More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0017 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0017  ribonuclease HII  100 
 
 
299 aa  625  1e-178  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0038  ribonuclease HII  70.73 
 
 
205 aa  301  6.000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0018  ribonuclease HII  68.78 
 
 
206 aa  291  8e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000692909  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0018  ribonuclease HII  64.85 
 
 
207 aa  268  8.999999999999999e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000987865  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1993  ribonuclease HII  66.34 
 
 
206 aa  265  5.999999999999999e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0011  ribonuclease HII  65.05 
 
 
208 aa  261  1e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000000150276  normal  0.177364 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0017  ribonuclease HII  64.39 
 
 
206 aa  249  3e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00136282  unclonable  0.000000928974 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1702  ribonuclease HII  46.51 
 
 
242 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.778683  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0914  ribonuclease HII  49.22 
 
 
250 aa  181  1e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000211389 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  52.38 
 
 
207 aa  179  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0278  ribonuclease HII  48.78 
 
 
283 aa  178  9e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  53.26 
 
 
201 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1867  ribonuclease HII  51.3 
 
 
218 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0144978  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1724  hypothetical protein  51.34 
 
 
196 aa  176  3e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0420025 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0289  ribonuclease HII  48.29 
 
 
283 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.267831  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  52.72 
 
 
201 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0300  ribonuclease HII  48.29 
 
 
283 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  48.45 
 
 
198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  48.45 
 
 
198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  51.6 
 
 
199 aa  172  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0302  ribonuclease HII  45.87 
 
 
338 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0995743  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0194  ribonuclease HII  47.42 
 
 
198 aa  172  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00608058  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  51.35 
 
 
268 aa  172  5e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3847  Ribonuclease H  50.55 
 
 
208 aa  172  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.297829  normal  0.541693 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  47.94 
 
 
198 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  47.94 
 
 
198 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0193  ribonuclease HII  47.42 
 
 
198 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.614653  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0176  ribonuclease HII  47.42 
 
 
198 aa  172  5.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0723713  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  49.24 
 
 
218 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  47.94 
 
 
198 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  48.45 
 
 
198 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0761  ribonuclease HII  48.15 
 
 
256 aa  172  6.999999999999999e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0868001  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  48.45 
 
 
198 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.553168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  48.45 
 
 
198 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6108  Ribonuclease H  49.21 
 
 
191 aa  172  6.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  49.75 
 
 
217 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2164  ribonuclease HII  50.49 
 
 
203 aa  172  7.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.159466  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  44.98 
 
 
211 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  47.42 
 
 
212 aa  171  9e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  47.42 
 
 
198 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  47.42 
 
 
198 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  47.42 
 
 
198 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3935  ribonuclease HII  49.45 
 
 
257 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000395689  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  51.32 
 
 
208 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  53.19 
 
 
208 aa  170  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  51.09 
 
 
213 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1407  Ribonuclease H  50 
 
 
204 aa  171  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  47.57 
 
 
210 aa  170  3e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0747  ribonuclease HII  46.07 
 
 
198 aa  169  5e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3660  ribonuclease HII  50.54 
 
 
257 aa  169  5e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00273984  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1756  ribonuclease HII  56.83 
 
 
196 aa  169  6e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.384083  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05540  putative ribonuclease HII  47.54 
 
 
199 aa  169  7e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.734266  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  47.21 
 
 
211 aa  169  7e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1185  hypothetical protein  49.22 
 
 
194 aa  168  9e-41  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.130682 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0765  ribonuclease HII  46.15 
 
 
253 aa  168  9e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.587559  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2485  Ribonuclease H  48.37 
 
 
198 aa  168  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  51.09 
 
 
207 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0703  ribonuclease H  46 
 
 
269 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.076303  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  47.94 
 
 
198 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  51.89 
 
 
226 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  48.74 
 
 
218 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  50 
 
 
198 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2192  RNase HII  51.34 
 
 
218 aa  166  5e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0736  ribonuclease HII  48.35 
 
 
201 aa  165  1.0000000000000001e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  46.46 
 
 
198 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  46.46 
 
 
198 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  45.18 
 
 
198 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  50.54 
 
 
207 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  45.96 
 
 
198 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  47.4 
 
 
277 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  47.28 
 
 
206 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  43.87 
 
 
206 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1516  RNase HII  50.54 
 
 
193 aa  162  6e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1478  ribonuclease H  45.41 
 
 
255 aa  162  7e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  44.71 
 
 
248 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1531  Ribonuclease H  47.94 
 
 
203 aa  162  9e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00536473  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  50 
 
 
207 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1012  ribonuclease HII  43.72 
 
 
253 aa  161  1e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0454013  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  50 
 
 
207 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1272  ribonuclease H  47.12 
 
 
207 aa  161  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4366  ribonuclease HII  48.19 
 
 
230 aa  161  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  45.18 
 
 
198 aa  161  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  44.55 
 
 
248 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  45.18 
 
 
198 aa  160  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2962  ribonuclease H  44.95 
 
 
204 aa  160  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.118797 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  45.45 
 
 
198 aa  160  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0508  RNase HII  48.47 
 
 
213 aa  160  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.261807  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0334  Ribonuclease H  46.35 
 
 
199 aa  159  5e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5315  ribonuclease HII  44.5 
 
 
214 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120662  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  48.35 
 
 
203 aa  159  7e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1418  ribonuclease HII  48.69 
 
 
236 aa  158  8e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  0.0561712 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1850  RNase HII  51.6 
 
 
198 aa  158  8e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26934  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1282  ribonuclease HII  43.65 
 
 
225 aa  158  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000227459  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0542  ribonuclease HII, putative  41.33 
 
 
207 aa  158  1e-37  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.597529  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  48.94 
 
 
240 aa  158  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1324  ribonuclease HII  47.62 
 
 
249 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0444833  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1092  ribonuclease HII  45.65 
 
 
219 aa  158  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.11848  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1375  ribonuclease HII  46.99 
 
 
198 aa  157  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000308633  normal  0.450716 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2825  RNase HII  46.63 
 
 
202 aa  157  2e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1286  ribonuclease H  51.09 
 
 
199 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>