More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2020 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_2020  Ribonuclease H  100 
 
 
197 aa  404  1.0000000000000001e-112  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.395926  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3310  Ribonuclease H  65.1 
 
 
207 aa  252  3e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1791  Ribonuclease H  56.63 
 
 
230 aa  219  3e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2147  ribonuclease HII  57.21 
 
 
220 aa  211  7.999999999999999e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1094  ribonuclease HII  54.37 
 
 
263 aa  201  4e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1092  ribonuclease HII  53.57 
 
 
219 aa  200  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.11848  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3425  ribonuclease HII  51.6 
 
 
230 aa  188  4e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1478  ribonuclease H  49.19 
 
 
255 aa  186  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  51.61 
 
 
202 aa  182  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2865  ribonuclease HII  56.02 
 
 
213 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000377416  hitchhiker  0.000000754237 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3757  ribonuclease HII  53.48 
 
 
216 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00155926  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3660  ribonuclease HII  48.65 
 
 
257 aa  181  5.0000000000000004e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00273984  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0761  ribonuclease HII  49.43 
 
 
256 aa  181  9.000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0868001  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2022  ribonuclease H  54.44 
 
 
201 aa  179  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0736  ribonuclease HII  50.53 
 
 
201 aa  178  4e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3935  ribonuclease HII  49.19 
 
 
257 aa  178  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000395689  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1368  Ribonuclease H  51.38 
 
 
216 aa  177  8e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1702  ribonuclease HII  49.43 
 
 
242 aa  175  5e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.778683  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2218  ribonuclease HII  53.89 
 
 
209 aa  174  5e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000329039  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  50.57 
 
 
277 aa  174  7e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  53.07 
 
 
198 aa  173  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  53.07 
 
 
201 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3486  ribonuclease HII  51.6 
 
 
230 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.83374e-19 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  50.54 
 
 
268 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  53.07 
 
 
201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0649  ribonuclease HII  55.03 
 
 
217 aa  171  5e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2489  ribonuclease HII  52.27 
 
 
259 aa  171  5e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000648841  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1531  Ribonuclease H  51.12 
 
 
203 aa  169  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00536473  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1324  ribonuclease HII  52.41 
 
 
191 aa  169  2e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1327  ribonuclease HII  52.41 
 
 
191 aa  169  3e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3752  ribonuclease HII  51.6 
 
 
260 aa  168  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000719683  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2456  ribonuclease HII  53.63 
 
 
208 aa  168  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.633452  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2400  ribonuclease HII  49.44 
 
 
254 aa  168  5e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105442  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  51.4 
 
 
208 aa  168  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1407  Ribonuclease H  53.89 
 
 
204 aa  167  9e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3578  ribonuclease HII  50.27 
 
 
257 aa  167  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000296428  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0765  ribonuclease HII  47.73 
 
 
253 aa  167  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.587559  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  48.68 
 
 
207 aa  166  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  51.4 
 
 
198 aa  166  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  45.36 
 
 
206 aa  166  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3884  ribonuclease HII  49.73 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000696667  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3596  ribonuclease HII  49.73 
 
 
257 aa  165  4e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00191298  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2443  ribonuclease HII  49.2 
 
 
193 aa  165  5e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.0013683  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3688  ribonuclease HII  51.14 
 
 
257 aa  164  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0486132  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3975  ribonuclease HII  51.14 
 
 
257 aa  164  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000780116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3850  ribonuclease HII  49.73 
 
 
257 aa  164  8e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.9760100000000003e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3879  ribonuclease HII  49.19 
 
 
257 aa  164  8e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000611644  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6108  Ribonuclease H  47.46 
 
 
191 aa  164  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0018  ribonuclease HII  49.73 
 
 
206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000692909  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0038  ribonuclease HII  45.9 
 
 
205 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2882  Ribonuclease H  39.18 
 
 
292 aa  162  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.507441 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  50.81 
 
 
214 aa  162  2.0000000000000002e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  50.84 
 
 
198 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  51.7 
 
 
217 aa  162  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  51.4 
 
 
218 aa  162  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1166  ribonuclease HII  50.82 
 
 
206 aa  162  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0963  ribonuclease HII  49.46 
 
 
198 aa  162  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.765501  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1923  ribonuclease HII  40.61 
 
 
221 aa  162  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2485  Ribonuclease H  51.63 
 
 
198 aa  162  3e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0298  ribonuclease HII  50.28 
 
 
217 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0777  ribonuclease HII  45.81 
 
 
256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0119605  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0914  ribonuclease HII  46.28 
 
 
250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000211389 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1308  ribonuclease HII  49.19 
 
 
257 aa  161  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000033795  unclonable  9.769680000000001e-26 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0018  ribonuclease HII  46.52 
 
 
207 aa  161  6e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000987865  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4366  ribonuclease HII  50.28 
 
 
230 aa  161  6e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  45.74 
 
 
199 aa  161  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1324  ribonuclease HII  50.26 
 
 
249 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0444833  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  49.16 
 
 
212 aa  160  9e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2962  ribonuclease H  46.93 
 
 
204 aa  160  9e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.118797 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01386  ribonuclease HII  48.6 
 
 
190 aa  160  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00865993  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  50.28 
 
 
197 aa  159  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  50.28 
 
 
198 aa  159  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  50.28 
 
 
207 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5315  ribonuclease HII  49.16 
 
 
214 aa  159  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120662  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  50.28 
 
 
207 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  50.55 
 
 
198 aa  158  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1516  RNase HII  48.37 
 
 
193 aa  158  4e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  50.55 
 
 
198 aa  158  4e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0920  ribonuclease HII  44.94 
 
 
255 aa  159  4e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  49.73 
 
 
198 aa  157  6e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0717  ribonuclease HII  48.86 
 
 
255 aa  157  7e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00641691  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  49.16 
 
 
218 aa  157  7e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  49.19 
 
 
198 aa  157  8e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  49.19 
 
 
198 aa  157  8e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  49.19 
 
 
198 aa  157  8e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1012  ribonuclease HII  43.58 
 
 
253 aa  157  1e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0454013  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1989  ribonuclease HII  50.56 
 
 
260 aa  157  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0011  ribonuclease HII  50.79 
 
 
208 aa  156  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000000150276  normal  0.177364 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  49.72 
 
 
207 aa  156  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0879  ribonuclease HII  50.28 
 
 
215 aa  157  1e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106841 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  48.04 
 
 
211 aa  157  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6072  ribonuclease HII  49.16 
 
 
214 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.236887  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  47.49 
 
 
211 aa  157  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2005  ribonuclease HII  49.16 
 
 
214 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0194  ribonuclease HII  50 
 
 
198 aa  157  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00608058  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4574  ribonuclease H  51.38 
 
 
202 aa  157  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.690757 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2025  ribonuclease HII  49.16 
 
 
214 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179353  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  50 
 
 
198 aa  156  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  48.15 
 
 
248 aa  156  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  50 
 
 
198 aa  156  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>