More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2181 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3575  molybdopterin dinucleotide-binding region  55.89 
 
 		 883 aa  942    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.132394  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5830  formate dehydrogenase  52.93 
 
 		 853 aa  887    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.555184 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0862  molydopterin dinucleotide-binding region  69.57 
 
 		 861 aa  1229    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0520127 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0021  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.51 
 
 		 1084 aa  1017    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.12847 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0824  formate dehydrogenase  67.85 
 
 		 864 aa  1188    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.334882  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0872  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.38 
 
 		 1096 aa  1202    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0827  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.95 
 
 		 1050 aa  742    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.798346  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5600  formate dehydrogenase  55.21 
 
 		 861 aa  935    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.758687  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19190  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.89 
 
 		 1100 aa  971    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.525812  normal  0.681395 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1602  Formate dehydrogenase  55.14 
 
 		 956 aa  938    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5276  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.73 
 
 		 1095 aa  949    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0860  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.42 
 
 		 1039 aa  949    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2291  formate dehydrogenase  55.65 
 
 		 870 aa  937    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2181  molydopterin dinucleotide-binding region  100 
 
 		 862 aa  1796    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5220  formate dehydrogenase  54.96 
 
 		 865 aa  930    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2724  formate dehydrogenase  61.95 
 
 		 847 aa  1061    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.820534  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09600  anaerobic dehydrogenase, typically selenocysteine-containing  53.92 
 
 		 889 aa  904    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0876  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.38 
 
 		 1096 aa  1202    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3728  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.78 
 
 		 1063 aa  1011    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0214561  normal  0.0673651 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0344  molybdopterin dinucleotide-binding region  58.3 
 
 		 905 aa  989    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.632041  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04200  uncharacterized anaerobic dehydrogenase  57.16 
 
 		 920 aa  971    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0456011 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0612  formate dehydrogenase, alpha subunit  51.25 
 
 		 1118 aa  890    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5308  formate dehydrogenase  54.96 
 
 		 861 aa  931    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.418096  normal  0.849616 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0283  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.44 
 
 		 803 aa  623  1e-177  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.105016  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3388  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.05 
 
 		 1010 aa  619  1e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0777  formate dehydrogenase, major subunit, selenocysteine-containing  40.91 
 
 		 1010 aa  612  9.999999999999999e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2267  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.21 
 
 		 802 aa  607  9.999999999999999e-173  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1580  formate dehydrogenase  39.98 
 
 		 808 aa  601  1e-170  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1955  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.71 
 
 		 1009 aa  597  1e-169  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1059  formate dehydrogenase alpha subunit  39.5 
 
 		 1010 aa  597  1e-169  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.080154 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2008  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.2 
 
 		 824 aa  596  1e-169  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.715291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0799  formate dehydrogenase  40.3 
 
 		 851 aa  596  1e-169  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3374  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.84 
 
 		 1061 aa  592  1e-167  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1114  formate dehydrogenase  39.32 
 
 		 811 aa  582  1.0000000000000001e-165  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1274  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.55 
 
 		 816 aa  584  1.0000000000000001e-165  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3510  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.77 
 
 		 1015 aa  582  1.0000000000000001e-165  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.722583  normal  0.530799 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1655  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  40.75 
 
 		 803 aa  580  1e-164  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1575  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.02 
 
 		 842 aa  580  1e-164  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01432  formate dehydrogenase-N, alpha subunit, nitrate-inducible  40.5 
 
 		 1015 aa  577  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2173  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.5 
 
 		 803 aa  578  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.309024  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1334  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.47 
 
 		 840 aa  578  1.0000000000000001e-163  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2183  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.5 
 
 		 1015 aa  577  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.668487  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2638  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.97 
 
 		 1059 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.409853 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1700  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  40.5 
 
 		 1015 aa  577  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.3444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1557  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  40.5 
 
 		 1015 aa  578  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.468579  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2591  Formate dehydrogenase  39.29 
 
 		 780 aa  576  1.0000000000000001e-163  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03779  formate dehydrogenase-O, major subunit  39.69 
 
 		 1016 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2863  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.55 
 
