43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1958 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_1958  hypothetical protein  100 
 
 		 435 aa  876    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.272689  normal  0.538677 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0745  leucine-rich repeat-containing protein  36.96 
 
 		 301 aa  95.9  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0746  leucine-rich repeat-containing protein  35.59 
 
 		 615 aa  94.4  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2110  invasion plasmid antigen  35.83 
 
 		 568 aa  88.6  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0894  hypothetical protein  31.34 
 
 		 755 aa  87.8  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0863  leucine-rich repeat protein  31.34 
 
 		 755 aa  87.8  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0926  hypothetical protein  31.34 
 
 		 731 aa  87.4  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.494882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0835  leucine-rich repeat protein  30.35 
 
 		 765 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.226799  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1257  leucine-rich repeat protein  33.66 
 
 		 776 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1016  invasion plasmid antigen  36.88 
 
 		 547 aa  84  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0744  leucine-rich repeat-containing protein  34.26 
 
 		 622 aa  80.9  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.559917  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0253  invasion plasmid antigen  41.91 
 
 		 545 aa  79.3  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0402071  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0949  leucine-rich repeat protein  29.84 
 
 		 755 aa  79  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.697592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0025  effector protein YopM  35.78 
 
 		 388 aa  77  0.0000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.012796  normal  0.260783 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0675  putative outer membrane protein  34.13 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2582  hypothetical protein  31.28 
 
 		 788 aa  76.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0480731 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0130  IpaH7.8  30.77 
 
 		 565 aa  75.9  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2425  leucine-rich repeat protein  31.28 
 
 		 788 aa  76.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.190923 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2479  hypothetical protein  30.73 
 
 		 788 aa  76.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.869607  normal  0.03769 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2920  leucine-rich repeat-containing protein  27.54 
 
 		 763 aa  74.3  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.660526  normal  0.0739949 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1692  invasion plasmid antigen  33.83 
 
 		 583 aa  71.6  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.804686  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0132  invasion plasmid antigen  35.71 
 
 		 574 aa  70.5  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102369  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2592  invasion plasmid antigen  31.11 
 
 		 603 aa  68.6  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0459  leucine-rich repeat-containing protein  34.07 
 
 		 581 aa  67.8  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.893142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0676  outer membrane protein YopM  30.81 
 
 		 284 aa  62.4  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2003  internalin-related protein  30.53 
 
 		 424 aa  57  0.0000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000199876  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4612  hypothetical protein  30.65 
 
 		 416 aa  56.2  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.19236 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0206  surface antigen, putative  27.45 
 
 		 618 aa  54.3  0.000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000122541  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0087  IpaH1.4  33.76 
 
 		 575 aa  52.4  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00799741  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0593  internalin-related protein  30.21 
 
 		 631 aa  52.4  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.138946  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1189  regulator of chromosome condensation, RCC1  28.3 
 
 		 1679 aa  50.4  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1403  hypothetical protein  32.48 
 
 		 323 aa  48.5  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3264  hypothetical protein  30.37 
 
 		 452 aa  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0515  leucine-rich repeat-containing protein  28.57 
 
 		 401 aa  47  0.0006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0713  invasion plasmid antigen  32.52 
 
 		 443 aa  46.2  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29021  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2055  leucine-rich protein  30.09 
 
 		 565 aa  46.6  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.805099  normal  0.572158 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1696  hypothetical protein  27.32 
 
 		 384 aa  45.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4909  Miro domain protein  31.68 
 
 		 1015 aa  44.3  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.903502 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1694  hypothetical protein  27.75 
 
 		 350 aa  44.3  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.398039  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1248  hypothetical protein  26.22 
 
 		 379 aa  43.9  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.48386  normal  0.670053 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2711  hypothetical protein  26.22 
 
 		 379 aa  43.9  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.838667  normal  0.430413 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2066  leucine-rich repeat protein  32.93 
 
 		 508 aa  43.1  0.009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3413  serine/threonine protein kinase  29.21 
 
 		 447 aa  43.1  0.01  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.287341 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>