More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2046 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2046  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 495 aa  1001    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.920452  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  43.8 
 
 		 517 aa  382  1e-105  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.558054  decreased coverage  0.00306709 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.02 
 
 		 519 aa  231  2e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 505 aa  231  2e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  31.99 
 
 		 499 aa  231  3e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 		 523 aa  230  4e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1135  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 517 aa  230  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.755647  hitchhiker  0.000174804 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  34.42 
 
 		 520 aa  229  7e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.42 
 
 		 530 aa  228  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.05 
 
 		 526 aa  226  9e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.3 
 
 		 525 aa  225  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  30.85 
 
 		 530 aa  224  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.866447  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  28.45 
 
 		 496 aa  224  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  32.04 
 
 		 509 aa  223  6e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 508 aa  223  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 511 aa  223  6e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  28.25 
 
 		 496 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  30.86 
 
 		 520 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  28.19 
 
 		 496 aa  221  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  28.19 
 
 		 496 aa  221  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 508 aa  221  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.04 
 
 		 520 aa  220  3.9999999999999997e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.72 
 
 		 519 aa  219  7e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 508 aa  219  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  32.85 
 
 		 527 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  34.73 
 
 		 500 aa  218  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  30.66 
 
 		 503 aa  217  4e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.52 
 
 		 525 aa  217  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.12 
 
 		 527 aa  216  5.9999999999999996e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  31.72 
 
 		 521 aa  216  5.9999999999999996e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  31.27 
 
 		 509 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  29.11 
 
 		 526 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.79 
 
 		 514 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0367  AMP-dependent synthetase and ligase  32.36 
 
 		 513 aa  215  9.999999999999999e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.379931 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  30.17 
 
 		 525 aa  214  2.9999999999999995e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  30.02 
 
 		 518 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0047  AMP-dependent synthetase and ligase  31.67 
 
 		 517 aa  213  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  31.28 
 
 		 491 aa  212  1e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  30.66 
 
 		 518 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.78 
 
 		 525 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  30.84 
 
 		 520 aa  211  3e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  32.23 
 
 		 515 aa  211  3e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4698  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 498 aa  211  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.796454  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  31.72 
 
 		 510 aa  210  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  33.62 
 
 		 521 aa  210  6e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.77 
 
 		 524 aa  209  7e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  30.54 
 
 		 511 aa  209  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.06 
 
 		 525 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  31.32 
 
 		 506 aa  208  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  32.03 
 
 		 518 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4810  AMP-dependent synthetase and ligase  31.93 
 
 		 528 aa  208  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 		 512 aa  208  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4848  AMP-dependent synthetase and ligase  30.85 
 
 		 498 aa  207  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 		 518 aa  207  3e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  29.38 
 
 		 520 aa  207  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1704  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  34.08 
 
 		 532 aa  207  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.49493  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  32.34 
 
 		 516 aa  206  9e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  33.4 
 
 		 529 aa  206  9e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 512 aa  206  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 		 517 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  30.59 
 
 		 504 aa  205  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  31.37 
 
 		 518 aa  205  2e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 		 499 aa  204  2e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4822  AMP-dependent synthetase and ligase  31.95 
 
 		 504 aa  205  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  27.7 
 
 		 490 aa  204  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.45 
 
 		 490 aa  204  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  31.35 
 
 		 487 aa  204  3e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  30.86 
 
 		 517 aa  203  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  30.29 
 
 		 521 aa  203  6e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  26.81 
 
 		 520 aa  202  8e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  31.05 
 
 		 518 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 		 662 aa  202  9.999999999999999e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  31.03 
 
 		 492 aa  202  9.999999999999999e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.04 
 
 		 526 aa  202  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.06 
 
 		 525 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  31.2 
 
 		 518 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  29.24 
 
 		 556 aa  202  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  28.19 
 
 		 549 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  32.45 
 
 		 508 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 493 aa  201  3e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  29.85 
 
 		 552 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4073  AMP-dependent synthetase and ligase  31.97 
 
 		 535 aa  201  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0666092  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  29.21 
 
 		 518 aa  200  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  32.32 
 
 		 503 aa  200  5e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  32.03 
 
 		 518 aa  200  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 		 494 aa  200  6e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 		 494 aa  200  6e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 		 516 aa  200  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.87 
 
 		 526 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  31.92 
 
 		 489 aa  199  7e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.45 
 
 		 510 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  29.41 
 
 		 545 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  30.99 
 
 		 551 aa  199  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0987  putative AMP-dependent synthetase and ligase  32.6 
 
 		 499 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.958152 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  31.02 
 
 		 518 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  30.12 
 
 		 520 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.91 
 
 		 482 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3197  Acyl transferase  33.67 
 
 		 4575 aa  198  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 		 534 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  30.92 
 
 		 514 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>