 		 824 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.202456  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4280  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  39.57 
 
 		 1016 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4122  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  39.69 
 
 		 1016 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0544  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.76 
 
 		 809 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0932731 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4123  molybdopterin oxidoreductase alpha subunit  39.69 
 
 		 1016 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4090  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.69 
 
 		 1016 aa  572  1e-161  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4597  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.95 
 
 		 810 aa  572  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654701  normal  0.94372 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3513  formate dehydrogenase alpha subunit  38.99 
 
 		 808 aa  570  1e-161  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0707  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  38.12 
 
 		 1023 aa  571  1e-161  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3045  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.74 
 
 		 1015 aa  572  1e-161  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3894  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.81 
 
 		 1028 aa  568  1e-160  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0501  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.93 
 
 		 1012 aa  566  1e-160  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.662776 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3754  formate dehydrogenase alpha subunit  38.88 
 
 		 828 aa  568  1e-160  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0532  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.29 
 
 		 809 aa  568  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.170319  normal  0.968416 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3810  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.81 
 
 		 1028 aa  567  1e-160  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1210  formate dehydrogenase, alpha subunit  40 
 
 		 1066 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2259  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  37.65 
 
 		 1023 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181302  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0730  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.65 
 
 		 822 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0971  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.95 
 
 		 1011 aa  562  1.0000000000000001e-159  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.893461  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3544  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.05 
 
 		 810 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287091  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1335  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.62 
 
 		 1015 aa  562  1.0000000000000001e-159  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2396  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  37.65 
 
 		 822 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4382  formate dehydrogenase, alpha subunit, anaerobic  38.05 
 
 		 822 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3984  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.05 
 
 		 822 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0523  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.29 
 
 		 821 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1427  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.73 
 
 		 1016 aa  560  1e-158  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.50627  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1818  formate dehydrogenase alpha subunit  38.16 
 
 		 820 aa  561  1e-158  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.266188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2698  formate dehydrogenase alpha subunit  38.28 
 
 		 820 aa  560  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0271863 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2100  formate dehydrogenase alpha subunit  37.81 
 
 		 822 aa  561  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2054  formate dehydrogenase alpha subunit  39.93 
 
 		 803 aa  561  1e-158  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1286  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.26 
 
 		 1015 aa  560  1e-158  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0084  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.14 
 
 		 803 aa  559  1e-158  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2829  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.95 
 
 		 820 aa  560  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.500302  normal  0.743867 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0226  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.7 
 
 		 1005 aa  556  1e-157  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.174026  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1092  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.43 
 
 		 811 aa  556  1e-157  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.525887 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1570  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.77 
 
 		 1014 aa  558  1e-157  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2662  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.14 
 
 		 1015 aa  555  1e-157  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.613089  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63605  formate dehydrogenase-O, major subunit  39.57 
 
 		 1026 aa  557  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0036  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.45 
 
 		 804 aa  557  1e-157  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0129417  normal  0.222699 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3879  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.69 
 
 		 810 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.319379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5531  formate dehydrogenase subunit alpha  39.69 
 
 		 825 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0761  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.58 
 
 		 1003 aa  553  1e-156  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.109779  normal  0.059567 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4085  formate dehydrogenase alpha subunit  38.73 
 
 		 804 aa  555  1e-156  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3377  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.57 
 
 		 822 aa  554  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.365346  normal  0.791414 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3490  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.19 
 
 		 808 aa  555  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.657613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3770  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  39.26 
 
 		 1015 aa  551  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3325  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.39 
 
 		 1023 aa  551  1e-155  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.723924 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4119  aerobic formate dehydrogenase subunit alpha  39.26 
 
 		 1015 aa  551  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0717  formate dehydrogenase, alpha subunit, anaerobic  38.56 
 
 		 798 aa  549  1e-155  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2519  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.89 
 
 		 1016 aa  550  1e-155  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0643  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.66 
 
 		 1012 aa  549  1e-155  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0165738 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2553  formate dehydrogenase alpha subunit  37.89 
 
 		 821 aa  550  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0038  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.26 
 
 		 803 aa  551  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>