More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2882 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_2882  Ribonuclease H  100 
 
 		 292 aa  574  1.0000000000000001e-163  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.507441 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2147  ribonuclease HII  52.43 
 
 		 220 aa  230  2e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1791  Ribonuclease H  46.6 
 
 		 230 aa  210  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1094  ribonuclease HII  47.92 
 
 		 263 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2020  Ribonuclease H  39.18 
 
 		 197 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.395926  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  37.6 
 
 		 206 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  35.5 
 
 		 212 aa  135  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2485  Ribonuclease H  35.88 
 
 		 198 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  35.5 
 
 		 211 aa  133  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1092  ribonuclease HII  37.79 
 
 		 219 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.11848  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2865  ribonuclease HII  38.41 
 
 		 213 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000377416  hitchhiker  0.000000754237 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  35.45 
 
 		 248 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  35.82 
 
 		 248 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  36.09 
 
 		 198 aa  128  9.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1418  ribonuclease HII  38.17 
 
 		 236 aa  125  9e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  0.0561712 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  37.4 
 
 		 208 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2002  ribonuclease HII  38.37 
 
 		 207 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1569  ribonuclease HII  33.98 
 
 		 217 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1356  ribonuclease HII  38.55 
 
 		 232 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0038  ribonuclease HII  35.88 
 
 		 205 aa  124  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1292  ribonuclease HII  38.17 
 
 		 232 aa  122  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.060784  normal  0.581124 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0018  ribonuclease HII  33.83 
 
 		 207 aa  122  6e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000987865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0923  ribonuclease H  38.35 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  35.36 
 
 		 198 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6108  Ribonuclease H  33.72 
 
 		 191 aa  121  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1516  RNase HII  34.11 
 
 		 193 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  35.98 
 
 		 198 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  34.98 
 
 		 198 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01115  ribonuclease HII  35.88 
 
 		 211 aa  120  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0002331  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2164  ribonuclease HII  39.54 
 
 		 203 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.159466  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2456  ribonuclease HII  37.08 
 
 		 208 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.633452  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  35.98 
 
 		 201 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  35.21 
 
 		 197 aa  119  6e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1923  ribonuclease HII  30.04 
 
 		 221 aa  119  6e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  35.98 
 
 		 201 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0011  ribonuclease HII  37.79 
 
 		 208 aa  118  9.999999999999999e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000000150276  normal  0.177364 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  35.34 
 
 		 198 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  35.34 
 
 		 198 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0747  ribonuclease HII  33.71 
 
 		 198 aa  117  1.9999999999999998e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  35.88 
 
 		 207 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  34.81 
 
 		 213 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  35.11 
 
 		 226 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2022  ribonuclease H  33.59 
 
 		 201 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0912  ribonuclease HII  32.84 
 
 		 287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.976691 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2563  ribonuclease HII  36.23 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00091403  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  35.11 
 
 		 207 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0936  ribonuclease HII  34.81 
 
 		 279 aa  112  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  35.11 
 
 		 207 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1724  hypothetical protein  32.18 
 
 		 196 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0420025 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1405  Ribonuclease H  36.68 
 
 		 262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0284601 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2783  ribonuclease HII  36.29 
 
 		 227 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00722116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1910  ribonuclease HII  30.5 
 
 		 216 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0334  Ribonuclease H  31.54 
 
 		 199 aa  110  3e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  34.88 
 
 		 198 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1547  ribonuclease HII  36.68 
 
 		 198 aa  110  4.0000000000000004e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.040973  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1437  ribonuclease HII  34.73 
 
 		 196 aa  108  7.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.480003  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0521  ribonuclease HII  36.12 
 
 		 197 aa  108  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3310  Ribonuclease H  60.47 
 
 		 207 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1850  RNase HII  36.33 
 
 		 198 aa  108  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1505  ribonuclease H  31.07 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  34.09 
 
 		 217 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  34.21 
 
 		 198 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  34.21 
 
 		 198 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  34.21 
 
 		 198 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.553168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  34.35 
 
 		 207 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1478  ribonuclease H  32.06 
 
 		 255 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2962  ribonuclease H  32.71 
 
 		 204 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118797 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1068  ribonuclease HII  29.34 
 
 		 195 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.995838  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19431  ribonuclease HII  29.73 
 
 		 195 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  60 
 
 		 199 aa  99.8  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0017  ribonuclease HII  32.58 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2098  ribonuclease H  31.18 
 
 		 261 aa  99.8  5e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0455436  normal  0.0661187 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0017  ribonuclease HII  34.75 
 
 		 206 aa  99.8  5e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00136282  unclonable  0.000000928974 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1744  Ribonuclease H  34.87 
 
 		 232 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0818518  normal  0.411209 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2192  RNase HII  34.6 
 
 		 218 aa  99.8  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2694  ribonuclease HII  34.35 
 
 		 209 aa  99  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.529016  hitchhiker  0.00296162 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3267  ribonuclease HII  32.83 
 
 		 213 aa  97.8  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.279787  normal  0.160809 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2218  ribonuclease HII  55.79 
 
 		 209 aa  97.8  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000329039  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  33.72 
 
 		 198 aa  97.4  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1286  ribonuclease H  34.5 
 
 		 199 aa  97.1  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  33.33 
 
 		 198 aa  97.1  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  33.33 
 
 		 198 aa  97.1  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3054  Ribonuclease H  29.84 
 
 		 197 aa  96.7  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4574  ribonuclease H  33.7 
 
 		 202 aa  96.7  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.690757 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  60.53 
 
 		 240 aa  96.3  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1454  ribonuclease HII  55.91 
 
 		 195 aa  95.9  7e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5315  ribonuclease HII  61.97 
 
 		 214 aa  95.9  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120662  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0946  ribonuclease HII  31.66 
 
 		 209 aa  95.5  9e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.630405  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6072  ribonuclease HII  61.97 
 
 		 214 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.236887  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2005  ribonuclease HII  61.97 
 
 		 214 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2025  ribonuclease HII  61.97 
 
 		 214 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3270  ribonuclease HII  55.7 
 
 		 214 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000737319  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl537  ribonuclease HII, primer excision  26.72 
 
 		 208 aa  94.4  2e-18  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000000093074  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1541  ribonuclease HII  55.7 
 
 		 214 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0283248  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1313  ribonuclease HII  55.7 
 
 		 214 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00162066  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  61.76 
 
 		 208 aa  94.7  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2041  ribonuclease HII  55.7 
 
 		 214 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00230414  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2621  ribonuclease HII  30.86 
 
 		 208 aa  94.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2478  ribonuclease HII  55.7 
 
 		 214 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0544675  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2422  ribonuclease HII  55.7 
 
 		 214 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000428257  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>