.98 
 
 
445 aa  341  1e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  51 
 
 
527 aa  341  1e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  48.49 
 
 
429 aa  341  1e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1369  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.71 
 
 
427 aa  341  1e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0112372 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1434  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.95 
 
 
427 aa  341  1e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.605278 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.95 
 
 
491 aa  341  1e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.13 
 
 
513 aa  341  1e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.91 
 
 
540 aa  341  2e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.43 
 
 
451 aa  340  2.9999999999999998e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.07 
 
 
480 aa  340  2.9999999999999998e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.43 
 
 
451 aa  340  2.9999999999999998e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.87 
 
 
427 aa  339  4e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  48.39 
 
 
510 aa  339  4e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.61 
 
 
427 aa  339  5e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1559  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.61 
 
 
427 aa  339  5e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.404894  hitchhiker  0.0046251 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3401  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  48.21 
 
 
432 aa  339  5.9999999999999996e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.33 
 
 
427 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1532  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  47.23 
 
 
441 aa  339  5.9999999999999996e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.51 
 
 
565 aa  338  9e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3579  DEAD/DEAH box helicase-like  47.38 
 
 
421 aa  338  9e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.83 
 
 
560 aa  338  9e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.39 
 
 
492 aa  338  9.999999999999999e-92  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.98 
 
 
578 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  49.72 
 
 
540 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.91 
 
 
417 aa  337  1.9999999999999998e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.98 
 
 
549 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2938  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.33 
 
 
427 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.71109  normal  0.0696862 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.81 
 
 
494 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.06 
 
 
511 aa  336  5e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.98 
 
 
549 aa  335  7e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.67 
 
 
479 aa  333  2e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  47.44 
 
 
453 aa  333  2e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.936977 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>