More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3514 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3514  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  100 
 
 		 292 aa  585  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1909  polyprenyl synthetase  68.33 
 
 		 292 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0962884  normal  0.361661 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0265  farnesyl-diphosphate synthase  68.33 
 
 		 288 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0182  farnesyl-diphosphate synthase  72.18 
 
 		 290 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2039  polyprenyl synthetase  67.26 
 
 		 288 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.678987  normal  0.453603 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6440  farnesyl-diphosphate synthase  54.61 
 
 		 289 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2821  polyprenyl synthetase  55.87 
 
 		 289 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.230179  normal  0.537007 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1707  Polyprenyl synthetase  54.45 
 
 		 288 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1290  polyprenyl synthetase  55.87 
 
 		 288 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4004  polyprenyl synthetase  54.45 
 
 		 287 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.669226  hitchhiker  0.00057094 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1613  polyprenyl synthetase  53.71 
 
 		 291 aa  258  1e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2954  Polyprenyl synthetase  57.41 
 
 		 288 aa  256  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0123408  normal  0.0660795 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2983  farnesyl-diphosphate synthase  51.96 
 
 		 289 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.313426  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3694  polyprenyl synthetase  55.43 
 
 		 290 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.816897  hitchhiker  0.00301236 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3759  polyprenyl synthetase  54.09 
 
 		 288 aa  252  6e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492554 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2727  polyprenyl synthetase  56.65 
 
 		 288 aa  250  2e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0712991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2849  Polyprenyl synthetase  58.24 
 
 		 288 aa  250  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2049  Polyprenyl synthetase  52.33 
 
 		 289 aa  226  4e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.413554 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  38.55 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1025  polyprenyl synthetase  41.5 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  38.78 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0423  polyprenyl synthetase  41.73 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175484 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  38.4 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  38.78 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  38.81 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0516  polyprenyl synthetase  38.43 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.472432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3432  farnesyl-diphosphate synthase  36.47 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  40.65 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  36.59 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  37.08 
 
 		 309 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  37.08 
 
 		 309 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  40.68 
 
 		 327 aa  149  6e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  37.59 
 
 		 293 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  36.01 
 
 		 293 aa  149  8e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  37.59 
 
 		 293 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  37.59 
 
 		 293 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  37.17 
 
 		 297 aa  147  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7389  Polyprenyl synthetase  39.78 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7621  farnesyl-diphosphate synthase  39.26 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0290776  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  39.62 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0250  Polyprenyl synthetase  36.08 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0818  Polyprenyl synthetase  42.57 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238069 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  43.6 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0313  polyprenyl synthetase  39.59 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  39.25 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  42.8 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1400  Polyprenyl synthetase  42.86 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1264  Polyprenyl synthetase  39.13 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3372  polyprenyl synthetase  42.41 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0831  farnesyl-diphosphate synthase  37.31 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000171972  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1916  Polyprenyl synthetase  38.26 
 
 		 294 aa  145  6e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  38.87 
 
 		 294 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  38.13 
 
 		 294 aa  145  9e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  43.1 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0525  Polyprenyl synthetase  38.11 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  35.66 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2632  farnesyl-diphosphate synthase  39.11 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1082  geranyltranstransferase  36.51 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0623  polyprenyl synthetase  39.02 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.226314  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  42.91 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  42.91 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  40.44 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  42.67 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  42.67 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  42.91 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  42.67 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  42.91 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  42.91 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  42.91 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  42.91 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0497  polyprenyl synthetase  40.41 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.385542  normal  0.0104009 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  43.04 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  36.6 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  37.08 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  38.32 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2320  Polyprenyl synthetase  35.94 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  38.55 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  38.49 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  36.9 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2755  farnesyl-diphosphate synthase  36.8 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  43.04 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  40.37 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  37.75 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3491  Polyprenyl synthetase  41.23 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000932682  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  38.4 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2034  Polyprenyl synthetase  43.78 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0926  farnesyl-diphosphate synthase  37.4 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.19869  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2222  geranyltranstransferase  43.32 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  38.85 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0613  geranyltranstransferase  42.51 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  35.66 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  42.61 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2427  Polyprenyl synthetase  42.64 
 
 		 303 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3282  polyprenyl synthetase  40.14 
 
 		 314 aa  139  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  33.79 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2241  polyprenyl synthetase  39.78 
 
 		 316 aa  139  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  0.0529545 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1456  farnesyl-diphosphate synthase  36.29 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.292762  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  41.52 
 
 		 285 aa  139  7e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6645  polyprenyl synthetase  41.61 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0105803 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  41.15 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>